（一）明晰农地产权关系，保障各权利主体合法权益
农地产权明晰是产权保护、变更和交易的前提。马克思主张明晰、独立的产权能够给相关经济主体带来一定的收益预期，形成利益刺激。农村土地存在着集体经济组织、农民和使用者等多元主体，利益关系复杂，在市场经济条件下，必须明确产权归属，确保产权关系清晰。
当前集体所有的家庭承包经营体制下，“集体”边界较强的伸缩性一定程度上导致了农地所有权主体的不清晰，这显然是违背产权关系排他性原则的，不利于土地资源的有效配置。针对农地所有权主体虚置这一缺陷，应坚持马克思土地产权理论关于“所有权是一切土地产权的基础”这一重要论断，界定集体土地所有权主体及权利，建议明确村、组两级集体所有者的主体地位，排除乡一级作为集体所有者主体，并在此基础上厘清村、组两级主体之间在农地所有权使用时的委托代理关系。此外，还要进一步处理好所有权、承包权和经营权主体与土地的关系，实质上就是要界定各个权利主体的权利边界，明确所享有的权利范围，以维护各方合法权益。要加快建立健全农村土地产权登记制度，明确集体经济组织、农民、使用者等主体之间的土地产权关系。
（二）加快产权合理流动，促进农地资源优化配置
加快农地产权的合理流动，是促进土地资源优化配置的必然要求。我国农地产权制度所经历的“私有私用”到“公有公用”再到“公有私用”的变革历程，充分说明了农地产权权能并不会固守集中在某个特定主体身上，而是通过不同形式的集合和分离发挥不同的历史作用。既不能片面地认为权能集合或分离哪种更好，也不能简单地说各项权能在集合过程中哪种组合方式更好。这种貌似自由的权能结合和分离方式，实质上并不是任意的和无规则的，特别是分离及独立运作的农地产权，既要在经济上获得实现，又要能够形成新的经济关系，否则，这种分离和独立就没有了积极意义。
目前我国农地产权流通过程中，农地流转机制不健全及土地征收收益分配不合理等问题依然较为突出。在市场经济和三权分置体制框架下，更要注重发挥马克思土地权能结合与分离理论、土地产权配置理论的指导作用，充分把握土地的特殊商品属性，坚持农地流转和农地征收市场化的思维导向，发挥市场作用引导土地流转，尊重市场规律分配土地增值收益，使得各项独立运行的权能不受侵犯并发挥最大的社会、经济、生态效用。
（三） 尊重农民首创精神，审慎推进农地产权制度改革
农民的首创精神在我国农地产权制度变革过程中发挥了重要的诱致性作用。纵观70年代末期的“包干到户”和80年代农地代耕代种等各种流转行为的兴起，其与社会发展趋势和市场经济需求的合理匹配性，促使国家一次次地从政策层面将这种农户自发行为加以规范化和合法化。这充分说明了应该理顺以农民为主体的诱致性制度变迁实现的路径，与以政府为主的强制性制度变迁路径形成合力，共同推进农地产权制度的创新安排。