1961年日本的农业基本法为日本的农业支持政策的实施提供了基本的法律依据和框架，1999年又颁布了新的《食品·农业·农村基本法》，同时废除了1961年制定的《农业基本法》，2004年《食品、农业、农村政策审议会》对农业新基本法的基本计划进行修改，将农业环境、资源保全政策与经营安定对策、核心经营者与农地制度改革问题作为主要议题，2005年颁布了新的《食物、农业、农村基本计划》和《农业环境规范》，提出了全面实施环境保全型农业政策，并将此作为享受政府补贴、政策性贷款等各项支持措施的必要条件。
经过半个多世纪的发展，日本以其完善的市场体系和发达的农业现代化为依托，形成了日趋完善的农业支持政策体系。日本农业支持体系主要包括价格支持政策、农业服务支持政策、贸易政策等措施。本部分将从日本农业支持水平和结构变化具体分析日本农业支持政策体系。
（一）农产品价格支持政策
为推动农业生产发展，维护粮食安全，日本对农业实行高度保护。其中，农产品价格支持政策是日本农业保护的主要手段。
1.管理价格制度
日本农产品管理价格制度是指不按照市场供需决定价格，政府直接控制农产品的收购、批发、销售价格的制度。其中最具代表性的是大米的价格管理制度，由农林水产省每年根据“米价审议委员会”的建议，制定严密计划，并由政府指定的商业组织负责完成大米购销计划的落实，超过计划规定量的大米才可以在市场上自由流通。
2.调节价格制度
调节价格制度是以市场自由流通为前提，根据市场供需状况自发形成的农产品价格，政府只是通过有关机构对农产品的价格进行一定的调节。针对不同的农产品，日本实行的调节价格制度分为以下几种：最低价格保证制度，稳定价格带制度，差额补贴制度，稳定基金制度。
（二）直接支付政策
由于日本对农产品价格支持政策的依赖性较高，削减价格支持的难度越大，因此日本自乌拉圭回合谈判以后才逐步正式使用直接支付政策。
1.针对山区、半山区农户的直接支付
为提高直接支付政策的效果，日本政府出台了针对山区、半山区农户的直接支付政策《针对山区、半山区地区等的直接支付制度》，该制度规定至少有1公顷以上毗邻的农田，且能够满足规定条件的才可以获得直接支付，其农业生产活动需要有助于减少或者避免撂荒。接受支付的对象需要和地方政府签订协议，签订协议的农户必须根据协议确定进行农业生产活动，如果违反协议要求，除非属于不可抗力的作用，否则农户必须归还已经享受的直接补贴。
2.生产资料购置补贴
为提高农业生产效率，日本农林水产省规定，凡是按照一定标准联合起来集体进行平整的耕地、区划田块或养猪、养鸡、用温室生产蔬菜的农户，在购置农业机械设备的费用，中央财政提供50%的补贴，都道县提供25%的补贴，其余25%可从接受国家补贴的金融机构得到贷款，有些地方市町村财政还要补贴12.5%。
（三）一般服务支持政策
乌拉圭回合农业协议签署后，日本开始较大幅度地调整国内支持政策，其突出特征就是在乌拉圭回合农业协议所允许的“绿箱”政策范围内加强政府一般服务支持。
1.日本的农业基础设施建设
第二次世界大战之后，薄弱的基础设施建设阻碍农业生产力的发展，于是日本政府开始加大对农村的道路建设、水利灌溉、农用地保护利用等生产领域的基础设施的建设，还直接主办农产品批发市场，以及资助农协建设恒温仓库、综合加工设施、低温运输设备、农产品分类包装设施等农业流通领域的基础设施。日本政府农业投资在财政预算中所占的份额不断增加，并通过立法将农田基础设施建设加以规定。
2.日本的农业科技服务
日本坚持科学立国，一直以来都重视科技对农业的影响，把科技进步作为发展农业的关键，逐渐建立起比较完善的农业科研教育和推广体系。其典型特征是“官学民”一体，即由国立和地方公立科研机构、大学、民间科研机构三大部门组成科技服务体系，并以国立科研机构为科研骨干。这种农业科研体制为调动政府、大学、企业和社会各方面的科技服务发展了重要作用。
3.日本的农业信息服务
日本非常重视农业信息服务业，政府设立专门机构负责国际农产品贸易与市场信息的收集、统计和分析工作，进一步提高信息服务工作质量日本的农业市场信息服务由“农产品中央批发市场联合会”主办的市场销售信息服务系统和由农协主办的市场预测系统两大系统组成，两大系统为农户提供了准确是市场信息、农户可以对国内市场乃至世界市场每种农产品的价格和生产数量有比较全面准确的了解。
（四）农业保险支持政策
日本另一项重要的生产者支持手段是建立覆盖范围广泛的农业保险体系，日本农业保险发展历经70多年的发展，其发展日臻完备，自1929年开始，日本就开始构建其农业防灾减灾的法律体系，并不断加以完善。以1947 年《农业灾害补偿法》为基础的日本农业保险被认为是世界农业保险制度的“成功经验”，该法是现在日本农业防灾减灾制度的主体法律，其成功之处在于其农业保险法律制度具有一个长期的连续性的且富于生命的运行体系。
日本农业保险制度的实施，最大程度的降低了农业灾害给农业带来的损害，保证了区域农业及经济的稳定。分散了农业风险的最终负担，有利于弥补财政救灾资金的不足，减轻了政府灾后筹措救灾资金负担，使财政负担实现均衡化。
（五）农产品贸易支持政策
日本作为一个资源稀缺国，主要对农产品实施进口，于是日本实施高关税、低补贴甚至对出口不补贴的政策措施，从关税水平与关税超过100%的产品种类上分析，日本的关税高达58%，进口关税超过100%的农产品多达142种。
近年来，日本与其他国家建立经济伙伴关系，并促进农产品出口。日本政府已设定到2019年出口1万亿日元（约90亿美元）的目标。自2012年以来，农产品出口价值连续增长。2017年，农林牧渔产品和食品出口增加值比2016年增长8％，创下8070亿日元（72亿美元）的历史新高。根据相关协议，合作国家对农产品征收的大部分进口关税都将被取消。政府计划根据协议和国际标准促进农业生产，保护知识产权，促进出口。