目前，应用型本科高校虽然逐步认识到创新创业教育对学生成长、成才的重要性，并开始了对创新创业教育工作的研究与探索，但对双创教育本身仍然普遍存在着认识上的误区，尤其在教育理念上，创新创业教育与专业教育泾渭分明，相互隔绝，从而导致目前高校的专业人才培养与与区域经济建设对创新创业型专业人才需求的矛盾。概括起来，目前应用型本科院校的创新创业教育主要存在以下几个方面的问题：
（一）创新创业教育概念不清晰
尽管国外对创新教育也非常重视，同时他们的创业教育也开展了很多年，但他们却始终没有将两者联系在一起，而在我国之所以将创新教育与创业教育结合在一起（即创新创业教育）是基于我国的具体国情和所处的时代而对教育提出的新的概念和新的要求。由于创新创业教育本身包含着创新教育和创业教育两个方面的内容，因此，创新教育与创业教育作为两个不同的概念，其价值取向（目标）和内涵都是有区别的。创新教育是指以培养人的创新精神和创新能力为目标的教育实践活动；创业教育则是指以培养人的创业意识和创业能力为目标的教育实践活动[5]。因此，创新创业教育应当是以培养人的创新精神、创新能力、创业意识和创业能力为目标的教育实践活动，创新创业教育应当是面向全体学生、贯穿于人才培养过程的始终。然而在实践中，由于概念不清，很多本科高校都将创新教育与创业教育混为一谈，甚至片面地将创新创业教育理解为创业教育，认为：创新创业教育就是高校指导学生创办企业或开办公司，所以创新创业教育也主要是面向少数有创业意向的学生而开展的；同时，很多应用型高校的管理者和教师对创新创业教育的本质也存在着认识上的偏差，甚至认为：创新人才培养主要是重点大学的任务而非应用型本科的人才培养目标。以至于大部分高校的创新创业教育不仅起步晚，而且进展缓慢，与经济社会发展的要求极不相符。
（二）在思想观念上，将创新创业教育与专业教育相割裂
目前，大部分地方高校的创新创业教育都是通过单独开设几门创新创业课程来实现的，之所以出现这种现象，主要是由于我们在思想观念上就已经将创新创业教育与专业教育割裂，将创新创业教育片面理解为开设创新创业课程。高校管理者和教师普遍认为：创新创业教育教育应当由专门的教师来完成，与专业教学无关。由于我们在思想观念上将创新创业教育与专业教育相割裂，在教育实践上，就势必会导致现在地方高校创新创业教育的条块分割与多头管理现象，即有的高校将创新创业课程与大学生就业指导课程捆绑，教学由就业指导中心承担，课程主要由就业指导中心的老师兼任；有的高校将创新创业课程与职业生涯规划课程捆绑，教学由团委负责，课程主要由辅导员承担；有的高校将创新创业教育课程与职业道德修养课程捆绑，教学由思政部负责，课程由思想品德课程的老师承担；有的高校的创新创业教育直接由地方政府的创业大学提供课程；有的高校甚至直接使用网络视频课教学；也有部分高校是通过分流出部分教师，成立专门的教研室（如创新创业教育教研室）或创新创业教育学院来承担全校的创新创业教育的教学任务。总之，无论采用的是什么样的组织形式，由于在我们在思想观念上已经将创新创业教育与专业教育割裂，最终的结果一定是创新创业教育作为独立的课程从专业教育中分离出来，承担创新创业教育任务的教师就只能是教师队伍中的一小部分而不是全体教师的共同参与。总之，思想认识上的割裂必将导致实践上的割裂，之所以在高校的创新创业教育中会出现我们所列举的诸多问题，其背后隐藏的深层次问题就是我们在思想观念上将二者割裂。
（三）创新创业教育目标与应用型人才培养目标偏离
思想认识上的偏差必将导致创新创业教育目标与地方本科院校应用型人才培养的目标偏离。由于我们片面地将创新创业教育目标定位于学生创业（创业人数和创业项目）上，注定会因对创业成果的过分关注而忽视对学生创新精神和创新能力的培养；也会因课程目标设置上的偏差而将精力聚焦于少数有创业意向的学生，从而忽视了对全体学生创新精神和创业意识的培养，最终导致创新创业教育目标与应用型人才培养目标的偏离。最后不仅学生创新创业能力培养的目标没有实现，甚至连最基本的创业教育目标也不能很好地达成。从表面上看各个高校的创新创业教育（从严格意义上讲只能说是创业教育，因为创新教育已经被创业教育所掩盖）轰轰烈烈，学生的创业项目铺天盖地，但成功率却很低。究其原因，主要是由于创新创业教育与专业教育相割裂、相分离，造成大学生的创业项目层次不高、专业性不强、同质化严重（大多都是与自己专业毫无关联的餐饮、快递、电商类如各种APP等的创业项目），导致竞争激烈，创业项目缺乏可持续发展性，很难走远。
（四）在课程体系中，将创新创业教育与专业教育分离
大多数高校的创新创业教育都只是单独开设几门相关课程，而没有建立起完整的创新创业教育课程体系，同时甚至有些高校还将这几门创新创业课程设定为选修，仅供部分有兴趣（或有创业意向）的学生选择学习，在这种教育思想和课程体系下，既无法实现创新创业教育的全覆盖（面向全体），更无法实现创新创业教育与专业教育的有机融合（即贯穿全过程），可想而知，以至于培养出来的学生对创新创业的认识只能是粗浅的、碎片化的，仅仅停留在感性认识层面上，很难上升到理性认识的高度，更难灵活运用于专业实践中。究其原因，就是创新创业教育与专业建设结合不够密切，没有把创新创业能力培养作为全体师生的共同追求，更没有在行动上实现创新创业教育与专业教育的融合发展，即没有把有关学生发展的“创新创业+专业发展”合二为一，将二者融合发展是我们追求的目标。
（五）创新创业教育与专业教育在课程内容中的割裂
由于在思想观念上存在着错误认识，教师在课程教学中（这里指创新创业教育课程之外的其他课程）很少涉及有关创新创业的知识与方法，也就是将创新创业教育游离于专业教育之外，或者说我们对学生创新创业能力的培养仅仅依赖于创新创业课程，这就是目前大学生创新能力差、创业成果与专业的关联度低的根源所在。