涉税风险是企业、个人或是税务部门等主体在从事涉税活动中面临的一种不确定性。纳税人少纳税或延迟纳税而面临补税、罚款的风险，多纳税同样存在涉税风险。此次个税改革在带来红利的同时，也隐藏着诸多的涉税风险。从面临涉税风险的主体来看，主要有以下几点：
（一）个人面临的涉税风险
此次改革一大亮点是增加附加六大项专项费用的扣除，客观上给纳税人提供了较大的税务筹划空间，纳税人可选择性地将消费支出往可扣规定靠拢，以获得扣除资格。但在没有准确把握各项费用扣除细则条件的情况下，纳税人可能出现因费用申报扣除不合规，纳税申报错误造成多缴，未缴或是少缴等现象，从而引发涉税风险。另一方面，对于主要来源于资本所得或高额年终奖收入人群来说，此次税改导致年终奖激励作用减弱，相比于中低层收入人群来说，享受改革福利较少，甚至税负增加，这就刺激了高收入人群不得不在调整自身收入类别，转移收入，权衡收入结构的同时面临着涉税风险。
（二）企业面临的涉税风险
修订后的个税申报方式从以往代扣代缴变成了先预缴，然后按年汇算清缴。企业财务人员如果没能及时学习更新税收政策，可能导致未代扣代缴个税时或是扣缴错误，从而引发税务稽查和面临税务机关的处罚风险。此外，在实务中，部分企业长期进行低于3500元的虚假纳税申报。可以预见税改后，依然会有一些企业不计后果地将原先的3500元虚假申报数提升至左右5000，这样做无非是为了少记利润进而达到少缴税的目的。但是用工成本异常的提高，必然会引起税务机关的警惕，引发涉税风险。另一方面，税改的实施使得企业面临薪酬福利体系的重新调整，企业在修订薪酬体系的同时需要考虑企业的用工成本，同时也要考虑用工成本的变动特别是劳动密集型企业税负的变动带来的涉税风险。
（三）税务机关面临的税务风险
对税务机关来说，国地税合并，随着新个税改革的深化、特别是专项费用附加扣除细则的实际操作，纳税人费用申报扣除信息的核实，加上个税申报系统存在的漏洞，即使验证通过了纳税人的身份证信息也不能保证事实就是纳税人本人，还可能存在个人身份信息被冒用进行申报等漏洞。此外，我国个人所得税大量的源泉扣缴，不诚信纳税人为骗取附加费用扣除资格虚假申报等会给税务机关带来一定的税务风险。