在习近平等前辈代表的实践基础上，福建省近年来持续推进生态文明建设取得了很多成果，效果明显。但是，我们也应该清晰的看到，随着时代的发展，在日益复杂的内外部环境下，福建省生态文明先行示范区建设依然存在各种挑战，依然需要更好地面对这些挑战，才能更好地促进全省生态文明建设，真正在全国起到生态文明建设的示范作用。
1、全域生态理念提升与部分群众生态文明观念缺失的挑战
习近平同志在福建区域树立了很好的生态文明建设理念，在他离开福建的十来年，福建省广大干部群众始终沿着习近平同志的步伐，继续加强生态文明建设，并得到了广泛人民群众的拥护。然而，纵观全省范围内，依然有部分群众对生态文明建设不理解，思想守旧，观念缺失。有的群众认为，只要能赚到钱，牺牲一些环境也是可以理解的；有的群众认为，环境保护是国家的事情，与个人没有什么关系；有的群众甚至部分干部弄虚作假，欺上瞒下，意识淡薄，逃避责任。这些看似简单的个例，依然说明省内的生态文明教育还需要进一步加强，细致入微，全面清除错误的生态思想。
2、整体生态良好和局部生态文明发展不平衡的挑战
从福建省整体生态格局来看，生态文明建设整体态势良好，但局部依然存在着生态文明发展不平衡的问题，这种不平衡突出表现在两个方面：一是城乡生态发展不平衡，由于农村在交通、经济、教育、公共投入等方面与城市的差别，生态意识教育普及远不及城市，生态文明建设明显差于城市，特别是在部分偏远地区，比如滥用化肥、农药行为使得农作物残留超标，生活垃圾污水随意倾倒等问题甚是严重；二是区域生态发展不平衡，福建省内经济发展好的地区，伴随着人们生活水平的提高与环保意识的增强，越来越重视生态环境的保护与优化，并且这些区域也有一定的经济实力去实现生态优化改造，而在部分经济相对滞后的区域，虽然具有一定的先天生态优势，生态意识却相对薄弱，甚至宁愿接受经济发达区域污染企业的转移，以牺牲生态环境为代价来换取经济的发展。如何缓解以上这种局部不平衡，是福建省未来生态文明先行区建设所面临的严峻挑战。
3、经济快速发展和生态环境保护统筹冲突的挑战
福建省作为全国重点的沿海城市，是经济发展重要省份，拥有厦门经济特区、海西自贸实验区、平潭综合实验区、一带一路及海上丝绸之路的起点等具有国家优势的经济发展叠加区域，这些都对福建省整体经济提供了良好的发展机遇。然而，经济的发展需要大量的资源投入，其中生态资源需求也是十分迫切的，能否统筹协调好经济发展与生态文明之间的关系，做到充分利用好现有的生态资源，服务于经济发展，而不是走回头路，一味的追求经济高速发展而牺牲生态环境，同时如何做到通过经济的发展，统筹兼顾，反哺生态文明建设，这都是福建目前所面临的切实冲突与挑战。
4、制度体系还不能完全满足生态文明建设要求的挑战
习近平在长期的生态文明建设实践中，对形成生态文明制度体系，进行了较多有益的探索。但是，伴随着时代的发展，福建省的生态文明制度体系建设还不够完善，机制还不够健全，法制还不够明显，还不能完全满足生活水平日益提高的人们对生态文明的需求。制度体系的不完善，也就不能保证全民参与生态文明建设的行为，更不能给予福建省生态先行区以有效的制度保障，比如，是否建立了有效的生态补偿机制？是否建立了合理的生态处罚约束机制？原有的干部生态考核机制是否满足现有的生态建设需求？等等，这些都对福建省提出了更高的制度要求。