通过政府会计制度改革，有利于规范高等学校的财务核算和财务行为，准确反映单位预算收支及财务运行状况，提高会计信息质量及会计信息的可比性及完整性。有利于单位加强资产与负债的管理，通过折旧、摊销及坏账准备，真实反映资产和负债价值，合理有效配置资产和资源，防范和化解财务风险。有利于高校全面实施绩效管理，合理综合反映的运行成本，提升单位预算和财务管理水平，实现高校内涵式发展。对高校财务管理带来的主要变化为：
（一）核算基础和会计要素发生变化
现行高等学校会计制度实行收付实现制，由资产、负债、净资产、收入和支出五大会计要素组成，会计等式为：资产=负债+净资产+收入-支出。政府会计制度实行核算实行双基础，预算会计和财务会计相互联系有适度分离，预算会计实行收付实现制，其会计要素为预算收入、预算支出和预算结余三大会计要素，预算会计的会计等式为：预算收入—预算支出=预算结余；财务会计实行权责发生制，其会计要求为资产、负债、净资产、收入和费用等五大会计要素，会计等式为：资产=负债+净资产+收入—费用。政府会计制度改变了原会计制度的核算基础和会计要素，形成了双基础和“3+5”模式的会计要素，体现了预算会计和财务会计相互独立和联系的，更直观地反映单位的预算管理水平和财务管理水平。
（二）改变了记账方式，实行平行记账，账务处理更加复杂。
按照政府会计制度要求，对纳入部门预算管理的现金收支业务，在进行财务会计核算的同时，也需进行预算会计核算，对于其他业务，仅需进行财务会计核算。造成部分业务需要财务会计和预算会计核算平行记账，改变了原来高校会计制度在收付实现制下的仅进行财务会计核算的单一模式。平行记账方式对财务人员的职业判断提出了更高的要求，强化了对纳入部门预算管理及部门预算现金收支管理，体现了预算会计管理的新要求。对于平行记账需增加职业判断及对纳入预算管理现金收支的理解，判断哪些业务需要进行预算会计核算及何时进行预算会计核算。
（三）高校资产的价值更加真实。
按照政府会计制度要求及具体准则，对固定资产和无形资产要求实提折旧和进行累计摊销，对超过一定年限的往来款项计提坏账准备。同时，对折旧摊销方法、时点进行了明确规定，通过实提折旧、摊销和计提坏账准备，真实客观地反映资产的价值。而现行高等学校会计制度中，对固定资产实行虚提折旧，虚提折旧时不增加费用支出，而是通过减少“非流动资产基金”体现，且省级部门对固定资产的使用年限等基本没有具体要求，造成大多数单位连虚提折旧均没有做到，尚处于不提取折旧及无形资产不摊销状态。超过一定年限的应收款项不计提坏账准备，核销需要通过资产清查报省级政府批准，造成应收账款长期挂账、资产严重不实。政府会计制度改变了对现行资产的管理，通过折旧、摊销和计提坏账准备，真实客观反映高校的资产价值及运行成本。
（四）财务报告体系更加完善。
政府会计制度下，高校的财务报表按照核算基础及使用者不同，形成两套财务报告体系，改变了现行仅有一套决算报表体系及财务状况反映不全面的现象。
通过财务会计核算形成高校政府财务报告，财务报告向使用者提供与高校财务状况、运行情况和现金流量等有关信息，反映高校作为会计主体，公共受托责任履行情况，有助于使用者做出决策或者进行监督管理。 财务报告的使用者为各级人大常委会、债权人、各级政府及其部门、高校自身和其他利益相关者。财务报告体系包括资产负债表、收入费用表、净资产变动表和现金流量表及报表附注。
通过预算会计核算形成高校的决算报告，决算报告综合反映高等学校作为政府会决算主体预算收支的年度执行情况。决算报告的使用者为各级人大常委会、各级政府及其部门、高校自身和其他利益相关者，不包括债权人。决算报告体系包括预算收支表、预算结转结余表、财政拨款预算收支表。“双报告”的财务报告体系满足了不同利益相关者的需要，综合反映高校的财务状况、预算管理水平及成本管理状况。
（五）对财务人员的职业判断要求更高。
由于政府会计财务会计及预算会计并行，并在一套账务系统集中体现，在涉及一项经济业务时，要按照财务会计要求进行财务会计分录的记载，同时还要结合是否纳入部门预算，对涉及现现金业务，判断是否做相应预算会计分录。同时，对财务会计执行权责发生制基础，也要求会计人员按照权责发生制原则，合理确认收入和按照配比原则合理确定费用，这都增加了会计人员的职业判断及工作量，对会计人员的职业能力提出了更高的要求，由于高等学校为全额拨款单位，大多数业务既要按照权责发生制核算财务会计又要按照收付实现制核算预算会计，工作量及工作难度可想而知。
（六）对会计信息化提出了更高要求
政府会计制度改革的“双分录”记账，将带来将近双倍的工作量，“双基础”要求要明确两种核算基础与会计科目之间的对应、预算项目的勾稽关系，时时检查和控制两种基础之间会计科目的平衡关系，“双报告”要求两种报告体系的各种报表能够自动依据财务会计核算和预算核算生成报告体系，这均需通过会计信息化来实行对维度的管理，传统的手工记账已不能满足政府会计制度改革的需要，需要通过 “业财融合”，实现财务与资产、科研、人事、教务、学生、招标、合同等数据互通互联，实现业务系统与财务信息系统的有效对接，实现网络化、智能化的财务数据共享信息平台。