绿色发展原则没有落实
在国家层面上，尽管扶贫脱贫战略中明确提出了“坚持保护生态，实现绿色发展”的原则，但缺乏有效的政策，更没有具体的实施方案，特别是在对扶贫效果验收方面，缺乏系统的生态考核指标。因此，在实施扶贫脱贫战略过程中，各级政府把扶贫的重点集中在基础设施建设、贫困人口危房改造以及贫困群体经济收入增加等方面，并没有将该原则真正落实到位，从而引发生态环境问题。特别是在生态脆弱的贫困地区，如果在扶贫过程中基础设施建设对区域的植被、生态环境造成的冲击超过了该区域生态系统的承载能力，将会导致其生态系统服务功能的下降甚至丧失。这些区域自然生态系统一旦失去生态保障功能，从大的方面而言，会对国家生态安全造成重大影响；从小的方面而言，则会对区域实现可持续发展构成威胁，也降低了贫困群体的生态福祉，增加了区域再度返贫的风险。
扶贫脱贫方式实施的负面生态影响
减贫脱贫的短期攻坚与生态扶贫长期发展的时间周期呈现矛盾。众所周知，生态治理与环境保护具有一定时效性，但贫困地区群众又急于脱贫，这就使得扶贫对象与工作者之间产生矛盾冲突，从而对实施绿色扶贫积极性不高甚至产生了一定抵触情绪。由于传统的生态扶贫在进行治理的过程中，时常需要投入大量的资源，而较长的投入周期一方面增加了贫困地区政府的财政负担，另一方面，其成果的长期性又增加了国家的脱贫成本。传统生态扶贫工作的推行主要依靠政策指导，即使短期内的工作动员即够产生一定的效果，但却无法从根本上解决成本投入高、维护成本高、工作成效脆弱等动力不足问题。因此，改革扶贫方式是扶贫脱贫的重要任务，创新生态扶贫工作模式，解决其原有的高投入的运行问题，对于提高绿色扶贫的普及率和成效以及减缓其面临的社会阻力至关重要。
扶贫脱贫与生态保护之间的关系没有厘清
长期以来，如何取得社会经济发展与生态环境保护之间的平衡是一个不可避免的问题，客观来讲，这个问题存在于任何地域，但在贫困地区尤为现实和迫切。因此，社会发展的基本伦理问题是阻碍绿色扶贫进一步推广的核心问题，这并不仅仅是一个简单的抉择问题，它需要强化各部门间的协调以及工作方法的创新，这是在接下来的扶贫攻坚中急需解决的重要方面。从其中一个方面来看，贫困地区需要外部资源的注入以谋求地区经济的发展和活跃带动经济增长因素，打破原有僵局和封闭状况势在必行；但从另一个方面来看，这些地区由于生态环境脆弱，自身的条件无法承受现代产业的大规模发展。特别是那些自然保护区与贫困山区相重叠的地区，根据自然保护区的需要，相应的政策或法规冻结了当地群众的林产和农产，然而政府又难以在短时间内调动到足够的资源，这部分贫困群众无法得到合理的安置，由此而引发的矛盾便大大增加了扶贫脱贫工作的难度。众所周知，山区是贫困问题的集聚区，不但贫困面广，而且贫困程度深，实现脱贫的任务异常艰巨。虽然经过多年的扶贫开发，实现了众多山区贫困人口的脱贫，但是贫困人口大多分布在生态脆弱地区，在青海特别是脑山区、高寒区的状况仍没有从根本上得到改变。山区作为国家扶贫攻坚的主战场，没有山区贫困群体的全面脱贫，青海到2020年全面脱贫的目标就无法实现；没有贫困山区贫困群体的全面小康，就没有青海的全面小康。同时，山区又是生态保护、生态建设与生态恢复的主战场，是生态资源与生物多样性的富集区，更是重要的生物基因库，也是实现国家生态安全的重要生态功能区。此外，广大山区生态系统的脆弱性较强，一旦遭到破坏，就会导致生态系统的崩溃。但从目前来看，由于国家战略的导向，基层政府并没有科学认识到二者之间的关系，更没有协调二者之间关系的具体措施。
绿色扶贫良性运行机制亟需完善
虽然绿色扶贫作为一种扶贫理念与手段，已经在我国多地进行了较为充分的试点。然而如何真正实现工作理念向绿色扶贫转变，在绿色发展中走出一条生态建设与扶贫脱贫双赢的道路，成为当下绿色扶贫能否发挥其效能的核心。不得不说，在运行模式急需实现由低效漫灌式开发向高效良性治理转变的今天，有关绿色扶贫的机制探索始终囿于现实因素而发展迟缓，面临着制度仍需要进一步的完善、工作方法的创新不足、巩固脱贫成果不易等问题。
扶贫脱贫规划缺乏绿色发展要素
根据扶贫脱贫战略的总体要求，每个贫困村都制定了扶贫脱贫规划。基层调研发现规划存在诸多问题。从规划的目的来看为了响应上级号召，也为了应付各级检查；从规划的形式来看，缺乏足够的科学性；从规划的内容来看，将重点集中在基础设施建设以及如何增加贫困群体的收入问题，没有充分考虑区域的生态要素；从规划实施的可行性来看，很多规划内容难以实施。以规划中的生态易地搬迁工程为例，仅仅对需要进行生态易地搬迁户的数量、完成时间等进行了规划，但对生态易地搬迁的空间布局缺乏详细的规划，随机性较大，从而导致了易地搬迁安置之后道路等基础设施建设成本的增加，以及对沿途生态资源造成破坏。