“高等教育内涵式发展”的转变中，虽面临种种观念和体制等方面的障碍，但也要将改革进行到底，并要彻底进行深层次的治理改革，推动整体高等教育质量的前进。对此，王定华教授指出，在改革中要坚持党委领导下的校长负责制而不动摇，办好让人民满意的高等教育。尤其在推进高等教育治理体系和治理能力的现代化建设方面，伍宸、洪成文指出， 高等教育治理的现代化要使传统型治理向现代型治理转变，以激发起高校的自主管理能力和活力是高校内涵式发展的趋势和必然要求。刘齐也认为要用高等教育的自主性逻辑来防范和化解来自市场化逻辑和行政化逻辑的冲击，让高等教育回归自身应有的价值，推动我国高等教育走上全面、协调、可持续的和谐发展之路。一方面，针对我国高校办学经费来源上普遍存在筹资渠道单一、对国家政府依赖过重而影响我国高等教育治理现代化的问题，张广慧，张欣指出，大学对政府财政经费过度依附也在无形中给予了政府干涉的机会。可见，尽最大能力做到办学经费的自主化，在某种程度上说，是减少政府过度干预的重要环节。当下我国高等教育的办学经费支撑严重缺乏社会支持，拓宽办学资金的筹资渠道获取充足的办学经费，只有物质问题解决了，高校的办学自主权问题也会相应得到一定的缓和。而推进《高等教育法》的完善更是当前解决高校、政府之间关系正当化的关键，政府依据《高等教育法》的相关规定对高校的给予指导和监督，高校依法自主办学与经营。对此，徐吉洪指出在完善《高等教育法》的同时，还要补充制定一些“高等教育质量”、“高等教育财政”、“高等教育评估”等领域中的专门法律法规。另外，政府要树立起优先发展教育的价值理念，加大对高等教育的拨款投资力度的同时，还要做到对高校适当监督而不逾矩，即通过立法、拨款、监督等为主要的形式对高校进行间接指导和领导。另一方面，维护学术自由、独立的创新精神和创新能力是大学自主管理的核心所在，传统的行政科层制的管理方式往往造成了官本位思想泛滥，以至严重影响了学术的自由与创新，制约了我国高等教育治理现代化的前进步伐。刘振天教授指出，要想实现大学治理体系与能力的现代化，还学者以尊严、还学术以本位，高校内部必须铲除行政化的土壤。李楠，许门友在具体如何实现去行政化的问题，指出适度的分权、放权，实现权责对等与重心下移，实现政府与高校关系的和谐。而赵友元则认为完善大学治理体系推进高等教育内涵式发展需要从两方面出发：第一，明确政府在高校发展中的主体地位并发挥其对高校整体发展的顶层设计、资源投入以及质量监控等方面的导向功能。但同时政府还要减少对高校微观活动等方面的管理，即简政放权，引导高校建立内涵式发展的自主性能力；第二，要注意做好高等教育的质量标准体系建设，即调整由原来重科研轻教学、重数量轻质量的科研指标体系，并转化为以本科教育为主和人才培养为中心的办学观。
（二）高等教育多样化特色办学的路径分析
关于我国高等教育中存在的同质化问题，别敦荣教授指出，由于国家对高等教育的建设实行集中统一领导的方式即“全国一盘棋”式管理，致使全国的高等教育发展雷同现象非常明显。而这种同质同构现象在同层次、同类别以及不同层次、不同类别的高等教育之间十分普遍；而对于关于如何解决高等教育同质化问题，别敦荣教授则认为实现内涵式发展，必须解决高校办学自主权问题，以为高校特色化发展创造良好的条件。王新清教授也曾指出，精细化、特色化的发展是高等教育内涵式发展的精髓，而这种发展必须建立在高校具有充分的自主权、灵活性、及其能够对自身的发展有准确定位的基础之上的，而政府则缺乏这方面的能力，高等教育的发展必须依赖自己。可见释放高校的办学自主权是高等教育多元化特色办学的重要前提。