在心理方面,色彩更是电影中人物的下意识元素。红色常与激情或性相关。《谜一样的双眼》以一件强奸杀人案为中心,串联起埃斯波西多、莫拉雷斯、戈麦斯的人生,影片表面上是男性角色的戏,但作为影片中近乎唯一的女性角色,艾琳娜的出场大部分都与红色相伴,无论色是以玫瑰或是服饰为载体,红色贯穿在两条时间线索上的意义都不言而喻,从而衬托出其女性角色的意义。艾琳娜的办公装上摆着她抱着两个孩子的照片,这个细节暗示了她与丈夫并不亲近,相框的后面摆放着一支装在玻璃瓶中的红色玫瑰,与此处呼应的回忆时空中(54’20),依然是艾琳娜的办公桌,一支插于玻璃瓶中的红玫瑰跃入眼帘,她仍保留着办公桌上摆放一支玫瑰的习惯。影片的时间线交错出现,桌面上的红玫瑰不仅是艾琳娜人物的象征,更巧妙地表达出“艾琳娜没有改变”的画外之音。片中红色的服装似乎是艾琳娜的标志,即使没有身穿红衣,也有红色点缀,如红丝巾或红色指甲。影片至05’59时,艾琳娜才正式地以清晰的面目出现。埃斯波西多推开艾琳娜办公室的门,此时的镜头以艾琳娜为视角,埃斯波西多站在门口,两旁是鲜红色的门帘,这让两人二十五年后的相聚有了华丽登场之势。这一场的镜头多为中景镜头,从而将观众的视线密闭在了办公室的狭小空间里。色彩上则仍以暗色调为主,男士黑色的西装,实习生的白衬衫,棕色的家具以及镜头里看不清的黑暗的四周,从而使红色西装的艾琳娜显得格外瞩目。回忆时空中两人初识的那天(9’22),艾琳娜也穿着红色套装,头戴红色礼帽,这与常穿黑色西装的埃斯波西多形成了鲜明的对比——一个勇于去爱,另一个却因心生自卑而不敢表达爱情。
得知妻子遇害后,莫拉雷斯接受询问。镜头的一侧放着一只正在烧水的红色水壶。随着问话的进行,莫拉雷斯的悲伤也随之剧增。在这个镜头结束之际,红色的水壶发出烧开水的声音。导演用几乎占据了一半镜头的水壶来将莫拉雷斯的情绪外化,用红色代表了人物愤怒而又悲痛的内心。影片开始不久处,埃斯波西多写小说勾勾画画的特写镜头,莉莉安娜遇害的点滴以闪回的形势穿插其中。在这个阴暗的空间,一盏橘红色的台灯点亮了幽暗的房间,远景里埃斯波西多就像红色台灯一样孤独又焦躁,在并不明亮的光中写作。余处尽是黑暗。