1生源不足制约医学科研院所研究生培养的规模和品牌影响力
由于硬件环境及政策方面的限制，生源不足是医学科研院所普遍存在的问题。本研究调查的样本单位导师与研究生的比例约为1:3.37，存在多数导师连续数年招生数量较少甚至没有的现象。科研工作者申请研究生导师的意愿较强，而生源不足却影响着导师培养研究生实践能力的提高，制约了课题组一线科研工作者队伍的有效扩充。
2.学科体系单一，跨学科的课程资源缺乏
由于医学科研院所相对固定的研究方向和硬件环境的限制，相比高校，存在研究生课程专职教师匮乏，课程结构和教学模式单一，缺少人文社科类课程，研究生全方位培养能力不足等问题。
3 研究生培养与管理体制不健全
医学科研院所研究生培养的管理部门及人员承担着招生、培养、思想政治教育、就业指导等各个环节的工作任务，工作量大、工作要求高。然而，研究生管理人员较少，能力素质亟待提高。医学科研院所研究生培养与管理制度不完善，缺乏对研究生培养质量的有效考核与激励，严重影响了对在读研究生的有效管理，对在读研究生的科研成果产出与转化缺乏有效的正向激励。
4研究生培养的国际合作交流存在短板
目前，全国各大科研院所都在积极寻求国内外的合作交流，并与国外科研机构开展短期培训、科研项目合作、互派人员等活动。然而，与国外高水平的科研机构和高校建立研究生联合培养机制尚不健全，不利于培养具有广阔的国际视野和丰富的学术经历的研究生。
5医学科研院所招收本单位优质毕业生的配套制度不健全
本次调查的样本单位中研究生毕业后的就业意向中愿意留在本单位继续工作的比例较少，更多的是选择到其他医疗科研机构工作。通过个别访谈发现，研究生愿意回到生源地就业是一部分原因。这一现象也发映出医学科研院所对自主培养的研究生吸引力不够的问题；针对本单位技术含量高、人才稀缺的岗位，对自主培养的研究生缺乏个性化的培养措施；对于优秀的毕业生就业，在福利待遇方面缺乏相应的优惠政策。