1.主观因素
不少高职院校的工作人员认为，档案工作就是档案管理人员的职责，与其他任何人没有关系，在工作中自动将档案工作与日常工作分离开来，所以他们在工作中往往不注意档案资料的保管，导致档案文件资料收集不全，管理工作无法进行，档案工作停滞不前。高职院校工作人员从主观上把档案与学校的教学管理分离开，各自保管，没有建立综合档案管理机构，没有实现档案的集中统一管理。即使一些高职院校建立了档案室,它一般也不是独立存在的，而是从属于学院办公室，因此它的办公经费是有限的，对档案室各种硬件投入更是少之又少。而有些院校建立了档案室，但只起到保管杂物的作用,也形同虚设。
2.客观因素
（1）领导重视度不够。20世纪末，我国高职院校教育开始起步。高职院校是由高等专科学校、职工大学、独立设置的成人高校以及部分中专学校改组或改制而来。[2]在我国四线小城市，不管是社会科学还是经济等各个方面发展都比较缓慢，因此高职院校在办学条件、办学规模、科研教学都有待于提升的状况下，学校所有的资金都直接用于与教育教学最密切、最直接的工作上。而档案工作在短期间内不会对学校的建设与发展产生任何影响，也不会对高职院校的日常工作有影响,因此，高职院校领导的侧重点根本不在档案管理工作上，也不会认同档案工作建设的意义,对档案工作重要性观念的普及也是能省就省，而对档案投入更是有限。现在高职院校都存在一个通病，例如一部分高职院校的学院系部工作会议召开没有正式通知（只是微信通知），会议过程中没有会议记录，导致一整年的工作都没有任何书面记载的材料。没有材料记录学院系部的发展变化、工作流程，一旦人事关系发生变化，交接工作的缺少会影响学院系部，也必将影响学院校史的记载。另外下属对上级的请示以口头居多，并没有形成材料；有些会写申请，但都是格式、纸张不规范的申请，这些工作方式既不规范也不利于收集保存。领导层面思想的束缚，必然深深地影响了教职工的工作意识，造成对档案工作的重视不够，高职院校档案管理意识不强，档案管理制度的缺失，档案管理存在漏洞。
（2）档案员专业素养不够。目前，绝大多数的高职院校中，档案工作一般由管理人员负责，少数配备档案员，还有一些院校档案室的人员是学院职工的家属任职。像高职院校这种档案管理人员的配置方式，只能满足高职院校档案工作的基本要求，在这些档案工作人员中，专业知识匮乏、基本素养不够，档案专业人才缺乏的现象层出不断。近年来高职院校不断发展，在校生人数不断增加，专兼任教师、管理人员等各类工作人员明显不足。应教育部评估指标体系中师生比等相关重要指标的要求，全国高职院校加大了人才引进的力度，但对于档案人才的引进没有实效。高职院校档案管理人员专业化队伍的缺乏，导致档案管理人员流动性大。还有一些现象是高职院校档案系列职称相较于其他职称好评选，很多不是档案专业的工作人员都评选档案系列的职称，也造成档案目前发展状况。因此，高职院校普遍存在的专业素养不够、业务能力不足、档案管理人员不定等一系列问题，导致高职院校档案工作难以开展的现状。
（3）制度与机制的缺失。高职院校档案管理部门对于档案工作制度的忽视是档案工作开展的阻碍之一。虽然有部分高职院校制定了档案管理制度，但是随着时代的变化，档案管理工作不断改进，档案管理制度也应该不断地修订。我国档案管理规章制度不断地调整，高职院校的工作岗位职责也要随社会科学发展不断转变。很多高职院校都没有及时地跟进改变，导致档案制度与机制的缺失。据笔者调查，河南省医学类专科学院的档案室建设相比于普通本科院校落后很多，专科类院校的馆室、制度建设投入小，必然会对档案发展不利，长远来看也不利于学院发展。大部分的医学类专科院校的档案室隶属于办公室，没有独立存在，没有独立运行经费，没有自主权，也会导致档案室发展受限，继而造成档案制度与机制的缺失。
制度缺失容易引发的问题之一就是档案资料收集不完整。一些高职院校档案室收集的范围抑或完全参考高校档案的归档范围，抑或没有明确的归档范围。档案收集工作的开展主要是依靠各部门工作人员的经验，归档材料的上交也是依据各岗位负责人的判断，导致档案收集不完整，使得档案既不能从整体上全面反映学校发展的状况，而且也严重影响了档案综合服务的质量和档案材料的编研利用。
（4）档案管理设备陈旧。高职院校对档案管理投入较少，档案相关的管理设备常年不更新，甚至整理档案的用品都年久失修。不论是资源还是人力都与其他部门有很大的差距，影响档案后续工作的开展、影响档案工作效率、影响档案工作人员的积极性，成为档案管理的短板、档案整理的障碍。