期刊的运营，其资金来源是一个关键环节，特别是对于《科大》这样的民间期刊而言，在当时百业待兴的局面下，如何回笼资金保证刊物的常规运营，又能同时兼顾刊物的质量和广泛传播，是一个很重要的问题。
《科大》主要资金来源为广告收入和捐款所得。而社会捐助，主要来源于“一社”社友的捐助。
1.“一社”社友的捐赠和赞助
1935年3月27日，上海交通大学机电系学生沈家桢、徐明甫、魏重庆、俞炳元、沈嘉英5人，不忍坐视国家的沦亡，抱着工业救国，科学救国的愿望，在上海创办学生团体“一社”，想要“把同学们长久地联系在一起，在校能相互砥砺，出校能携手做事”。该社又名“建设事业励进社”，表明其工作中心为励行建设。该社一度成为交大当时最有凝聚力的学生社团组织之一。社团的宗旨为“一集团之力量，谋实业之发展、民生之改善”沈家桢担任社长，国内设有重庆、南京、上海、天津、台湾广州、杭州等分社，国外有美国、英国、加拿大分社。一社自办实业，开设有人人企业公司、宏光染料厂等，沈家桢是人人企业公司的总经理，《科大》1946年复刊后的发行人袁行健（袁明恒）先生即为上海宏兴染料厂股份有限公司总经理。“一社”同时出版自然科学及应用科学各类书刊，设立大众出版公司（后改为民本出版公司），公司主要出版物之一即为《科大》，社团人数最多时达到320人。发展的社友均为学有专长的专业人士，其中留学生居多，集合众多科学家、工程师、实业家等，在当时有“青年专家团”之称，“如“王安电脑”公司的创始人王安，水利专家张光斗，工程院院士吴祖凯，唐山交通大学前校长唐振绪，国际航运巨子沈家桢、陈启元，台湾“行政院”前院长孙璿等，这些日后在科技届、企业界、教育界、政界卓有成就的人物当年都是一社社员。”可见“一社”具有相当的社会影响力和凝聚力。
1937年创办《科大》之初，为筹备资金，社员们合作翻译了一部英文科技书籍，送交出版公司后赚取了几百元的稿费，以此为基金，社员义务编辑、写稿，终于办起了第一期《科大》。1946年刊物复刊后，经济拮据，又是在“一社”社员创办的“人人企业公司”的支持下，在公司的办公楼内腾出两件房子，拨了一台电话，成立了一个小型的出版社--中国大众出版公司。使得《科大》的出版步入了正轨。由于“一社”社友多为留学生，在所属专业领域均颇有建树，且部分在国外定居，有一定的经济实力，因此，这部分社员常为该社所办的刊物发动捐款以维持期刊的顺利出版，如由国外社友秦宝通发起，魏重庆主持的捐款活动，所捐额度达美金二千元左右，这个数字大概可以在最恶劣的情况下，维持出版社六个月的运营。除直接捐款外，“一社”还特设立基金会，主要由美国社友和美国进步人士推动成立，名为China International Foundation, Inc，基金会的资金直接用于推动“一社”的常规运行和改善中国人民的生活之用。这其中很大一部分便被用以支持“一社”旗下民本出版公司出版的几个科技刊物的运营。此外，“一社”专门拨出部分经费作为稿费，鼓励社友积极发稿：“为发扬出版事业，鼓励社友写作，所有民本出版社书刊上社友之著作，均有本社负担稿费，惟版权为社所有。”在一定程度上保证了《科学大众》能够具备稳定的稿件来源。
2 广告与发行收入
20世纪30、40年代的中国，科学和工业均非常脆弱，《科大》人曾明确指出：“我们不想靠这个刊物赚钱”，认为办刊物“譬如在播种，它一定会有别的收获，但决不是金钱。” 在期刊成本如纸张、排印等都在不断涨价的情况下，《科大》尽量保持不涨价，或少涨价，使其售价在全国同类期刊中保持较低水平。但当时社会动荡，物价飞涨，刊物的发行收入入不敷出，为维持正常运营，《科大》不得不加大广告发行力度。
当时“在中国办刊物是没有不亏本的”。但《科大》由于广告经营意识强，方法多，使之在当时的社会环境中独树一帜。在广告投放量方面，据记载：“创刊号广告占十三面又二分之一，打破全国科学刊物广告纪录。”