“三国时期正统与《三国志》正统观的论述在他们（按：宋代学者）的整个正统理论中处于关键的地位”，司马光自不能外。事实上，“正”曹魏还是“正”蜀汉是一位史家正统论的试金石，在古代士人的正统观中居于核心地位。因此，专门考察司马光的三国正统观很有必要。
魏、蜀、吴三国均非正统，应一视同仁。这就是其三国正统观的核心内容。
司马光不认为曹魏是正统王朝的论证已如前述。当然，他也不“伪魏”或“正蜀”，其原因前贤多有论及，其中四库馆臣的说法最具代表性：“宋太祖篡立近于魏，而北汉、南唐迹近于蜀，故北宋诸儒皆有所避而不伪魏。高宗以后偏安江左近于蜀，而中原魏地全入于金，故南宋诸儒乃纷纷起而帝蜀。”这一观点至今仍是学界主流。但是，有学者考证：“早在宋朝建国之初，上层意识形态已经统一好口径，明确了宋太祖的陈桥兵变、黄袍加身是突发事件，事前完全没有预谋，这和曹操处心积虑数十年去篡立东汉是有天壤之别的。换言之，不管历史真相究竟如何，宋太祖的篡立和曹魏的篡立性质是否一样，既然统治阶级给这个历史事件定下基调，那么宋代学者在涉及这个问题时，自然不会把天命所归的大宋与野心篡立的曹魏相提并论，也不需要通过‘不伪魏’来达到‘不伪宋’的目的。”如果这一说法能够成立，司马光“不伪魏”的原因就必须重加探析。
在前引两文中，他未下一字“不伪魏”，却连篇累牍“不帝蜀”。显然，后者才是他的用意所在。
在修《通鉴》时，司马光坚决反对南人刘恕的“帝蜀”说，理由不是其一贯标举的“夫统者，合于一之谓也”，而是“昭烈之汉，虽云中山靖王之后，而族属疏远，不能纪其世数名位”，并与“南唐烈祖称吴王恪后，是非难辨”联系起来，其“不帝蜀”的用心，昭然若揭。
李昇建立南唐，自称唐后，承唐“正统”，实力强大，窥伺中原，后虽渐趋衰弱，但北宋进行统一战争时，其抵抗在南方诸国中仍最为顽强。因此，北宋对南唐一直有所忌惮。南唐立国江南，本非唐朝后裔却以此自居，与中原王朝对峙数十年；蜀汉建国川蜀，自称汉室正统并宣称绍汉，与曹魏血战将近半世纪，两者非常相似。为不予南唐正统，不帝蜀确有必要，这在黄初二年“臣光曰”和《答郭长官纯书》中都有明显表露。“蜀先主自言中山靖王之后，而不能举其世系。后唐出于沙陀，姓朱邪氏，唐赐之姓……李昪起于厮役，莫知其姓……及称帝，慕唐之盛，始自言姓李，初欲祖吴王恪，嫌其诛死，又欲祖郑王元懿，命有司检讨二王苗裔，有司请为恪十世孙。昪曰：历十九帝，十世何以尽之？有司请以三十年为一世，议后始定。”对此司马光问道：“今三家皆谓之余，可乎？”在对南唐“唐室后裔”的身份极尽嘲讽的同时，将其与刘备联系起来，充分表明了司马光不以蜀汉为正统，是为了不“正”南唐，并非“为本朝讳饰”。