如果说业务概念边界的模糊造成了医疗过失这一业务过失的刑法惩处重于普通过失陷入了司法适用性欠缺的困境，那么真正根本性冲击医疗过失加重处罚的是这一规则背后的法理根据欠缺正当性。具体而言：
（一）传统医疗过失加重处罚根据的失势
文献资料显示，能力优势说、特别注意义务说、一般预防说、法益（危险）重大说等诸多学说都曾作为医疗过失刑罚重于普通过失的根据。但是，随着一般预防说、法益（危险）重大说等学说自身缺陷的暴露，此后它们逐渐无力独立成为医疗过失刑罚重于普通过失的根据。因此，从整体上看，能力优势说和特别注意义务说构成了医疗过失刑罚重于普通过失的传统根据。不过，随着它们缺陷的持续暴露，如今作为医疗过失加重处罚根据的地位早已不如以往，甚至可以说它们的地位岌岌可危。
（1）能力优势说的失当。依据能力优势说，从事医疗业务的行为人，基于医疗业务的反复继续实施，对于可能产生的危险，具有相对于一般人而言更高的注意能力，据此，对其因医疗过失而发生的事故应科处比普通过失更重的刑罚。根据这一学说，在我国，“医务人员”因医疗过失而发生事故这种业务过失犯罪的刑罚配置3年有期徒刑法定最高刑，是远低于过失致人死亡罪这种普通过失犯罪7年有期徒刑法定最高刑的，因此，是不妥当的。在阶层化犯罪论体系下，能力优势说内部又有不法（违法性）重大说和罪责（责任）重大说的区分。其中，不法重大说将医疗过失加重处罚的基础建构在行为无价值较为重大之上，其主张从事医疗业务的人具有较高的注意能力，即使他与一般人违反同样的注意义务，但相对于一般人，其违反程度较为显著，行为逸脱社会相当性程度也较为显然。不同地，罪责重大说将业务过失加重处罚的基础建构在罪责之上，其主张从事医疗业务的人因医疗行为的反复继续实施，对可能发生的危险，其认识和回避能力较一般人高，且具有较高的注意能力，负有较高的注意义务，责任可非难性更重大。然而，能力优势说的缺陷是明显的。针对不法重大说，批评者认为，其一，不法重大说会冲击传统的阶层化犯罪论体系。在传统的阶层化犯罪论体系下，行为人的责任能力属于罪责阶层的审查内容，如果将医疗人员能力置于不法阶层而不是罪责阶层来审查，则会对这一体系形成冲击。其二，就预见行为或回避行为而言，医务人员未必比一般人做得更好。如果从事医疗业务的人对结果预见可能性或回避可能性更大这一假设成立，那么，医疗过失这一典型的业务过失中“业务”的成立仅仅具有反复继续实施的意思是不够的，必须以已然的反复继续行为存在为必要，毕竟无论行为人是否具有反复继续实施的意思，仅实施一次的行为，谈不上医务人员比一般人做得更好，这会否定医疗过失这一业务过失的成立，但这显然与前文所述的业务概念相抵触。在日本，审判实践的立场是，无资格的人初次行医因过失而致患者死亡的，也成立业务过失致死罪。其三，将不法与行为人的能力联系起来还会带上不少下文所述的责任重大说的缺陷。
针对罪责重大说，批评者认为，其一，对医务人员普遍性地预设较之一般人更高的能力，并不恰当。在欠缺从事医疗相关经验时，医务人员并不一定拥有比普通人更高的注意能力。况且，责任判断是具体的、个别的判断，这一预设与责任的本质不相符合。其二，责任重大说立论逻辑的合理性是有疑问的。依据该说从事医疗业务的人能力越高，越容易预见或避免结果的发生，也越容易肯定医疗过失这一业务过失的成立。“如此一来，则平时尽心竭力保持注意的业务人，反倒会获得不利的对待。”其三，立足于医务人员的能力加重刑罚会导致业务范围的不当扩张。着眼于能力高低而不是医疗业务本身，判断的重心会转向医疗行为反复实施所累积的能力，是否为主要医疗业务就不是关键所在，实践早已证明这极易引发业务范围的不当扩张，进而模糊医疗过失与普通过失的边界。
此外，为避免不法重大说在犯罪论体系上造成的冲突，有学者提出用个别化理论来解决医疗过失的加重处罚根据问题。换言之，个别化理论是以个别之能力为基础来解释业务过失的不法内涵，即医疗事故罪中的医疗过失加重处罚的根据在于医务人员的个别能力，这一能力架构起了医疗过失行为的不法内涵。并且，在审查上行为人的这一能力被放置在构成要件该当性阶层而不是其他阶层中。但是，这一学说的缺陷依旧明显。其一，只要将行为人的能力与医疗过失的加重处罚根据相结合，就会出现上文所述的能力越高越容易肯定医疗过失成立的问题。其二，个别化理论构建的是依据个人能力高低设立的评价体系，这样医务人员个人之间的差异性在评价时必须进行考虑，但如果将医务人员一律视为具有较高的能力，还需要进一步说明其理由。其三，该说将医疗过失加重处罚根据落脚于医务人员具有较高的能力，依旧难逃因重能力而轻业务导致的业务范围扩张问题，对此必须要进行理论上的补充和限制。
在日本，还存在不法·罪责重大说的见解。该说主张，与一般人相比，从事一定业务的人的注意能力在类型上属于较高类型，因此，其违法性、责任程度也较高。大塚仁、前田雅英等是该说的支持者。不难发现，该说无法根本性地克服不法重大说和罪责重大说的缺陷。
