（一）农业经济发展缺乏环境效率
1.化肥施用影响生态品质
化肥的使用导致地表水和地下水污染，又间接性的影响大气，使其进入整个污染循环。由于成本较高、效果慢，新型的控释肥、缓释肥和生物肥未充分其作用。在作物生长过程中不注意科学合理地施用化肥，盲目追求大肥大水，导致化肥利用率低，污染环境；同时也增加了农产品中硝酸盐含量，质量降低。由于施用无机肥，有机肥用量少，导致土壤沙化、侵蚀严重、酸化板结，对土壤结构造成严重破坏。
2.农药防治造成生态超标
农药在控制农作物病虫草害方面发挥着重要作用。病虫害的控制主要基于化学农药，在施用农药过程中没有被利用的农药就会进入土壤和水中，污染环境，进而威胁到人体健康。由于近年来施用率的增加，再加上许多农药具有不易分解的性质，对整个生态环境产生了不利影响，农药对土壤、水、大气、作物和野生动物产生不利影响，导致土壤肥力下降，水污染，畜禽疾病，农药残留过量等。
3.农膜覆盖破坏生态平衡
由于塑料大棚和塑料薄膜覆盖技术的普及，残膜清理不及时，农膜污染日益加剧。塑料膜虽然能够实现保温、保水等目的，但是农业生产若依靠此增产后就会对耕地加速消耗，最终与土地融合，难以降解。土壤中的残膜破坏土壤的团料结构，造成土壤板结，削弱土壤的蓄水功能，使土壤透水、透气性降低，阻碍土壤生物的生存，破坏土壤的生态平衡，影响作物的正常生长，导致作物产量下降。
（二）农业生态环境治理能力有限
1.农业用生产资料不合理
大多数农业用料的投入都为普通化肥农药这类有一定副作用并且对环境造成严重污染的产品。这种化肥农药等价格便宜，农民自然增加农业生产资料的数量，以确保农产品的产量，虽然短期内将成本降到最低并能赚取更多利润，但最终使生态环境恶化。农民毫无节制地开发和利用自然资源，以便在最短的时间内获得最大的经济效益。为了创新农产品种类，农民未经授权砍伐树木开发耕地。
2.生态治理资金效益不足
缺乏对专项治理资金长期的规范管理使用，资金使用效益不足，没有合理划分安排，资金支持农业工程项目的各类设施没有负责运行维护，对生态防治效果不明显，实际资金投入有限，无法严重影响了农村人居环境治理。
3.环境治理基础设施缺乏
环境可持续发展是一项重要的系统工程，涉及环境治理的方方面面，需要充分提供各类基础设施作为保障，以促进生态环境同农业经济健康发展。国家配备生态治理设施来整治农村环境，但还存在污水处理厂及污水处理设备不到位，气态污染物净化装置不达标、固定污染物的无法处理及时、农业生产所用农药化肥等不能全面实现监测报告等缺乏基础设施匹配问题，影响环境治理工作有序进行。
（三）农业经济生态协调机制缺失
1.生态环境利益与农业经济利益不平衡
生态环境利益是所取得的有益于人类生产和生活的成果，是人们采取一定的措施，减少和防止农业生产对人类生产、生活环境的污染。在发展农业经济的同时，没有重视环境的保护，造成永久性损害和生态损失。不合理的农业化生产，不合理使用化肥、农药等产品严重威胁着农产品的质量，不仅会对人们的健康造成损坏，也是对农村土地与水资源的一种严重污染，威胁到生态平衡。实践表明，生态环境与经济发展相辅相成，互为表里。经济发展离不开良好的生态环境，美好的生态环境是加快农业经济增长的基础。
2.生态环境效率与经济增长效率不均衡
优质的生态环境可以为农业经济的发展提供良好的生存与发展环境，可以促进经济的持续增长。农业经济的增长也对生态环境的发展产生反作用。现如今，生态环境效率远远落后于经济增长效率。特别是污水、垃圾、有害气体和农业化肥、农药、助长剂的过量使用，造成的自然生态恶化和人居环境污染，不仅给生产生活带来严重危害，同时影响、制约了经济的持续发展。追求经济增长的速度，牺牲生态环境以换取暂时的经济利益，生存环境正在恶化。
3.生态环境治理与农业治理设施不匹配
我国一方面大力推进生态环境治理工作，但一方面农业用生产设施及治理工作缺乏有效进度。我国一些偏远地区，对农业生产治理方式原始化，没有依靠新科技对传统农业生产方式进行评估监测和科学检验，进而间接阻碍生态治理办法实施，持续恶化现有生态环境。