（一）高校层面
1.对审计工作的重视不足
高校对审计工作的重视程度主要表现在高校对工程审计的人员配备、软硬件设施的配置上。 很多人认为随着工程审计工作社会化，高校审计部门的工程审计人员就是“摆设”，高校审计部门软硬件设施的使用效益不高， 所以对工程审计的人员和设施配备不足，倒逼一部分高校的工程审计工作不得不从委托审计发展成为“甩托”审计，审计部门缺乏对委托工程审计质量控制的客观条件，造成审计风险。
2.委托工程审计的相关制度有待完善
虽然现在高校委托工程审计办法较为健全，但是对于审计具体实施细则存在缺失， 对于监理单位和社会中介机构的职能界定不清，极易造成工程监督重复和工程监督盲区， 降低工作效率，产生审计风险。其次，部分高校对委托工程审计的质量控制没有专门的制度，对社会中介机构的审计过程缺乏约束， 审计过程马马虎虎，审计数据“差不多”，导致最终审计结果的质量大打折扣。
（二）审计部门层面
1.对报送的审计资料查验不严
在基建工程竣工结算过程中，高校审计部门充当的是项目主管部门和社会中介机构之间资料交接的角色， 审计部门对项目主管部门报送的审计资料查验不严，一方面极易造成审计资料不完整或审计资料重复的情况， 另一方面在审核审计报告时不熟悉审计项目的重点审核内容，无法起到审计报告复核的作用。 此外，对结算审计过程中需要补充的资料，未经高校审计部门审核直接转交给社会中介机构审计，造成高校审计部门对审计资料把控不严，加大审计风险。
2.对社会中介机构监管不到位
对社会中介机构的监督管理主要表现在两方面，一方面是选择优质的符合条件的社会中介机构，虽然高校大都通过招标等方式确定审计中介机构，但现在的中介市场不稳定，社会中介机构资质挂靠， 招投标围标的行为频繁发生，在这种环境下，真正优秀的社会中介机构无法被选择，很多品质低下的社会中介机构在市场中鱼目混珠，加大了选择社会中介机构的难度。另一方面，在审计过程中对社会中介机构进行监管。有的高校将工程审计全权委托给社会中介机构，审计部门被“孤立”起来， 审计部门对工程审计过程中出现的问题知之甚少，甚至一点也不知道，造成施工单位只知社会中介机构不知审计部门的现象，造成审计部门对社会中介机构的监控缺失。 另外，社会中介机构原本是为高校审计部门服务，一旦脱离高校审计部门的管理，极易给高校造成不必要的麻烦，产生审计风险。
3.审计部门复审环节不完善
大多数高校由于审计部门审计软硬件设施不足，没有人力和软件设备可以对社会中介机构的审计结果进行复核，国家规定一个基本建设工程项目不允许两个造价咨询单位进行审计， 在客观上缺少对审计结果进行复核的条件，因此审计部门无法对社会中介机构的结果进行有效的复核，只能相信社会中介机构的审计结果，对审计结果的监督不到位。 有些高校虽然引进了工程审计的软件，但是由于内部审计人员对工程审计专业不足，对于工程审计软件的运用也只能是对于小型基建工程项目进行复核， 不能使工程审计软件充分发挥其功能，对工程审计项目全部进行复核。
（三）社会中介机构层面
1. 审计人员职业素养不高
高校工程审计中需要的是集招标控制价审核，招标审核，工程管理，造价咨询等多专业于一身的复核型审计人才，并不是单纯的造价人员。随着近年来，北京，上海等城市以审定工程造价作为建设工程竣工结算依据以来，审计人员的造价功能被抬高， 但是审计过程的管理功能被弱化，这不符合国家一直提倡的将审计前移的文件精神。 另一方面，社会中介机构大多数的时间和施工单位在一起，在经济利益面前， 容易受到诱惑，误算工程量，无视审计过程中出现的问题，勾结施工单位， 做出不利于委托单位的事情，违反审计法律法规，使高校的固定资产投资流失。
2. 社会中介机构定位不准确
在审计实施过程中，社会中介机构对于工程质量是否要进行把控，社会中介机构与监理单位的工作分工界限是什么？ 这些问题的存在都有可能造成审计工作不到位。 此外，由于高校中多数基建部门缺少专业的造价人员，对基本建设项目的预算编制工作和工程材料的价格的确认等工作让社会中介机构“帮忙”、“参考”， 使得社会中介机构参与到日常的经济活动中，出现“自己审自己”的现象，加大工程项目的风险， 造成审计越位。