高校和企业合作需要通过一定的协调机制来建立可持续发展的长期合作平台。一方面，在知识生产模式2中，知识的生产置于应用情境中，是多种因素作用的结果。从生产过程之初，这种知识就被希望对产业、政府，或社会群体有用。校企合作本身就是知识生产的一种形式，因此必须经过不断的谈判、协商，直到校企合作各个参与者的利益被兼顾为止。另一方面，知识由不同团体生产，由于不同主体对实际问题认识角度的不同会产生知识生产的不同场景，因此知识生产的应用性所涉及的实际情境就需要突破不同主体各自的局限，营造协同研发的氛围，这些有赖于校企合作的信息沟通机制。
（一）引导机制
1.法律法规的规范
校企合作中可能出现的矛盾和冲突，仅仅依靠双方协商是难以解决的，还需要在尊重合作各方主体的自主的前提下，根据不同时期的形势需要制定相应的法律、法规来进行规范处理。这些法律法规规范了知识产权的归属、利益分配等细节，促进校企合作中的技术转移。
1980年国会通过《拜杜法案》规定企业对政府资助下产生的知识成果可以申请发明专利，而1982年《小企业发展法》规定小企业可拥有政府资助项目研发成果的全部专利权。1997年《联邦技术转移商业化法》加强了联邦政府对研究机构和技术推广转化机构的责任，紧接着2000年的《技术转移商业化法》规定联邦政府可独占或部分独占其所拥有的发明，既促进发明的广泛应用又不削弱竞争。
面对异质性的知识生产组织结构，知识产权问题的界定是明确各合作主体责任、权利和利益，稳固合作关系的重要手段。美国通过一系列有关知识产权保护、科技成果转让的法律法规，帮助美国企业和大学消除合作过程中的矛盾和障碍，使合作关系更加清晰、稳固。
2.具体计划的引导
知识生产模式1和知识生产模式2并不是非此即彼的关系，在大学内将应用研究和学术性基础研究相结合，能有效提高科技研发效率。1971年开始，美国国家科学基金会推出了大学产业合作研究计划、中小企业具体研究计划等。陆续在大学内建立了主要进行技术开发的“产业-大学合作研究中心（Industry/University Collaborative Research Center Program,I/UCRC）”，主要进行应用研究的“工程研究中心（ERC）”和致力于基础研究的“科学技术中心(STC)”，期望将技术开发和应用研究、基础研究相结合。1990年的先进技术计划向企业或企业与科研机构的联盟提供科研项目启动资金。1993年成立的白宫科技政策办公室负责分析政府的科技政策和计划，密切联邦政府、地方政府、企业与大学等部门的合作关系。
（二）信息沟通机制
在新模式下，知识生产的异质性决定校企合作过程中建立沟通网络的必要性。知识生产的异质性主要体现为知识生产场所的多样性和知识生产参与主体的多元性。前者体现在：知识生产场所不再局限于大学，还包括科研机构、政府机构、代理商、咨询公司等机构；后者体现在：知识生产和创新的主体包括工程师、技术工人和科学家等。这种异质性的存在再加上新知识生产过程所处的日益复杂的应用情境和带有不确定性的实际问题决定了有必要提供中介服务以促进各方及时沟通，有必要成立专门机构以加强调控并保障校企合作各方在知识生产中的权益以及知识流动的良性运行。
1.合作协调机构
宏观层面，20世纪60年代，美国就成立了合作教育委员会和协会负责协调合作教育工作，而学校自身设有自己的合作教育部。合作教育部的项目协调人既了解学校的课程设置、课程安排和教学情况，也熟悉企业和社会的用人情况，他们统筹安排学生的课堂学习和实习工作。1993 年，美国政府设立了国家科学技术委员会，统筹协调科技战略与政策，其下设立了九个协调委员会负责协调各部门、科技界与产业界的利益。微观层面，美国还在NSF(National Science Foundation)设立企业/高校合作研究中心项目，这是基于大学的工业联盟，同时又与企业以会员制的方式进行深度合作，会员企业按照规模的大小每年支付1.2万-4万美元的费用，并通过“工业咨询委员会”（Industrial Advisory Board）有效参与高校研究中心的研究方向的制定、研究问题的确定和开展以及研究成果的共享。该委员会还每6个月召开会议以探讨工业界的最新动态并对过去一段时间的研究成果进行总结。
2.信息咨询服务机构
一类以政府参与为主，美国政府为校企合作提供信息咨询服务，信息咨询中介以搭建数据共享平台、完善信息服务网络、加强信息资源开发等方式，整合利用信息资源，降低企业、大学和科研机构的交易成本。以波士顿128号公路地区为例，马萨诸塞州专门设立“商务发展办公室”，为该地区提供无偿的产学研相关的法律政策、税收政策等咨询服务。另一类是以企业为主体，企业为地区和学校的职业教育提供技术支持和咨询服务，例如，丹佛市中心地区委员会作为该地区职业教育资源中心的顾问委员会，其51%的成员由企业代表组成。一些企业领导加入“行业顾问委员会”(Industry Advisory Boards)或者“课程重建委员会”(Curriculum Renewal Committees)等组织服务于学校的职业教育项目。
（三）约束机制
1.校企合作的原则
知识生产的新模式的工具化倾向和其带来的大学的商业化也受到批判，利益是校企合作双方联结在一起的主要动力之一，但并不是校企合作顺利展开的充分必要条件，校企合作过程不是一味追求经济利益的过程。美国学者詹姆斯·Ｊ·科斯提出大学和产业间建立合作需遵守三大原则：支持每个合作伙伴的使命，任何与某一合作伙伴目标冲突的行为终将失败；制度实践和国家资源应重点关注大学和产业界间合适而长期的合作关系的培养；双方应着眼于每一方的利益，以精简谈判保证研究顺利进行和研究结果的发展。
2.监督与评估体系
质量控制的多维性需要更加完善的校企合作评估体系。知识生产模式的变革不仅影响知识生产过程和质量，也影响着知识生产的监督与评估体系。知识生产新模式中的质量控制不再局限于同行评议，评价标准更加多样，校企合作过程本质上是一种知识生产过程，在这个过程中知识生产的监督与评估体系也需要逐步完善，并通过结果反馈来予以改进。
具体而言，I/UCRC的评估体系中协调机制有四：一是NSF为I/UCRC职员提供全面的评估指导。二是由协调员组成的协调委员会，召开年会来分享理念和评估的发现，交换信息，任命新的评估员，并对评估相关的议题进行投票表决。三是设置专门的评估团队负责分析研究收集的相关数据资料。这样的评估体系把不同主体的标准纳入质量控制之中，传统知识生产模式中的单一学术标准被更加灵活的标准所取代。四是评价侧重应用性，NSF对I/UCRC中心的考核指标不是能不能发表高水平论文或高水平奖项，而是其科研产出对会员企业的投资回报率（Return on Investment）。如在I/UCRC项目实施30年时，NSF对资助过的研究中心为会员企业带来的直接经济收益进行了评估，并对外发布了成果报告，详细分析了智能维护系统中心（Center for Intelligent Maintenance Systems，IMS）、伯克利传感器和执行器中心（Berkeley Sensor and Actuator Center ,BSAC）、高级表面活性剂中心(Industry-University Center for Surfactants,IUCS)等三个成熟的I/UCRC以及与其合作且愿意提供与经济性影响力相关数据的企业。总投入1.85亿元，总收益128.亿元，总体投资回报率为69.4：1，在这当中，IMS对合作企业的投资回报率最高，达到238.3:1。