在大数据时代，高校学生管理工作者利用学校的各种平台和各类设施观察学生的行为，获取学生的数据，预测学生的行为。
1.数据结构化程度低，挖掘和处理难度大
学生管理过程中会产生海量数据，这些数据不仅结构复杂，而且类型繁多。不仅包括文本、图片、视频等非结构化数据，还包括网页、报表等半结构化数据，这些数据结构化程度低，给高校学生管理工作带来了极大的挑战。
2.信息化管理意识淡薄，复合型人才匮乏
不少高校管理工作者缺乏大数据思维和信息化管理能力，利用大数据管理大学生的领域范围和实效性受限。由于数据产生频率很快，结构类型多样化，数据处理耗费大量的时间，这就需要高校管理工作者不仅要从事繁琐的日常思想政治教育工作，又要掌握数据挖掘等技术工作。就目前高校学生管理团队结构来看，很难在短时间内组建这种复合型人才队伍。
3.高校各部门独立，数据无法共享
高校各部门数据存在条块化，重复录入的现象且数据分割较为突出，无法实现共享，而且大部分数据处于采集、存储阶段，并未达到数据的挖掘、分析和预测。
4.学生隐私权受到侵犯，核心价值观受到冲击
学生通过网络的聊天、购物等行为都会造成信息的泄漏等问题。学生的一卡通信息、宿舍出入情况等数据在存储、传输的过程中面临诸多风险，数据库自身也有漏洞，将这些数据整合起来，个人安全遭受极大威胁。学生几乎没有隐私，会引起其他同学的偏见。不法分子可能利用网络向大学生发送各种垃圾信息，灌输不健康的思想，西方国家也利用大数据推广他们的价值观，使得当代大学生盲目追随西方主流意识形态，增加思想政治教育的难度，更有甚者，可能利用学生的个人信息进行诈骗等行为。