（一）高校层面
1.建立健全委托工程审计实施细则
高校基本建设是学校最基本的硬件设施，学校各相关部门需高度重视，全力配合，高质量的完成学校的基本建设。审计部门应在和项目主管部门协商的基础上，建立审计工作的实施细则，明确跟踪审计的职责和任务，防止监督盲区，损害学校的利益。
2.完善高校委托工程审计质量控制制度建设
制度建设是委托工程审计质量控制建设的基础。委托工程审计在高校中已施行了一段时间，高校审计部门应结合这段时间委托工程审计发现的风险点，制定适合本校的质量控制制度，使制度不再纸片化，落到实处，从制度上提高委托工程审计质量。
（二）审计部门层面
1.加强审计队伍建设
审计部门应从多方面增强审计队伍建设。 一方面通过自学、参加培训和到校外交流等方式，学习审计专业知识，了解国家前沿审计信息，提高审计职业素养。 另一方面，审计部门应在审计过程中积极参与社会中介机构审计过程，了解掌握对方的审计方法、技术和程序等，借此机会提高高校审计人员的专业技能。同时还要与社会中介机构建立良好的沟通协调反馈机制，通过周报的形式及时了解社会中介机构的审计进度， 要求社会中介机构对审计中出现的重要事项和问题及时反馈给审计部门，依据相关法律政策依据，协调工程项目主管部门、监理方和施工方之间的问题，保证审计工作的顺利实施。
2.做好审计资料审核工作
审计资料审核主要体现在两方面，一方面是审计项目送审期间对送审资料的真实性和完整性进行审核，另一方面是复核审计报告初稿。
审计部门要做好送审资料的审核工作。审计部门对送审项目的资料进行初审，了解送审项目基本情况，对审计项目做到心中有底。 施工单位应签订承诺书，承诺送审资料的完整性，保证审计资料送审后不再随意增减资料，增强审计工作的严肃性。
在社会中介机构出具审计报告初稿后，审计部门的审计人员要结合项目送审资料对审计报告事项逐一进行复核，确保报告中事项无出入，金额无偏差，降低审计风险，保证审计报告的质量。
3. 加强对社会中介机构的监管工作
审计质量是内部审计的生命线。随着高校审计工作的社会化，高校审计部门也越来越重视高校的审计工作的监管。首先，在选择社会中介机构时，高校审计部门要通过多渠道了解多个社会中介机构，综合考虑社会中介机构的信誉、资质、审计人员的业务能力及内部质量控制程序等要素，选择质优价廉的社会审计机构。其次，为了提高高校审计部门内审人员的业务能力，增加审计部门内审人员的审计经验，社会中介机构的审计人员实行“坐班制”，将社会中介机构的审计人员的办公场所确定在审计部门，既能保证高校的审计资料的保密性，又能使审计部门内审人员深入跟踪审计过程中，实时了解工程审计的情况。最后，要建立审计质量考核体系。审计部门根据社会中介机构的日常工作情况和审计报告的复审结果进行考核，促进社会中介机构和审计人员提高风险意识，提高审计工作质量。
（三）社会中介机构层面
1.加强审计人员的职业素养
一方面提高道德素质，加强审计人员的职业道德教育，明确职业道德，树立正确的职业道德观念。与社会中介机构签订职业道德约束书，加大违反职业道德的处罚力度，增加违反职业道德成本。另一方面增强专业素质，鼓励审计人员提高自身的审计能力，使社会中介机构可以保持自身的审计优势的同时，增加审计经验，更好的为高校工程审计服务。
2.明确社会中介机构的职责定位
委托工程跟踪审计之初，项目主管部门，监理方，施工方，审计部门和社会中介机构需召开集体会议， 明确分工，定职定责，避免工程审计盲区，保证整个工程审计项目有条不紊的进行。