实际上，德国在废除业务过失加重处罚规定刑法条文前，将能力优势说作为这一规则背后的根据是十分有力的见解。随着这一学说缺陷的暴露，这一规则最终成为了过失犯发展过程中的历史遗迹。类似地，我国台湾地区也在去年废除了业务过失加重处罚的刑法规定。当前，该说在日本也岌岌可危。
（2）特别注意义务说的失当。该说认为，从事一定业务的人，由于反复继续实施该业务，对业务本身的危险性比一般人有更为丰富的知识和经验，为防止因不注意而造成法益侵害结果，理应承担特别高度的注意义务。在历史上，该说曾是德国刑法理论上的有力学说。在日本，该说是刑法理论上的通说，也是审判实践采纳的立场。在我国台湾地区，陈子平教授曾是该说的代表性人物。依据该说，医疗过失加重处罚不在于医务人员具有较高的能力，而在于其具有较高的注意义务。
迄今为止，特别义务说被批评的缺陷主要有：其一，针对特别注意义务，医务人员承担的注意义务，也可能是其他人要遵守的注意义务。如果对医疗过失这种业务过失加重处罚，则会造成违反平等原则的不当现象。其二，将处罚依据与危险性的程度、医疗行为的反复继续实施挂钩，不仅忽略了医务人员所造成的法益侵害已经是刑法条文考虑过的因素，也混淆了法益侵害的概率是一个和医疗事故罪评价无关的因素。其实，过失致死伤的刑罚理由，是医务人员在有回避可能性的情况下造成了死伤结果，而不是其医疗行为的反复继续实施，也不是医疗本身包含的危险性。其三，至于有学者将特别注意义务与医务人员的能力挂钩，这无疑会陷入能力优势说缺陷的泥潭。
（二）晚近社会信赖说的乏力
在批评业务过失加重处罚根据的基础上，晚近以来出现了较为有力的社会信赖说。该说认为，业务过失加重处罚的依据在于违反了社会的期待信赖。其中，因业务期待和业务人（能力）期待的不同，又可区分为业务信赖说和业务人（能力）信赖说。业务信赖说主张，业务即义务，社会对从事某种业务之人的业务有所信赖，信任其不会有所疏失而置他人于生命或身体的危险中。据此，医务人员加重处罚的根据在于社会对其从事的医疗行业有所期待。例如，对于患者来说，同样是对医药的建言，医生的通常不会受到怀疑，而一般人的（即便是病友）多数场合也只属于参考，而不会是言听计从，因此，即使二者造成了相同的结果，也应对医务人员加重处罚。这就是说，在社会分工专业化、精细化和复杂化的情况下，为保障患者不会因信赖反受其害，应保证社会对医疗行业合理的期待，并使医务人员恪尽职守。对此，德国早期的刑法立法资料曾有抽象的说明。在日本，曾根威彦教授可谓该说的代表性人物。其主张，由社会生活上或法令所容忍的业务，被赋予了一般人不得行使的排他性权利，这构成了业务即义务的社会期待，也构成了业务过失加重处罚的依据。另外，其他一些学者在阐释业务过失加重处罚依据的场合有时也会涉及这一内容。例如，藤木英雄教授认为：“怠于注意而引起重大结果时，就社会上公认的行为是能安全实施而言，业务者违反了社会的一般信赖，这样行为具有强烈的反社会性。”业务人（能力）信赖说则主张，作为业务过失加重处罚依据的社会信赖，不是业务，而是业务人（能力）。目前，将医疗过失的加重处罚根据单纯建立在业务人（能力）信赖说基础之上的支持者甚少。
就社会信赖说而言，一方面，如果将社会信赖与医疗业务挂钩，其缺陷为：其一，社会信赖难以合理说明医疗过失加重处罚根据。归根结底，过失犯中信赖原则起源于德国，它在交通领域、数人共同实施（容许的）风险性的措施等领域发挥着重要作用。日本引入该理论后，其适用范围由机动车交通事故领域逐步扩张到医疗、企业监督等领域。“现在，不仅在交通事故领域，而且在企业活动与医疗活动及其他活动中，也适用信赖原则。”信赖原则的扩张是客观的事实，且它不是以业务的类型化为扩张标准。那么，区分业务过失与普通过失，并对业务过失以违背社会信赖为由加重处罚，就难以作出合理的说明，毕竟普通过失也完全可能违背社会信赖。例如，患者对于同一种病病友推荐药物的使用，也完全可能出于信赖，且立足于一般人的立场该信赖并非不成立。其二，该说所持的标准十分模糊。信赖是一种社会心理状态，在不同的医疗事故场合人们的感受不尽一致，且受诸多主客观因素的影响人们感受往往差异明显，因此它难以界定。另外，一个具体的、个别的医疗事故案件，是否能够足以损害公众对医疗活动的信赖，是有疑问的。其三，在业务即义务的逻辑下，随着社会分工的精细化和复杂化，业务范围的扩张在所避免，前述的附随业务和同种类业务就是适例，同样这会引发医疗业务范围的难以捉摸，社会信赖无力解决这一问题。为此，有学者主张通过规范的目的，即“适当防止业务执行上之懈怠散漫，致他人有身体、生命之危”，试图限缩业务范围来为本说解困，即当医务人员在工作时间内与医疗业务无关或属性不同的行为，以及医务人员“卸下职务”时的同种类行为，都不是医疗业务行为。但是，这一解释因“弹性太大”而现实中并未对医疗业务范围的限缩发挥多少实质性的作用。因此，它未能得到理论和实务的普遍认可。另一方面，如果将社会信赖与医务人员（能力）挂钩，不可避免地又会出现诸多能力优势说的缺陷。