1895年5月，根据《马关条约》日本进占台湾。为掠夺台湾山地资源，统治之初日本即将山地原住民列入“殖产”的项目下，而将其与作为地方行政对象的汉人统治完全分开。1896年4月1日，日本政府公布“台湾总督府抚垦署官制”，明确把“蕃人”居住的“蕃地”划为特殊行政区，而与汉人居住的普通行政区分开。同时提出以进化和服从的程度为标准，划分蕃人为熟、化、生三阶段。但与清朝不同，生与熟不仅仅是文化主义的区分，更重要的是通过区分对不同的蕃人施与不同的待遇，并直接反映在法律和行政的实行上。此时宜兰的平埔蕃属于熟蕃，居于普通行政区，接受与汉人同样的行政管理；而东海岸和阿美混居的加礼宛人则属化番，被归为平地蕃人，采取特殊之行政政策。
为加强对台湾的资源掠夺及对原住民的统治，台湾殖民政府积极开展蕃地的勘查工作，同时人类学家也随着日本的占领来到台湾。1895年，田代安定、伊能嘉矩先后随军来到台湾并长期停留，鸟居龙藏也受东京帝国大学派遣短期对台湾原住民进行调查，因此在理蕃行政展开的同时，另一个以台湾原住民为对象的殖民地人类学知识生产体系也同时形成，其中最具代表性的则为伊能嘉矩的研究。
1898年4月，伊能嘉矩发表《台湾土著进化的程度》，首次提出所谓汉人族之外的台湾蕃人全部的系统分类并说明了分类的原则：一是体质的特征，二是土俗的异同，三是思想的现状，四是语言的异同，五是历史的口碑，将共有某种特殊性质的蕃人集成一体，再依据其共有特征的远近，划定系统上血缘的远近。1898年5月，伊能进一步发表《台湾各蕃族的分布》说明各蕃族的分布区域与文化特征。1900年出版的《台湾蕃人事情》，从蕃族志、蕃语志、地方志、沿革志以及最后的结论五个部分分析台湾原住民。
伊能的台湾原住民分类知识，包括以下几个面向：首先，批评了固有的生蕃和熟蕃分类，认为是清帝国基于政治上蕃人归化与否而来的分类概念，是政治的行政概念而非科学的种族知识。其次，将19世纪西方发展出来的人类学知识作为其种族分类的参考框架，将台湾原住民分为八族，其中泰雅族、布农族、邹族、鲁凯族、排湾族、卑南族、阿美族七族居住在山区及东部，归为生蕃，其他居住在平地的族群统称为“平埔族”。伊能分类时，以地理分布、番社与户口人数、统制（政治）、土俗、惯习、创世的口碑、生业等七项指标来检验可否归为同一族群，其中结婚、生育、疾病、葬礼、祭祖及猎首六项惯习更是族群分类的重要指标。最后，对于政治生活习俗多半已经汉化的平埔蕃，伊能认为平埔之名并非自称，而是汉人给的族称。汉人所称呼的熟蕃不等于所有的平埔蕃，当然，平埔蕃中熟蕃占了绝大多数。伊能应用口述与史书记载两相对比的方式，发掘平埔族所谓的22项旧俗，依照汉化程度将其分为四类十族：一、习俗与语言完全汉化者，包括了马卡道、西拉雅、鲁罗阿、猫雾捒、阿里坤、巴布兰、道卡斯和凯达格兰族；二、习俗已经汉化，但仍旧使用自己的语言的巴则海族；三，部分蕃俗仍旧保留，而且仍在使用自己的语言者，主要指的是宜兰方面的噶玛兰族。四、尚未汉化且仍旧保持自己固有的文化的自称Amutoura的赛夏族。
很明显，虽然伊能嘉矩批评熟蕃生蕃的分类体系，但生蕃和平埔蕃的基本分类架构仍然是建立在汉人原有的一套演化概念上的，同时他又结合西方种族研究的知识、中文的文献记录与田野中的民族志资料，以新的分类概念、新的文化演化观将台湾的种族现象重新改写成一套新的种族知识，建构出了一系列的“族”。这一知识体系也影响到了当时日本殖民政府的台湾人群分类。噶玛兰族就是平埔族下十个亚族之一。1896年10月1日至24日伊能嘉矩与植物学家粟野传之丞等调查了宜兰平原共八处平埔蕃社，并在宜兰城内停留六日，查阅官署的档案以及密集访问住在城内的噶玛兰三十六社总头目振金声。从1897年7月28日起，伊能以《宜兰方面平埔蕃的实地调查》为题，一连发表了6篇关于宜兰平埔族的实地调查报告，内容包括了《实地调查行动的概述》、《关于平埔蕃的口碑与历史》、《蕃社的分布与地理》、《平埔蕃过去的习俗》、《平埔蕃目前的习俗》、《平埔蕃的语言》、《调查宜兰方面平埔蕃现状的学术价值》等。