院（系）领导体制作为高等学校内部领导管理体制的重要组成部分，对于高等学校院（系）党政组织作用的发挥以及高等学校管理工作的高效顺利进行发挥着重要的作用。建国以来，我国高等教育事业一直备受重视，在我国高等学校领导体制不断改进和发展的不同历史时期，我国高等学校院（系）领导体制也进行着不断的探索与尝试。
（一）新中国成立初期我国高等学校院（系）领导体制初步探索
新中国成立之初，我国高等学校领导体制有着明显的苏联社会主义高等学校领导模式的特点。1950年6月，我国第一次全国高等教育会议通过的《高等学校暂行规程》规定：“大学与专门学院要采取校（院）长负责制，在校（院）长领导下设校（院）务委员会”，同时在院一级实行“校（院）长领导下的系主任负责制”，学校党委会或院党总支是政治上的领导核心，但对学校（院）行政事务不起领导或指导作用，高等学校内部领导体制实际上是沿用了解放前的校长负责制和系主任负责制。1956年9月在党的第八次全国代表大会上，明确提出了“学校的党的基层组织应当领导和监督本单位行政机构和群众组织”。 1958年，中共中央、国务院在《关于教育工作的指示》中进一步明确：“在一切高等学校中，应当实行党委领导下的校务委员会负责制”，各级学校党委的领导地位得以确立。由此，高等学校院（系）领导体制也随之发生变化，由原来的“系主任负责制”转变为“系总支委员会领导下的系务委员会负责制”，从而确立了系党总支在院（系）的领导地位。
1961年9月，中共中央批准试行《教育部直属高等学校暂行条例（草案）》（“高等学校十六条”）规定：“高等学校的领导制度，是党委领导下的以校长为首的校务委员会负责制”，同时对院（系）领导体制规定：“系的党总支委员会的主要任务，是做好思想政治工作和党的建设工作；团结和教育全系人员，贯彻执行学校党委员会、校务委员会的决议，保证和监督系务委员会决议的执行和本系各项工作任务的完成。”由此，我国高等学校院（系）领导体制转变为系党总支监督和保证下的系主任负责制。
1978年之前，我国高等学校院（系）领导体制处于初步探索阶段，而且每个阶段高等学校领导体制都与当时我国所处的历史环境有着莫大的关系，虽然在特殊时期出现了管理上无论校、系均以党代政、党政不分、党组织包揽行政事务的现象，导致教学、思想工作受到影响，但总体上来说，初步探索阶段的高等学校院（系）领导体制中，党组织的积极作用和影响是开始得到发挥的。
（二）1978年至1996年我国高等学校院（系）领导体制不断发展
1978年10月，教育部颁布的《全国重点高等学校暂行工作条例（试行草案）》中提出：“高等学校实行党委领导下的校长分工负责制，系一级则实行系总支委员会领导下的系主任分工负责制，系总支委员会（或分党委）领导全系工作，贯彻执行学校党委会的决议，讨论和决定系内重大问题，报学校党委会批准后实行。”这种高等学校领导体制的规定，不但确立了党组织的领导地位，而且在院（系）一级，肯定了系主任的地位和作用，也明确了系主任受系党总支领导，从而进一步加强了院（系）党组织的作用。
党的十一届五中全会以后，我国高等学校内部领导体制又进行了新一轮的改革和探索。党的十二大《党章》明确了“基层党组织的保证和监督作用”。按照新党章的要求，1983年中宣部和教育部党组颁布的《关于高等学校领导班子调整工作的几点意见》把院（系）党总支的作用改为保证监督本单位的工作，但思想政治工作仍然由系党总支领导和负责。教育部随后又颁布了《关于调整改革和加速发展高等教育若干问题的意见》并在其中进一步明确：“系一级实行主任负责制，系主任对校长负责，系总支委员会的主要任务是做好思想政治工作和党的建设工作，对全系工作的正确完成起保证监督作用。”这就使得党组织在院（系）中的领导地位被削弱，弱化了党对高等学校的领导，我国高等学校院（系）领导体制实际上又倒退回到了“系主任负责制”。
