1 加快开展祁连山综合科学考察
为实现祁连山生态保护红线“能落地”，亟待开展祁连山综合科学考察，重点对森林、草地、水文水资源、冰川冻土、社会经济以及人类活动等进行考察研究，分析祁连山地区环境变化与人类社会发展的交互影响，形成祁连山生态环境数据库和考察评估报告，为生态保护红线落地、管控和严守提供科学支撑，同时也是为生态保护红线的长期严守提供管控效果评估和动态调整的重要科学参考。
2完善并落实开展生态补偿机制
在生态保护红线的落实过程中，首先，需开展生态补偿地点和对象、补偿标准、补偿方式等关键科学问题的相关研究工作，科学支撑与指导生态补偿机制的建立与完善。其次，在分析农牧民生计资本基础上，科学测算退耕还林还草、生态移民等对区域乃至国家生态屏障建设的贡献与价值，通过区域联动转移支付进行合理补偿；同时加大生态产业扶持，从“输血到造血”，进而提升当地可持续发展能力，结合生态环境保护和治理，探索生态脱贫新路子。最后，加强地区间的横向生态补偿制度与体系建设，逐步形成横向补偿主体和补偿对象明晰、补偿标准合理可行、补偿方式灵活多样、监管评估公平公正的制度体系，积极探索受益地区与保护生态地区、上游与下游通过资金补偿、对口协作、产业转移、人才培训、共建园区等方式建立横向补偿关系，形成并推广生态补偿的“祁连山模式”或“甘肃模式”。
3 探索以正面清单为导向的协调发展模式
开展基于生态承载能力与经济开发强度关系的研究，借鉴京津冀、长江经济带评价实践，探索建立以正面清单为导向的管控机制。在确保生态功能不降低、面积不减少、性质不改变的情况下，开展一些以正面清单为导向的项目。突出生态保护主要依靠当地农牧民，通过相关知识技能培训让红线内的农牧民成为生态工人；同时，科学合理适度发展林下经济、生态旅游等生态绿色产业。
4促进生态安全与地方经济社会可持续发展相协调
首先从祁连山区的农牧区实际情况出发，在生态红线划定与管控过程中，为进一步改善农牧民群众生产生活条件与脱贫致富需求，并根据下一步发展规划考虑未来区域水、电、路、生态治理等重大基础设施和战略通道建设，为具有重大民生和战略意义的基础设施项目预留建设空间，促进维护生态安全和促进地方经济社会可持续发展相协调。其次要处理好生态保护红线与农牧民承包草原的关系，保障生态保护红线内农牧民对承包草原的使用权、经营权和收益权，明确生态保护红线内草原的管控要求，在落实禁牧轮牧休牧、草畜平衡、维护草原生态安全的基础上，允许农牧民正常放牧耕种，对禁牧轮牧和草畜平衡区域的农牧民群众享受生态补偿。三是推进生态保护与民族文化传承互促共融。肃南县是全国唯一的裕固族自治县，裕固族独有文化是中国特色社会主义文化建设中的特有版块，红线划定涉及全国独有裕固族文化的传承与保护，在划定红线划定与管控中促进生态保护与文化传承互促共融。
5进一步实施重大配套政策
一是建议设立祁连山生态保护基金、支持甘肃发行祁连山生态彩票等具建设横向和纵向双轮驱动的生态补偿机制的积极探索和有效补充。二是增加黑河流域甘肃段用水配额。自1997年黑河流域分水方案实施以来，东居延海水面面积逐年扩大，每年因水面蒸发损耗掉的水量也在不断增加。随着社会经济发展，黑河中游张掖地区对水资源的需求增加明显，建议重新调整并合理增加张掖地区对黑河的用水配额，提高水资源保障能力。三是开展生态治理与修复研究与示范。结合“山水林田湖”生态保护修复工作，重点加强森林、草原、湿地、冰川、冻土的保护和修复的技术体系和模式的研发，为示范推广提供支撑。四是发挥生态政策的带动效应。结合祁连山国家公园建设，在生态建设、基础设施、基本公共服务、绿色产业培育发展等方面争取国家给予政策支持，促进祁连山地区群众基本公共服务均等化，加快推进产业转型升级和发展方式转变。
6完善保障支撑体系
一是建立综合监测网络和预警评估体系。按照统一的标准和规范，整合已有监测基础设施，在重点保护区设立长期监测站点，开展祁连山生态环境状况及变化趋势的监测、调查和评估。结合甘青两省生态环境监测网络建设需求，整合祁连山地区环境质量、生态状况等监测数据，建设祁连山生态环境大数据库，完善数据集成共享机制，支撑生态环境大数据关联分析和科学决策。推进发挥第三方监测机构的作用。通过政府购买服务来进一步推进整个监测网络的建设。二是建立统一协调机制。建立甘肃和青海两省常态对接机制和相关各市县之间协调会商机制，确保祁连山生态保护红线的跨区域对接及管制标准统一。三是探索建立定期考核指标体系。针对不同生态功能区构建统一考核指标体系，以行政区划为单元进行考核。