我国秘密侦查制度在实践中早已得到广泛应用，但一直没有规范到具体的法律中。2012年7月我国对刑事诉讼法进行新的修改，确立了秘密侦查制度在我国法治化的基本地位。但是，其中很大部分的规定较为笼统，具体的制度方面规定简略，有很大的立法空白，存在着不足之处。
（一）“立法滞后”和“无法可依”呈现尴尬局面
我国的秘密侦查制度发展较为缓慢，和美国、德国这些发达国家相比，立法较为滞后，导致在实践中出现无法可依的尴尬局面。例如线人侦查，是指在侦查工作中，侦查机关和侦查人员在选择、使用、指挥、保护具有能够接触犯罪组织或犯罪人员的条件并愿意为侦查工作服务的人员，从而发现犯罪线索、收集犯罪信息和证据、抓捕犯罪嫌疑人的一项秘密性侦查措施。10.线人侦查在实践当中的运用十分广泛，同时也起到了相当重要的作用。但就目前而言，我国的刑事诉讼法中并未明确规定线人侦查制度。只是在1984年8月，公安部发布了《刑事特情工作细则》，规定了线人侦查的审批是由公安机关负责人进行，对于线人侦查的原则分类做了一些规定。而线人的刑事责任的追究、刑事责任豁免等重要问题都没有法律来加以规制，属于立法上的一大缺陷。
（二）秘密侦查的具体适用规定较为笼统
由于我国秘密侦查制度的立法较为滞后，使得在立法中对秘密侦查适用范围规定的并不具体。因此实务中，对秘密侦查适用范围的运用也十分宽泛。虽然新修的刑事诉讼法中，新增了一节技术侦查措施，让秘密侦查措施中的技术侦查终也迈上了法治化的阶梯。但我国的技术侦查还包括很多具体的侦查活动，如：秘密监听制度。在刑事诉讼法中并没有进行一一分类，只是全部笼统的概括为技术侦查措施；这很容易在实践中产生混淆。刑事诉讼法第148条只是确保了技术侦查措施已经合法化，当然149条对严格的批准手续作出一些细化，比如对技术侦查措施的种类、适用的对象以及法定期限做了略为细致的规定。但是，其中的法定期限规定时间较世界各发达国家的法定期限略长，有碍秘密侦查高效性的实现。
对于卧底侦查，刑事诉讼法第151条的规定确立了我国卧底侦查的法律依据。但是，在查明案情之时，并未说明具体的适用范围和适用对象。我们不能对所有的犯罪行为都适用卧底侦查的手段，这样既浪费司法资源又会使得公民的人权无法得到基本的保障，所以还要对卧底侦查的适用范围和适用对象作出更加详细的规定。同时，对于一名卧底侦查员来说，打入犯罪组织内部获取犯罪嫌疑人的信任需要很久的时间，甚至必要时刻还要进行一些犯罪行为。由此可见，在大法益的面前必然要牺牲小法益；当侦查人员在参加重大的犯罪案件时，若其所保护的法益小于将要侵害的法益，便要阻止犯罪的发生。这样卧底侦查可就以在适当的限度下灵活发展。
（三）审批权与执行权同一，监督机制形同虚设
我国目前的审批制度是属于内部审批制度，也就形成了审批权和执行权的同一。例如刑事诉讼法第151条规定，最终应由公安机关负责人来审批卧底侦查是否实施，而实践中，也是由公安机关来负责侦查。由此可见，这属于内部审批，且并未有明文规定建立外部审批制度。监督机制又不健全，没有很好的外部监督机制，这样大大增加了卧底侦查措施的滥用，内部监督机制形同虚设。同样，我国刑事诉讼法第151条第2款的规定解决了长期以来在实践中，控制下交付手段无法律明文规定的尴尬局面。但公安机关是审批控制下交付手段的授权主体，也属于内部授权。若说对控制下交付制度开展外部监督，却是比较困难。因为对于毒品犯罪，只有公安机关最为了解，而且在犯罪活动中都是秘密性和快速性的，很难办理复杂而又繁琐的外部监督手续，如此一来，外部监督就无法得到体现，可以说这是一大难点，也是一个重大缺陷。
