现阶段民营企业虽然经历了快速发展，但是大多数民营企业普遍存在内部控制意识不强、治理结构不完善、经营风险偏高、监督机制不健全等方面问题。这些问题必将成为民营企业经营中的短板。
1.内部控制意识不强
民营企业在发展过程中，管理层对内部控制建设认识不到位，缺乏基本了解，内部控制工作只做在面上，忽视了内控体系建设，甚至把内部控制看成仅是财务部门的事情。一些民营企业认为内控成本过高，且办事流程太繁琐，不利于运行效率提高，因而也不太愿意推行内控建设，在具体处理经济业务过程中，过于强调灵活性而有可能脱离了正常业务办理流程。对于那些已建立内部控制体系的民营企业来说，更多的是注重控制业务活动层面的内容，而对控制环境重视不足，忽视了对经营理念、领导风格、组织结构、人事管理的改进，没有将内控的理念融合到公司文化建设中，也无法形成深层次的企业文化合力。同时也忽视了内部控制的监督工作，在一定程度上影响了内部控制实施的预期效果。
2.企业治理结构不完善
企业治理结构的好坏直接影响内部控制作用的发挥。企业的治理结构包括董事会、监事会和经理层之间成的权责分配、激励与约束、权利制衡、议事规则和程序，位于内部控制环境的最高层次,是内部控制建设的基础和保障。民营企业大多采用家族式管理机制，企业的投资者就是经营者，主导企业的经营管理，通常具有绝对的权威性，这使得管理层极有可能凌驾于各种内部控制制度之上，管理层可能会因此而失去约束。另外，民营企业产权结构相对单一，经营权和所有权未能有效分离，极易形成一人专权，集控制权、执行权和监督权于一身，造成监事会与董事会难以形成相互制衡，无法实现充分的职责分离，也就难以形成良好的内部控制环境。在此基础上形成的内控制度更多是建立在管理层想当然的认识上而非制度安排的结果，最终导致控制环境、控制活动和风险评估失效。
3.防范风险措施不到位
由于民营企业对风险的认识不足，缺少必要的风险预警机制。目前我国经济处于新常态，企业经营过程中遇到的不确定性因素越来越多，竞争日益激烈，其经营风险与财务风险也逐渐增加，仅凭企业过去的经验已无法满足风险管控的要求，如果不能有效预测经营风险和效益，很容易导致企业衰落。一是战略风险在于民营企业的公司使命或愿景不明确。经营者缺乏战略眼光，难以制定出清晰的战略目标和实施战略，一味地追求短期利益。二是经营风险在于企业管理不规范、不精细。经营者的精力主要放在提高产量和销量、扩大市场份额上面，无力进行精细化的管理和控制，不能建立和实施科学有效的管理和控制。三是合规风险在于企业违法、违规、违德经营。企业领导不重视，业务部门不配合，合规岗位未配备专业技术人员等使民营企业面临诸多风险，如公司法风险、劳动人事管理风险、侵权风险、合同风险、投融资法律风险等，可能会导致企业遭受制裁、处罚、财产损失和声誉损失。
4.监督机制不健全
企业如果没有健全有效的内外部监督机制,就无法对企业经营管理人员产生必要的压力。一些民营企业没有建立起有效的内部监督机制，缺乏统一规范化的内部管理制度，没有形成内在的自我约束机制。一是财务监督薄弱。不少企业财务部门致力于会计核算，没有建立并实施有效的财务监管制度， 财务部门重核算、轻管理思想造成财务管理弱化，会计信息质量不高。一些经济业务未纳入会计核算范围， 财务部门无法实施有效的监督和管理，难以控制和防范财务风险。二是审计监督不到位。有的民营企业没有独立的内部审计机构和专业审计人员，审计范围有限、审计内容单一，过于侧重于财务审计而忽视管理审计。内部监督失效也使部分管理人员自身缺少职业道德和职业责任感,不能有效地进行风险评估，不能迅速准确地反馈风险信息，并采取措施规避风险。