新中国成立以来，根据我国政治经济形势的发展变化和社会主义国家建设中的实际国情的需要，党和政府对高等学校领导体制做出了相应的调整和改进，高等学校院（系）领导体制作为学校内部领导体制的重要组成部分，也经历了从最初的系主任负责制到现在的党政共同负责制的变革。高等学校院（系）领导体制，作为院（系）单位决策、指挥、监督等各项活动的基本组织形式，其通过制度化的形式对院（系）领导机构设置、领导权限、领导分工及领导方式进行规范化，以保证院（系）各项工作高效顺利完成。
要进一步坚持和巩固党组织的政治和领导核心的地位及作用。不管高等学校的院(系) 领导体制是何种形式，党组织的政治核心地位和作用不仅绝对不能动摇，而且必须还要在巩固其地位和作用的前提下持续有效地加强。新中国成立以来，在中国共产党的领导下，我国高等教育事业不断发展，高等学校内部领导体制虽然经历了多次变革，但基层党组织始终在高等学校内部领导机构中发挥着不可替代的作用。回顾我国高等学校院（系）领导体制中党组织的职责权限的变革历程，院（系）党组织功能一旦被弱化，将会直接淡化党对高等学校的领导，削弱党组织对院（系）工作的政治和思想引领，导致资产阶级自由化思潮泛滥和政治风波的产生；而院（系）党组织职责权限一旦过强，将会在实践中出现，过多行政事宜被党组织包揽，以党代政、党政不分的现象严重，院（系）行政人员职能受限，行政管理流于形式，院（系）行政组织管理职能得不到有效发挥。改革开放40年成功实践的重要经验与启示，就是必须坚持党对一切工作的领导，要办好具有中国特色的社会主义大学，坚持党的领导是前提，也是必须的，否则根本使命就无法实现。而且实践证明，坚持以院（系）党组织为政治核心和领导核心，实行党政分工协作、共同负责的工作机制，不仅有利于有效开展院（系）的行政工作，而且有利于进一步加强和巩固党组织在院（系）中的领导地位，从而保证院（系）各项工作在党的领导之下有序的开展和进行。
体制机制要根据形势变化与发展不断改革创新。新中国成立以来，我国高等学校院（系）领导体制经历了不同的形式和阶段的发展演变，这都与当时的政治经济形势有着密不可分的关系，反映了高等学校内部领导体制的发展与时代形势的紧密关系。因此，高等学校内部领导体制的建设应当紧跟时代的步伐，主动适应社会主义建设的需要，遵循高等教育规律和高等学校办学规律，在坚持党的领导基础上，不断改革创新，为我国高等教育事业的发展提供重要保障。高等学校院（系）的主要任务要以“是否有利于培养社会主义事业合格建设者和可靠接班人目标的实现，是否有利于加强领导班子的集体领导，是否有利于基层党组织巩固政治核心地位”为目的开展。在新形势下，高等学校院（系）领导体制的建设要以系党总支的建设作为院（系）党建的重点，建立以系主任为中心教学、科研行政工作机制，打好党政领导团结协作的基础，不断适应社会主义市场经济和高等教育发展的需要，紧跟时代步伐，走只有中国特色的现代化高等学校管理体制改革之路。