（四）对公民权利保护的欠缺
公民权利是每个国家不可或缺的基础。其中公民权利分为实体权利和程序权利。其中，秘密侦查制度中的卧底侦查、诱惑侦查甚至是控制下交付侵犯了公民的隐私权和人格自律权，而技术侦查则妨碍了公民的言论自由权、居住权、通信秘密与自由权。隐私权是自第二次世界大战结束以来为世界各国所认同的一种公民权利。但在我国立法中并未明确规定隐私权，而是在《宪法》中规定了“公民的人格尊严不受侵犯”，这里的人格尊严可以理解为隐私权的含义；在最高人民法院1988年通过的关于贯彻执行《民法通则》若干问题的意见（试行）第140条的规定，实际上将个人隐私问题归属于名誉权的范畴。11.可以看出，我国的隐私权还仅仅停留在民事权益的方面，并未包含在公民基本权利之中。而人格自律权也未在宪法中明确规定，但也可在人格权方面进行理解。秘密侦查中卧底侦查和诱惑侦查对公民程序权利的侵害主要有侵害公民不得强迫自证其罪，技术侦查中对无罪推定程序权利有所涉及。同时，在秘密侦查的过程中，犯罪嫌疑人无从知晓其权利正在受到侵害，也没有途径了解调查过程和结果的真实性与合法性，这些程序的缺失对审判的公正性有重大影响，出现误判和错案的机率就会大大增加。
（五）救济制度的缺失
我国刑事诉讼法并未规定在事后对相关当事人有告知制度，这便不利于对相关当事人行使救济权利，尤其是犯罪嫌疑人。目前，秘密侦查制度已加入法治化进程，在打击犯罪的同时更要注重保障人权，不仅是保障被害人的人权，也要保障犯罪嫌疑人的人权。我国大部分秘密侦查措施都未规定事后告知制度。在运用这些措施进行侦查后，相关当事人没有获得知情权，人权和隐私权受到侵犯，这是不可取的。为此我们更应建立救济制度，防止错案的发生。同时也避免侦查人员在侦查过程中实施违法犯罪行为，或是未经批准实施越权行为后产生了法律责任而无人问津。
（六）诱惑侦查法律规制较为落后
诱惑侦查是指，在对重大复杂的隐蔽性犯罪案件进行侦查时，在有证据证明犯罪嫌疑人有犯罪意图或犯罪倾向的情况下，侦查人员严格根按照法律规定为犯罪嫌疑人提供犯罪机会或制造条件，在其进行犯罪或自我暴露时将犯罪嫌疑人当场抓抓获并收集犯罪证据的一种秘密侦查行为。12.诱惑侦查分为两种：犯意诱发型和机会提供型。在世界各国的诱惑侦查法治化中，他们中的大多数人认为犯意诱发型的诱惑侦查因为犯罪嫌疑人没有犯罪意图却因侦查人员的引诱和刺激而实施犯罪行为，属于侦查人员的诱陷行为，不予认为犯罪成立。而机会提供型诱惑侦查则是对本有犯意的或在之前已经实施了犯罪行为的犯罪嫌疑人提供犯罪条件使其实施犯罪行为。这种诱惑侦查并不是侦查人员所导致的，而仅仅是为其提供了客观条件，即使不提供客观条件，犯罪嫌疑人仍然会实施犯罪行为。因此这种诱惑侦查并未被其他国家所禁止。我国刑事诉讼法第151条中的规定中显然是指犯意诱发型的诱惑侦查。在我国的侦查实践中，机会提供型诱惑侦查也有很多案例。对于诱惑侦查，刑事诉讼法除了审批程序是由公安机关负责人决定的规定以外，就没有其他的法律规制了。由此可见，诱惑侦查的监督机制和救济方式都没有得到法治化的发展，如此一来，诱惑侦查的滥用问题无法得到真正的解决。也不能就犯罪嫌疑人的无罪辩护和侦查人员非法诱惑侦查的法律责任问题做出公正判断。