（一）外部去行政化的困境
首先，是由我国的社会性质所决定的，每个国家的教育督必然要顺从政治的统治，服务与政治统治，所以必然带有很强的政治色彩，具有着明显的泛政治化倾向，这就直接导致了高校的相关权利必须掌握在政府的手上。国家只有通过控制教育才能从根本上统一人们的意识和价值观，使公民的意识符合社会和人的发展规律，从而才能达到维护和巩固其政治统治、保证国家稳定和领土完整的目的。如果国家把政治与教育相脱离，就必然会导致许多难以解决的社会问题，这就是高校行政化的现实原因，同时也是去行政化的重大阻碍。其次是利益诱导因素，只要有权利在手上，就必然以此来为个人谋取利益，这是严重的私心所导致的，许多的既得利益者不想放弃手中的权力其实就是不想失去利用这种权力为其带来丰厚的利益的机会，所以许多的政府相关部门以及高校内部的行政人员不愿意放对高校管理的权力。其三是受传统观念的影响，我国几千年来“权力观”和“官本位”的思想观念浓厚，百姓的“拜官主义”和官员的“恋官情节”共同构成了根深蒂固的官本位的社会结构”。在政府对高校的管控上，有一部分官员就舍不得手中的权力，总是享受着以领导或者上级的身份干预高校的办学的成就感。
这些既是我国高校行政化存在的原因 ，正是这些客观存在的因素导致了我国高校中处处透着行政权力，受到行政的影响，高校办学失去了自主权，办不出学校特色，出现千校一面的情况。同时这些因素也是存在于高校去行政化的过程中的阻碍，要推进高校去行政化的进程，就必然先解决这些外部存在的阻碍。
（二）内部去行政化的困境
其一，高校管理的职业化。在高校，许多的人从事高等教育事业并不是为了在高校中传授高等知识、搞科学研究，实现自己的人生价值，而是冲着高校中的某一管理岗位去的，他们只把教师这个职业当做是一个帮助他们爬向更高一级的跳板，以便他们得到理想的行政管理岗位。在当下的高校环境中，行政部门的权力是许多人十分向往的，他们需要这种权力并利用这种权利满足自己的利益和欲望。这就是一种典型传统“官本位”思想的体现。其二，行政权力与学术权力的分配不协调。在我国高校中，行政权力的独大，使得学术权力受到打压，教授不能充分发挥自己的学术权力来为学术研究或者教学服务，严重的限制了学术权力的发展，也不利于学术本身的发展。有些高校更是在职称评定、资源分配等方面偏向行政人员，甚至按官职大小来排序以分得资源，使得学术研究人员的利益边缘化，无法得到保障。最后，高校的外部行政化也是造成其内部行政化的重要原因，我国的高校管理都是以政府主导的，在高校建设的各个方面都要受到政府的限制和管控，政府要实现这些管控，就必须在高校内部寻找代理人，于是便产生了相关的行政部门和行政人员。如高校中的校长、书记等，他们都是由政府直接任命的，所以他们将毫不犹豫的执行政府的意志来治理高校。换言之，正是这种高校的外部行政化导致了高校内部的行政化。
高校内部的因素同时也给高校的去行政化带来阻碍，去行政化始终要落到高校自身，只有高校内部自身能够注重学术权力，把握高校的精神，才能够从根本上推动高校的去行政化之路稳步前进，高校的去行政化之路是一条十分复杂而且艰难的路，但是即使如此，我们也必须走下去，容不得停留，更容不得回头。