在政府的大力支持下，重庆市农村电商取得了一定的成效，帮助了部分贫困人口成功脱贫，但在实施电商精准扶贫过程中仍存在一些有待解决的问题。
（一）发展农村电商与实施精准扶贫未形成长效机制
发展电商能在一定程度上增加贫困地区居民的收入，但以发展农村电商为手段开展扶贫脱贫工作成效不突出，农村电商与扶贫开发工作未能实现有效对接。有的地方农村电商发展较好，扶贫开发工作却不见成效，扶贫效果与电商扶贫的预期目标相距较远。具体原因有：一是相关职能部门职责不明确。市扶贫开发办公室主要负责全市范围内的扶贫开发工作，而农产品电商的发展与监管主要涉及到工商、农委、商委等政府部门，在具体的政策制定和实施过程中，各部门难免存在以本部利益为首情况，从而很难建立农村电商+精准扶贫的长效机制。二是由于扶贫工作者缺乏农村电商扶贫意识，没有将农村电商与农村精准扶贫联系起来，扶贫工作者在政绩的考核压力下，帮扶方式较简单、单一，未结合贫困地区实际情况，使得农产品电商发展方式粗放、雷同。电商与精准扶贫长效合作机制为建立。三是农户的参与目标不明确。调研发现，部分贫困地区的人民，对于“摘帽”还是持有传统的等待政府“输血式”的方式，对于发展农产品电商，他们缺乏合作意愿，即使部分参与发展农村电商的，未将发展电商作为一项事业，没有明确的发展中长期规划，参与的目的就是为了获得政府的相关补贴，以为在网上卖卖东西就是发展农村电商。
（二）贫困地区基础设施薄弱
首先，交通基础设施建设仍然滞后，物流覆盖面小。尽管重庆市近年来交通基础设施实现了乡乡通油路，村村通公路的历史性突破，但在边远高寒地区，由于地形限制，道路大多呈现“陡、窄、弯道急”的特点，农户居住分散，配送到这些地方的物流成本很高，物流配送大多仅止于乡镇，大大制约了农产品物流的快捷性和覆盖广泛性。
其次，农村贫困地区信息化基础设施薄弱，互联网普及率低。近几年４Ｇ信号宽带、光纤、数字化设施向农村覆盖，但贫困地区网络和信息化建设时间较短，网络和信息化覆盖率较低，特别是在山高、谷深偏远地区网络信号不稳定、网速慢、网络的普及和维修成本较高。目前重庆农村互联网普及率不足30%，农民缺少互联网知识，对信息技术认识不到位，必然影响农民接受和参与发展电商。
再次，电商物流服务站点数量少管理不规范。农村淘宝服务站、邮政等第三方物流服务站分布散乱，服务站点设置不合理，物流质量限制生态产品的销售和购买。
（三）贫困地区农村电商人才缺乏
农村电商发展需要的是既懂计算机和网络技能，又懂营销策划和管理技能，同时还具备一定的农业生产方面的复合型人才。当期重庆市贫困农村地区人口多以留守儿童和孤寡老人为主，少量的青壮年，知识水平整体不高，缺乏最基本的网络知识，电子商务方面的人才更是缺乏。当前各种农村电商培训机构的培训效果良莠不齐，再加上混乱的管理，在培训规模和培训能力上无法满足农村电商对人才的需求。从人才需求数量上来看，重庆未来需要200多万个电子商务专业人才。从人才结构来看，现阶段最缺乏的就是精通产品运营推广和数据分析的人才。懂电商的人不懂农村，懂农村的人不懂电商，既懂农村又了解电商的人太少，这是目前农村电商人才结构的主要问题。从人才培养效果来看，虽然部分企业已经开始从事农村电商人才的培训，但也面临着质量不高的问题。从人才引进吸引力来看，由于农村的薪酬低，基础保障较差，条件艰苦，难以吸引和留住高质量的信息化人才，在一定程度上阻碍了农村信息化进程。
（四）产业化水平低，同质化现象严重
贫困地区的农村电商产品产业化水平低，制作程序简单，产业链短，以分散生产和经营为主，生产过程难以进行质量控制；质量检验、包装、冷藏保鲜以及运输受到农村基础设施的限制也无法得到保证，长此以往导致农产品品质标准化水平偏低。产品同质化严重，同一产品对消费的吸引力弱，以至于电商网站之间只有通过价格战来赢得市场；为了快速进入市场，争夺消费，相当一部分农村电商经验者都倾向于采取直接效仿当前最为流行的营销模式，通过打造一些环保、无公害、乡村产品等市场概念，集中销售地区特色不是特别鲜明的、单一的农产品。这种同质化严重的营销模式在短期内虽可以刺激市场需求，但长期一来会产生困境，降低整个市场的利润。