南洋理工大学现代大学制度的建设，治理结构的改革，为现在大学发展的成功典范。在外部治理结构上实现完全自主，资金投入的保障机制；在内部治理结构上，构建战略财务预算和精细化预算，明确预算主体责任，人事和财务权力逐渐下放到院系，实现教授治学，拓宽民主管理的渠道，使内部机制运行高效、灵活。这些为建设中国特色的现代大学制度，为中国高校的财务管理创新，提供了很好的借鉴意义。
1、政府对大学的自主化：财务管理的放权
在自主化的框架下，通过签订系列协议，政府由直接的管理和领导主体转变成为宏观的外部监督，南洋理工大学与政府的关系变成了教育和科技服务的提供者和购买者的关系。实现了自主化，但其依旧是在政府主导下的自主化，南洋理工大学大学制定5-10年中长期发展战略，明确长期的发展目标和规划，教育部聘请全球一流专家对NTU的发展战略进行审查。大学战略一经教育部审批，政府会依据契约规定，按照每年毕业学生数为量化指标进行拨款，而无需大学报送政府财务预算。大学的发展也会依据契约和战略展开，大学每年定期发布质量评估报告、年度发展报告等信息，公告报告办学质量和效果，并接受由教育部组织的周期性的校外评估。实现自主化办学后，已经注册为公司制大学，大学按照企业化规律运做，实行全年预算管理，财务会根据教育部审批的发展战略制定中长期战略财务预算，围绕主体工作和目标，细分运转和专项预算，落实到具体项目和学院，确保预算的精细和科学。在战略预算的原则和指导下，具体落地为年度预算，预算管理精细化，项目指标纷繁复杂，全部以量化指标来测算，各单位在预算确定前享有高度的自主权，财务部门会充分征求各单位的意见，尽量满足它们的需求，一旦预算确定，年度预算在校内就具有法律效力，预算的严肃性就要得到确保，经济活动就以预算为基础，禁止无预算和超预算的经济行为，人人尊重预算，敬畏预算。
2、大学对学院的自主办学：财务管理的权力下放
学院是大学的基本单元，南洋理工大学为激励各办学单元的积极性，给予学院充分的办学自主权，将经费管理权充分下放，同时建立了一套完整的财务管理机制，财务处以战略预算为起点、年度预算为核心，资金控制为关键、财务评价为重点，以审计监督为保障，实现对学院经费的有效管理。建立了一套行之有效的财务评价体系，对学院经费使用进行考核，保证了经费的正常使用，资金使用效益的有效发挥。学院在预算编制、经费使用、财务人员有充分的自主权，自己配备专业化的财务经理，为学院广大教师提供最直接的、高质量的财务服务支持。学校集中统一支付，学院将报销的凭证审核后，学校财务处审核统一进行打卡支付，教师与学校财务处不发生直接联系，只与学院财务经理直接对话，其提供的专业化财务服务，极大地提高了财务的管理效率和水平，也避免中国高校普遍存在的“报账难”的问题，提升了财务工作的认可度和满意度。