（一）建筑业增值税征管难点
1.混合销售行为和兼营行为界定不清晰
依据财税（2016）36号文中对混合销售的定义，建筑企业在销售建筑材料或者机器设备的同时提供施工服务，可以称为混合销售。而根据国家税务总局2017年11号公告中的规定，建筑企业在销售机器设备等自产货物的同时提供建筑安装服务，不属于混合销售。在最新的国家税务总局2018年第42号公告中再次表明，作为一般纳税人的建筑企业销售自产或者外购的机器设备的同时提供安装服务的，均可以按照兼营行为分别核算。
2.总包与分包工程中分包款扣除核算混乱
建筑业纳税人跨地级市提供建筑服务时，预缴增值税的计税依据是“取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额”。在实务工作中，各地税务部门在预征建筑业增值税时，对分包给个人比如说包工头的工程款项能否从销售额中扣减的规定各有不同。有些税务机关认为可以作为分包款扣除，另一些税务机关认为支付给个人的工程款属于劳务费，不属于分包款。面对这种现状，建筑企业为使得自身利益最大化，往往会“择优选取”机构所在地或者建筑服务发生地，各地执法口径的不一致不仅带来了税收政策的不公平，也降低了税务机关纳税服务的形象。
3.关联交易引发税收风险
建筑企业为减少交易成本，经常会通过关联方购买商品和服务，从而形成关联交易。同时由于建筑行业涉及的增值税税率的差异（如建筑服务的税率为10%、建筑设备租赁服务的税率为16%、劳务派遣的税率为6%），建筑企业还通过关联方交易规避税收，建筑企业会与上游的建筑租赁企业，下游的建筑劳务等企业共同进行税收筹划，以减轻税收负担。如何分辨税收筹划的合理性和合法性也是基层税务机关建筑业税收征管的难点之一。
（二）建筑业企业所得税征管难点
1.收入确认时点不明
根据国家相关条例的规定，建筑企业持续提供建筑工程超过12个月的，应当按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入。但由于拖欠工程款的现象普遍存在，纳税人通常是不论完工进度如何，均采取不收款不确认收入，不开票不确认收入的税务处理办法。同时税务部门工作人员普遍缺乏相应的工程预算知识，很难准确判断工程完工进度。这就导致很大一部分建筑企业实际上没有按照完工百分比进行相应收入的结转，进而导致收入确认时点滞后，影响增值税和企业所得税的正确缴纳。
2.核定征收与查账征收衔接的混乱
建筑行业的特殊性使得其中小企业纳税人居多，会计核算不健全的情况频繁发生。对于账目核算不健全或者无力建账的建筑企业，税务机关会选择核定征收其企业所得税，应税所得率在8%-20%之间浮动。但是在实际征管中，各地的税务部门很难根据每个企业的实际差异来征收企业所得税，基本上都是由省市级的税务局划分一个统一的标准，这个标准依据的是行业的平均利润率，而不是每个建筑企业的真实盈利状况，这种办法下使得高利润的公司减轻了负担，但也忽视了低利润企业的发展。而且，在核定征收的情况下，削弱了税务部门对成本费用监管力度，不利于建筑企业加强费用凭证的规范管理，上游企业不开发票，存在大量白条现象，从整体和大局来看，也会造成更严重的税收流失。
另外由于国地税的合并，部分建筑企业将会由核定征收改为查账征收，那么在过渡期间原本不予抵扣的成本费用等问题又会成为税务机关新的征管难点。例如在核定征收期间的建筑企业发生的施工劳务已经决算但未收到工程款，等到查账征收企业所得税期间才收到核定征收期间已决算的发包方拖欠的工程款，建筑企业将被要求按照查账征收方式计算企业所得税，企业所得税负担增加，必定会导致建筑企业的不满。再者，对于建筑企业已经完工的部分工程但未支付工程款的情况下，税务机关使用哪种征收方式也存在争议，有学者提出两种处理方法，已经完工的部分核定征收，未完工的部分查账征收，或者重新做账处理统一查账征收，这两种做法都有待商榷。
3.跨地区经营征管困难
国税函[2010]156号中对跨地区经营的建筑企业所得税征管有明确规定，但在税务机关实际征管中存在着争议。首先，跨地区经营的建筑企业预缴所得税政策本身就较复杂，税务机关在操作过程中，需要从各个环节了解企业是否设有二级机构、是否设有项目部等，很多建筑企业在机构设置方面相当复杂，厘清机构之间的从属关系无形中增加了税务部门的负担，更别提有些二级机构有名无实的状况使得税务机关的操作流程更为复杂。再者，有的企业直接在大的管辖区域内设置了二级机构，那么企业所得税由哪边来收，又需要税务机关花时间和精力进行沟通，总局的规定似乎过于笼统，加之实际情况复杂多样，可能会导致税务机关在理解和执行上都存在问题。