（一）因民商事识别标准不同而产生冲突
在取证范围上，《安排》与《海牙取证公约》以及《内澳取证安排》中的规定基本一致，将范围限制在了民商事案件。但是安排对于何为民商事案件却没有明确的定义。公约之所以对此没有规定，是考虑到各国、各法域之间的法律体系与实际国情差别较大，不相一致，因而不好统一加以规定，而转而交给各国的内国法去解决。但无论是《内港取证安排》还是《内澳取证安排》，均未就这一点加以明确
事实上，由于内地与香港分属不同的法系，因此两地在民商事方面的界定和分类实际上是存在差异的，比如：在香港，民事法的范畴涵盖了行政法内容，其司法复核案件就属于民事司法管辖；此外，香港的司法复核案件也不完全等同于内地的行政案件，香港的司法复核程序还包括违宪审查的内容。从这两点来看不难发现，内港两地对于民商事案件范围的认识并不一致，这样就会使得实践中对于民商事案件的判断可能产生冲突。就现有安排中的规定来看，被请求方对决定何为民商事案件是有最终决定权，具体规定在第3条第3款，这无疑会在一定程度上缩小民商事案件所能覆盖的范围。
（二）单一的取证方式限制了证据的获取与采纳
相比于《公约》中规定的嘱托取证、外交和领事取证以及特派员取证这三种取证方式，《内港取证安排》与《内澳取证安排》都只明文规定了嘱托取证这一种方式，当然，外交与领事取证因两地之间乃区际司法协助关系，所以从一开始就没有适用的可能。至于特派员取证，比起内澳安排中有条件的纳入，内港安排中关于这方面的规定显得比较保守，仅在第7条中规定了委托方的司法人员及法律代表可经受托方的同意参与录取证言的程序，而没有内澳安排中协助安排跨法域作证的内容，这也会在一定程度上限制证据的获取。
此外，安排中只规定了委托取证这样一种取证方式，而由于当事人主义主导下的取证方式仍然继续存在，这就导致不同的两种方式所获取的证据会具有的不同的证明效力。就委托取证而言，在《海牙取证公约》当中，其第3条第3款中明确规定了委托取证的方式下，任何认证或类似的手续都没有必要。虽然安排中没有采纳类似的条文，但是，原则上来讲，委托取证方式下证据的获取是由两地的司法机关或行政机关主导的，其获取的程序也是按照被请求地的法律法规，因此其获取的证据在请求地理应是具有同等的证明效力，不需要经过认证，这也能够得到当事人的支持，在此前提到的“闫立英诉徐玮、徐璟、徐洪喜、史秀英继承纠纷一案”中当事人也并没有要求对证据进行认证，甚至没有要求另外的译本。因此，委托取证方式下，域外获取的证据应可以直接确认其证明力。而就当事人取证而言，由于其不属于法定的取证方式，因而证据的证明力还需进一步认证。实际上，2008年的《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第11条第2款就明确规定了“当事人向人民法院提供的证据是在香港、澳门、台湾地区形成的，应当履行相关的证明手续。”但对于具体的证明方式，却没有进一步的说明。该种态度表明，对于当事人自行获取的证据，原则上不能直接加以使用。而从实际情况来看，2014年《人民法院年度工作报告》中公布的两地通过官方协助获取证据的案例屈指可数，但处理的涉港澳台案件却多达13999件，案件的处理必然涉及到证据的获取，那么不难推测，多数案件还是采取了自行取证的方式。而立法对于自行取证是一个空白状态，其既没有对其合法作出明确说明，也没有相关文件对自行取证程序加以规范，从而确保证据的证明力，这就使得是否认定自行取得的证据及其证明力只能依靠法官的自由裁量权来确定。这必然会限制当事人所获取的证据的采纳。