晚清高等教育机构有着诸如目标清晰、体制明确、赏罚分明等鲜明的特征，通过对这些特征的分析，我们可以试着总结出晚清时期的高等教育理念。
（一）分科设学
晚清高等教育十分注重分科设学，强调对各科人才的培养。其实在大学堂成立之前就已经有分科设学的萌芽了。如京师同文馆、福建船政学堂、福州电报学堂、天津医学堂、湖北矿务局工程学堂等都是以某一门学科为见长的学堂，但大学堂的分科设学是更为系统与完备的，这种系统完备体现在大学堂的八个分科上，即经学科、政法科、文学科、医学科、格致科、农科、工科以及商科；体现在各个科目的不同门类上，即周易学、尚书学、政治学、法律学、中国史学、万国史学、医学、药学、算学、星学、农学、农艺学、土木工学等；体现在不同门类的各种课程上，即主课、补助课、随意科目等。从以上分析我们可以看出，分科设学是晚清高等教育的重要思想之一。
（二）学术研究
《奏定大学堂章程》中通儒院的设置体现了晚清时期对学术研究的关注。通儒院是“以中国学术日有进步，能发明新理以著成书，能制造新器以利民用为成效。”[朱有瓛. 中国近代学制史料:第二辑,上册[M]. 上海:华东师范大学出版社, 1987:770.]在通儒院中，为了让学生更好的进行研究，大学堂给与了学生足够的自由和帮助。
在通儒院中，学员不需要请人保结，也不需要缴纳学费，不需要上课，也不需要一致待在大学堂中，这让学员有了更多的个人时间去进行学术研究。如果学员需要去调研，“经大学会议所亦准，可酌量支给旅费。”[朱有瓛. 中国近代学制史料:第二辑,上册[M]. 上海:华东师范大学出版社, 1987:820.]虽然通儒院在当时并未真正得到运行，但这个想法的提出足以让我们看出当时对学术研究的重视。
（三）通识教育
在分科设学基础之中，晚清高等教育强调通识人才的培养，通识教育的胚胎已然能在其中窥见。就如《奏定大学堂章程》在立学总义章所强调的那样，通才是大学堂的重要培养目标，这个培养目标的实现是通过课程的修习进行的。
一般分科大学需学习三年，政法科和医学门类需要学习四年，不同年级、不同专业的学生接受着不一样的教育，但无论哪一学科的学生，都需要进行其他学科也就是随意科目的修习，每一年所需要修习的随意科目也有所不同。随意科目的出现使得学生在学习本学科知识的同时，能够获得其他科目的知识，这于拓宽学生的视野，加强学生的综合能力有着十分积极的意义。
（四）封建取向
晚清高等教育既带晚清二字，就表明其受晚清时代影响之深。晚清高等教育机构毕竟是为晚清政府服务的，故其在价值取向上不自觉的带有了一定的封建性，且从本质上说，《奏定大学堂章程》本身就是中体西用的产物，无论如何都必须以中学为体的。晚清高等教育封建性主要体现在了其对中国传统纲常伦理的强调之上，体现在其对经学教育的重视之上，体现在其官僚气息之上。如，在《钦定京师大学堂章程》中，经学科是设置在文学科之中的，而在《奏定大学堂章程》中，经学科从文学科分离出来独立成为了一科，再加上经学科的课时数远远超过其他科类的课时数，足以想见晚清政府对纲常伦理的重视。
综而述之，晚清高等教育理念既具有封建性，也带有一定的先进性。这与当时的时代背景是密不可分的，与主持制定本章程的三位大臣的思想也是紧密相关的。虽然这种先进性是在其旁采泰西，取法日本之后产生的，但既然他们采用了这些观点，就代表他们对这些观点是赞同的，故笔者仍认为晚清高等教育在当时那个时代具有一定的先进性。但毫无疑问的是，封建性仍然是晚清高等教育的主导，无论是分科设学、学术研究，还是通识教育，实质上都是为晚清政府服务的，是具有晚清“特色”的高等教育理念，这也是高等教育理念日后发生变革的重要原因之一。