1990年的《中共中央关于加强高等学校党的建设的通知》中指出：“在今后相当长的时期，高等学校仍然实行党委领导下的校长负责制。”在院（系）一级领导体制的规定中，明确了系党总支的政治核心地位，并且规定了一系列的主要任务，明确系党总支有参与行政工作的职能，虽然并未明确院（系）领导体制，但是党组织在院（系）一级的地位和作用得到提升和加强。
（三）1996年以后我国高等学校院（系）领导体制逐渐形成
1996年以后，我国高等学校内部领导体制的改革开始步入正轨。1996年颁布的《中国共产党普通高等学校基层组织条例》（以下简称《条例》）在原先 “参与”职能的基础之上又进一步明确了院（系）党总支“决定重要事事项”的职能，之后中组部在《关于贯彻<中国共产党普通高等学校基层组织条例>问答中又指出：“系党总支和行政适当划分职责范围，既有分工又要合作，应当共同做好工作”。之后1998年《普通高等学校党建工作基本标准》中有进一步强调了系党总支“参与讨论和决定本单位重要事项” 的职责，并且强调“系党总支要支持行政人员在职责范围内独立开展工作”，与行政人员划分好职责范围，分工合作。
2007年，中共教育部党组颁布的《关于加强普通高等学校基层党组织建设的意见》提出，高等学校要建立健全党政联席会议制度，院（系）工作中的重要事项，须经过党政联席会议，按照民主集中制的原则集体研究决定。进一步强调了高等学校院（系）工作须“党政分工、共同合作”，有效形成了院（系）党政相互配合、协调运转的工作机制，院（系）领导体制也初步形成。虽然学界对于党政联席会议制度到底是一种党政配合的工作机制，还是一种共同负责的领导体制仍有争议，但实践中，党政联席会议制度已成为讨论和决定本单位重要事项和在学院建设和发展中起重要作用的制度。
（四）《条例》颁布后各地方的探索和实践
《条例》颁布后，各省市也相应制定了相关的实施细则，各省市在高等学校院（系）领导体制的探索中，根据《条例》的精神，进一步细化了“党政分工、共同合作”的高等学校院（系）工作体制，有的直接规定了院（系）实行党政共同负责的院（系）领导体制，有的则并未明确。
1999年8月，由江苏省委教育工委制定的《江苏省高等学校院（系）党组织工作暂行规定》明确“高等学校院（系）工作由院（系）党组织和行政共同负责”“院（系）教学、科研、行政管理等工作中的重大事项应由党政联席会议讨论决定”，从而确立了院（系）党政共同负责的院（系）领导体制；2000年，《关于北京普通高等学校系级党政领导干部职责及工作规则的暂行规定》也明确了：“系党总支委员会对本单位的改革、发展和稳定与行政共同负有重要责任”，同时还强调“系党总支书记和系主任共同承担着本系改革、发展和稳定的重要责任及培养合格人才的根本任务，他们之间是分工合作的平等关系，不是领导与被领导的关系”，逐步建立以院（系）党总支为政治核心的党政分工协作、共同负责的工作机制；2002年，河北省委教育工委在出台文件中明确指出：“高等学校院（系）实行党政分工合作、共同负责的领导体制，由学院（系）党组织和行政领导班子共同讨论决定本单位教学、科研、行政管理等工作中的重要事项”；2006年12月，浙江省委教育工委提出建立“明确职责、健全机制、交叉任职、共同负责” 的高等学校院（系）党政领导体制，形成了党政分工协作、共同负责的管理格局，既有利于开展行政工作，又发挥了党组织作用在院（系）各项工作中的作用。
高等学校院（系）党政组织发挥着教育和团结广大师生员工的政治核心作用，在高等学校党组织结构中处在承上启下的关键部位，并在高等学校教学、科研、管理的第一线发挥着党的战斗堡垒作用。各省市高等学校院（系）领导体制的探索，实质上是对《条例》规定的“党政分工、共同负责” 工作机制的进一步细化和发展，进一步细化和发展的院（系）工作体制机制，通过不断探索和完善，不断优化院（系）领导机制，并注重发挥院（系）党组织政治核心作用，增强基层党组织的战斗力，对于推动我国高等教育的发展发挥着重要的作用，为我国社会主义高等学校发展新阶段，提供了宝贵的实践经验。