复杂性理论并不是某种单一学科理论，而是“一群具有复杂性意识和复杂性思维的理论丛林”其中包括了耗散结构理论、协同学、超循环理论、突变论、混沌理论等等，这些理论思想在物理科学、生命科学以及经济科学乃至人文社会科学等领域都有运用，为21世纪的科学研究提供了新的视角。
复杂性理论视域下，爱国主义教育系统在发展与进化过程中，将不可避免地面临复杂性问题。相较于过去，当前的社会系统本身的复杂性在不断增加，其内部不断涌现的信息、物质、能量等，都对社会系统下的其他子系统的进化生成不可逆的影响。爱国主义教育系统通过与环境的联系，实现爱国主义教育系统内部的自组织与自生长，以其自身的动态有序运行达成社会系统的整体性。就此，应以复杂性思维考察爱国主义教育系统的复杂性问题。
（一）还原论与整体论相结合
复杂性理论认为，还原论方法割断人们对系统的整体性特点的把握，忽视系统内元素的相互作用，整体论方法强调将理论的研究放置在更广阔的环境中，通过每一部分相互协调产生的涌现性来把握事物的特征。但是，“还原方法与整合方法绝不是相互排斥、互不相容的，而是有可能协调发展，在探索复杂性的道路上共同起到作用的。”因此要将还原论与整体论一同运用在复杂性系统的研究中。
对于爱国主义教育系统来说，还原论与整体论相结合，主要分为以下步骤。首先，爱国主义教育系统研究者要认识到爱国主义教育系统在作为社会系统的子系统之外，也是爱国主义教育工作的大系统，其内部也包含各个小系统，如爱国主义教育工作系统，爱国主义教育理论系统等。那么在研究爱国主义教育系统内部元素与结构时，也要注重对爱国主义教育子系统的分别研究，以便深入了解爱国主义教育系统结构。其次，要将爱国主义教育系统放置于整个社会系统中进行讨论，这里的社会系统不仅仅是中国社会系统，还包括世界社会系统。通过这样的整体研究，爱国主义教育系统的外部发展环境状况便整体性地呈现了。最后，将爱国主义教育系统内部各个小系统之间的结构、功能的相互作用，置于爱国主义教育系统的整体社会环境中，进行整体性研究，以把握爱国主义教育系统的整体性。
（二）定性认知与定量描述相结合
“任何系统都有定性特性和定量特性两方面，定性特性决定定量特性，定量特性表现定性特性。”在系统内部，定性特性与定量特性之间的关系绝对是不可分割的，系统内元素与组分通过定性认知，获取其特性，再由定性描述，确定其特征的具体程度。可以说，定性认知是导向，定量描述是挖掘。其实，自然科学领域一直倾向于用定量的方法描述现象——公式与符号。定性研究一直以来在人文社会科学领域的使用范围更加广泛。然而，在科学研究复杂性日益显著的今日，还原论无法精确描述所有现象，线性思维也无法准确预测出所有趋势。定性认知方法需要人们重新考量，与定量研究共同发挥作用。
在爱国主义教育系统中，各个元素、组分都具有其特性，复杂的元素与组分的关系使爱国主义教育系统的复杂性得以显现。对于爱国主义教育系统中的主体系统、客体系统、介体系统与环体系统，需认清其中的定性特征，如教育主体与教育客体的性质，只有了解了不同教育主体与不同教育客体的性质，才能选择合适的爱国主义教育介体与教育环体，以保证爱国主义教育实效性；而面对不同性质的教育主体与客体，教育环体和介体的量的选择与分配，就要由爱国主义教育工作者协同分配。马克思主义认为，量变促成质变，质变是新的量变的开始。因此在爱国主义教育系统中，关于爱国主义教育理论的研究，在经过大量实际运用以后，将促进爱国主义教育系统进化到新的阶段，成为更加复杂更加高级的开放巨系统。
（三）线性理解与非线性态度相结合
“现实世界本质上是非线性的，线性系统是系统的非线性因素到允许忽略不计时的简化形式。”系统的非线性特征使得世界上不断有新事物产生。因此，在面对复杂开放巨系统与其源源不断产生的新事物时，首先要以非线性思维思考，“从认识的各种不同的层次、不同的角度、不同的途径将问题提出来，而不能满足于那种一因一果的简单解释”。由于非线性的存在，当前已存在的事物无法确认其稳定性，而未发生的事物更难以预测发展趋势。对于一切非线性现象，须树立非线性态度。但是，由于人的认知水平有限，对于许多现象的理解与解释只能依靠线性模型或公式。因此，并不是排斥一切线性理解方式，而是通过线性理解，对现象做简单判断，而后还是要具有非线性态度来完成对事物本质的把握。
爱国主义教育系统内部子系统具有大量不可控元素，如教育客体系统的思想发展变化水平不一，发展速度具有差异性，爱国主义教育环体系统与社会环境信息交换频繁，社会环境也具有非线性特征，是爱国主义教育环体的巨大不稳定协作组分。爱国主义教育系统内各个子系统的非线性使爱国主义教育工作难以安排。但是，在爱国主义教育工作领导集体看来，必须将非线性特征简化为线性特征加以理解，如在一段时间内制定统一教育计划，在重要时间节点重新安排相关爱国主义教育内容，以提高爱国主义时效性，扩大爱国主义实效性。