1重机构设立而轻体系独立。目前农商行大都设立了专门的审计部门，通常在董事会下设审计部门，负责具体检查、指导工作；在基层行设有兼职审计员，在工作上既有经营管理责任又行使审计责任。很显然，正由于目前农商行对内审工作的重视程度不够，审计体系设置缺乏独立性，缺少规范有效的审计标准，往往受经营管理层干扰，内部审计所担任的“监督官”角色并未能突显，很难真正发挥应有独立、客观、评价作用。
2.重内控稽查而轻风险审计。当前，农商行内部审计基本上仍停留在查错防弊、纠正偏差的层面上，往往局限于查处一些具体违规、违纪、违法问题，注重业务操作、制度执行是否合规、合法等，而恰恰缺乏对资产质量、风险责任、经济效益等进行深层次审计，尤其是专项业务、关键岗位、紧要环节作出客观、有效的风险评价和建议。
3重部门配置而轻队伍建设。农商行虽在组织架构中配置了审计部门，加大了内部审计工作的频率和力度，但由于受自身人力资源限制和重视程度影响，往往对审计部门班子成员配备比较忽视，审计队伍的建设显得十分薄弱，主要表现为内审人员数量不足、专业审计人才少、人员结构不合理、责任考核不到位。
4重流程制度而轻技术支撑。农商行大都制定了一些内审工作制度和管理办法，但对审计工作系统性的规范化、标准化建设仍比较缺失，特别在审计规范流程、非现场分析、技术方法上，仍然比较落后，内审工作常常会陷入无章可循、流程粗陋、成本较高和效率低下的状态中。
5重问题检查而轻后续督查。改制后的农商行内部审计工作频率和力度大都较以前有所增强，但对审计整改、后续审计工作重视程度普遍不够，存在着“重审计而轻整治”现象，往往陷入问题年年查年年有、共性问题不断、个性毛病依然在等怪圈，使得内部审计工作虽高负荷运转，而效率却依然不尽理想。