1、组织建设涣散，支部功能弱化。
在当前高校教育中，班级作为基本学生组织，定位明确，受重视程度明显高于团支部，且大部分院校的学生管理队伍与团委人员重叠，从而造成辅导员、班主任对基层团支部建设缺乏重视与专门指导。学生则受学分制和网络亚文化影响产生集体意识缺乏、政治意识降低的现状。这些都使得高校基层团组织出现了班、团干部重叠，支部组织架构不清，“以班带团”问题突出；日常管理规范和制度建设不健全，贯彻不到位；团员大会、支委会、团小组应付差事，“三会两制一课”制度执行随意度大，流于形式；团情团务不公开、不透明等一系列问题。基层团组织的管理涣散和职能弱化，大大影响了基层团支部的组织功能和凝聚力。
2、教育方式落后，团员意识薄弱
由于高中时期入团门槛较低, 大部分本科生一入校就已经是共青团员身份，缺乏了层层选拔和培养，使得团员教育环节缺失，大多数大学生团员对国家历史，团史团情，团员使命等缺乏全面而深刻的认识。同时也由于团内政治生活开展不到位，团支部活动大都是完成上级任务的形式主义，单向灌输缺乏互动的团课教育方式也不符合当代青年的多元需求，缺乏吸引力，这都使得共青团思想政治教育工作的职能发挥不理想，从而造成团员意识薄弱，身份认同度低，荣誉感弱等问题。教育功能的缺失直接影响了基层团支部引导力的发挥。
3、信息交流单向，团青互动不畅
随着互联网的飞速发展，青年学生在聚集形式，信息接收方式，交流互动手段等方面都发生了巨大的变化。而共青团目前仍采用自上而下，单向化的团青交流模式进行任务布置、信息传递、结果反馈，这已完全不能适应新的时代发展和青年的交流习惯，势必造成上级团组织与青年团员之间交流受阻，信息获取不对称，反馈渠道不健全等问题。团组织无法掌握青年团员的真实需求和动态，也使得青年团员与团组织日渐疏远，削弱了基层团组织的服务功能和影响力。