“两新”党建既是一个理论命题，也是一个实践问题。什么样的党建才能实现对“两新”组织的有效覆盖，如何整合来自不同层次、个体差异性极大的“两新”党员，如何增强“两新”党组织的政治引领作用等疑问都是“两新”党建面临的迫切难题。除上述几方面外，当前学界还对“两新”党组织的长效机制建设、党务工作者队伍培养和流动党员管理等问题做了探究。
（一）“两新”党建长效性机制研究
随着实践经验的积累，众多研究者聚焦“两新”党建的发展瓶颈及其对策的研究上，关注如何构建起“两新”党建持续发展的长效性机制。为了有效推动“两新”组织党建，适应新常态发展方向和新时代的发展要求，有的学者提出要从制度化建设、规范化建设以及程序性建设等多个方面进行保障。
王世谊通过对苏南地区新型区域发展模式的典型研究认为，昆山市通过设置标准、等次认定等举措建立的多主体、多层级的“两新”党建绩效考核机制，在实现“两新”领域完全覆盖、先进作用充分发挥的基层党建格局中作用甚伟。鉴于此，学者们多从“两新”党组织功能履行的微观视野出发，分析“两新”党建考核指标设置的基本趋向。王刚认为，实现党建考核的规范化是提升“两新”党建实效、促进“两新”组织发展的必由之路，最重要的考核指标就是党务工作者队伍的建设成效。王锦程在分析重庆市“两新”党建经验的基础上，指出当前“两新”党建困境的破解方向，在于实现“两新”党建与社会管理的功能匹配，因此要采用社会稳定的指标来评价检验党建效果。
随着“两新”组织党建工作逐步深入、“两新”党组织日益增多，“两新”党建的经费保障问题逐渐凸显出来。吴晓敏认为，当下依靠捐赠的“两新”党建经费具有来源的不稳定性，这是制约“两新”党建长效机制的重要瓶颈。刘冀瑗认为，部分地方党委推行的“上级下拨、财政支持、社会筹集、业主赞助”的经费筹措方法值得借鉴，但亟须建立长期有效的制度化保障机制。
（二）党务工作者队伍建设研究
“两新”党务工作者的队伍建设效果关系到“两新”党建工作的实际落地，也是“两新”党建面临的迫切问题。因此，当前学界多从组织带头人的角度来讨论如何开展“两新”党建。鉴于当前“两新”党务工作者的供需矛盾，林立公认为要突破单位、地域、体制的限制，建立多层级的“两新”组织党群干部人才库。冉隆松则着眼于“两新”书记配置机制的具体环节，认为可采取上级委派、内部选拔、社会招聘等市场化运作方式解决党务工作者的供需矛盾。
薛小荣将目前“两新”党建低效现象产生的原因总结为党务常识欠缺和组织程序不清，认为提升书记的专业化党务能力对“两新”组织党建至关重要。有的学者从“提升企业治理效能抓手”的角度解释党务工作者的队伍建设，认为选拔、培养“两新”党务工作者是党组织在企业治理过程中发挥作用的制度性保障。因此，“两新”党务工作者不仅要有过硬的思想政治素质，还要熟悉了解生产技能、市场理论和现代管理知识。
（三）“两新”组织流动党员管理研究
流动党员作为新形势下“两新”党员队伍中出现的特殊群体，其管理问题已经成为一个亟需研讨的重要课题。面对当前流动范围日益广泛、人员结构日益复杂的“两新”流动党员群体，王世谊认为，“两新”流动党员的关系接转、活动参与、党费交纳、权利实现等环节在现实中都面临着诸多难题。
“两新”流动党员管理不仅可以促进“两新”组织的发展，同样也涉及到社区建设，学者多秉持“流动到哪里，党组织就覆盖到哪里”的观点对此展开讨论。方士雄认为社区内的党员服务中心在接纳流动党员、孵化“两新”党组织、党员联系群众、强化党内关怀等方面发挥着至关重要的作用。学界还有观点认为，流入地公共服务的差异化供给是“两新”流动党员权利实现的重要制约因素。
有学者专门从流动党员的过渡环节探讨了流动党员管理的实践途径，认为“两新”党员的组织关系转接在实践中存在困难，但可以在结构上做到有序安排，在过程上实现有效接合，并依据相关规则形成有序的流动党员管理秩序，如杨和文认为流动党员要在一定时限内到现单位所在地的居民区党支部予以注册，逐级推行流动党员登记制度；冉隆松认为要大力清理“隐形”党员、“口袋”党员，引导他们主动亮明身份还有不少学者认为在“两新”流动党建中变革载体方法，应用网络资源势在必行。