作为一种新兴发展的事物，慕课在本土化的过程中无论其以何种形式进行适应性发展都会面临一定的瓶颈与限制。作为一种辅助工具，慕课存在于整个教学体系中，需要去不断发现自身问题，进行改革调整。
（一）缺乏有效的课堂互动
在传统教学方式中，可以通过课上教师与学生的互动活跃气氛，了解学生对新知识的接受程度。而在慕课教学中，传授与学习的时间差造成师生间互动的无法实现，虽然提高了学习效率，但却无法有效的测试学习效果，调整学习进度。同时，慕课教学视频（包括直播）虽然营造了一种“面对面”教学的环境，但它只是二维的，与现实相比，缺少三维的立体感及课堂授课的全息体验，对学生学习状态的规范性较差，真实感较弱，带给学习者的课堂体验远不及传统课堂。
（二）商业模式与消费心理的冲突
慕课作为一种商业产品，它追求的一种清晰可持续的商业发展模式，对利益的追求是其无法摆脱的主题。而在消费者心中，线上消费品的价格应远低于线下，尤其是手机的应用程序，长期以来被大众视为免费产品。因此产生了追求商业利益与期望免费获取资源的矛盾。这一矛盾冲突在一定程度上影响慕课在经济欠发达地区的推广与传播。
（三）缺乏成果认证及与教育体系无法有效对接
虽然各高校推出许多不同类型的慕课供大家学习，但是在完成在线教学后往往不能给予一定学分或学位上的认证，在学习成果上很难获得收益。虽然现在已经有与此相关的一些政策措施，但是，在慕课平台上获得成绩并不为社会各界所广泛认可，故通过慕课进行学习这种模式，其实缺少稳定可靠的动力支持。
此外，由于慕课发源于美国，整个课程体系适应的都是一种相对自由的教育模式，它作为学校教育的补充，实际上为学生自主学习提供了有力的支持。而中国人口基数庞大，受教育人口众多，体系复杂，故目前慕课还无法有效的实现与中国教育体系完整的对接，局限于与“自由模式”相似的大学教育阶段。
（四）慕课方式的“机器化”
技术是慕课进一步发展的重要保障，但一味依靠技术就会使其偏离“以人为本”的教育轨道，变为“冷冰冰的机器”。将现代科学技术融入教学全过程是教育现代化的一大要求，但是，这种融合应该是恰当的、适用的，不应是强制的、生硬的。毕竟不论技术以任何一种形式存在，“人”都是实践的最终归宿。慕课在本质上仍然是一种教学手段，它不能挣脱教育在道德上的束缚，不能为了任务而去进行慕课的制作。不精心设计课程内容，不关注用户反馈，仅仅是批量的进行课程录制，是一种有悖职业道德，不负责任的行为。