（一）移植法学进路未必科学
关于设立专业金融审判机构的理论探讨由来已久，上世纪末就提出了建立金融法院的构想。在论述建立金融法院（庭）的观点中，将境外许多国家有金融法院（庭）的设置作为例证和力证，对于机构如何设置，也建议参照如迪拜国际金融中心法院（DIFC）的相关做法。但是，无论金融法学研究领域还是政策建议层面，都过多充斥着“移植法学”的思维和研究进路，忽视中国本土问题。似乎国外有的制度设计，尤其是发达国家有的制度，我们就有必要移植和尝试。甚至还有建议设立家事法庭、劳动法庭、破产法庭等专业法庭。诚然，专业司法裁判体系构建，便于集中管辖与集约管理、促进裁判标准的统一。但从案件效果上，审判组织的建制越专业，是否一定意味着案件配比越科学、案件审判质效越高？反而有学者反思，以"去地方化"为目标之一的司法改革方案能否有效提升金融市场的司法环境，以及上下级法院之间关系带有更多行政化色彩的司法改革方案能否有效回应金融市场制度需求等问题。
法律的生命不是逻辑，而是经验，理论设计上的应然状态与实践效果未必吻合，制度的推出、机制的构建，都需要结合辖区内司法审判的现状、发展和相关数据检测作为前提。尤其在大数据的环境下，有条件实现更加细化的检测和验证，使得实证分析更为便捷，也更为有说服力。
（二）庭室分合存在任意操作
上海的部分基层法院在全国范围内最早设立专业金融审判庭，其设置标准模糊化，甚至存在部分法院人案配比不均匀的问题。但基层法院设置有金融庭长期以来被视为专业审判的表率，受到理论和实务界的褒奖，甚至被外地法院学习与效仿，也是上海得以成功设立金融法院的基础因素之一。目前，随着司法体制综合配套改革的落实和深化，部分法院的金融审判庭又要重新并回传统商事审判庭。理由为法院内设机构膨胀、与上级法院盲目对口设置，不考虑实际审判需要，要精简部门，通过考量审判工作内在规律，来实现法院扁平化管理等。那么，随着上海金融法院的成立与运转，如果在取消基层专业金融审判机构之后，发现不利于相对独立和专业的案件审判和管理，是否又要在重新分立和设置基层金融审判庭？对于基层法院而言，专业审判机构建制的存废应该谨慎，回归以专业案件和专业人员为管理重心，应以专业案件的科学配比与审判质效为重要参考指标，以行政管理和上下级对口为次要参考指标。
（三）重视建制管理超过重视人员管理
在目前部分基层法院的庭室建制中，更加注重行政管理以及与上级法院的对口，并未充分考虑辖区内案件的数量与实际审判需求，也缺少对专业审判建制的评估和科学考量。即使有专业的金融审判建制，配备的人员也并未充分考虑其专业学历和审判经验，并非设想中的“在对于特定事物和现象的金融属性认知基础上的裁判”。审判人员在办案过程中补齐专业知识，存在其他条线法官与金融条线法官的人员随机流转，甚至存在部分金融庭法官 “兼职”为其他庭室办案的情况。相较于专业法官，基层法院对于法官“隐性审判技能”（如审判经验、调撤能力、案件流程管理能力等）的重视超过“显性审判技能”（如系统专业的审判理论、法律体系架构、法条的理解和运用能力等）。基层法院所谓的法官更类似于“全能法官”，其某一领域的专业化取决于其所流动到的庭室。