（一）完善事业单位内部审计绩效方法
通常针对内部审计工作，事业单位所关注的一个问题是多长时间进行一次内部审计绩效评估，对于绩效评估的频率应该是多少似乎尚未达成一致的意见，但从整体结构来讲，应尽可能让审计人员指导他们在从事什么样的工作，以及如果绩效不能令人满意所必须采取的改进措施。对于大多数审计工作人员来讲，这不是通过每年一次或者半年一次的绩效评估就能完成的。因而，很多事业单位在每年一次的正式绩效评估之外会进行两三次非正式绩效评估。
此外，提升事业单位内部审计绩效管理效果，必须科学使用评估方法，无论事业单位采用了哪种绩效评估方法，这种方法都必须和审计工作有关。因此，在选择事业单位内部审计绩效方法之前，事业单位必须对审计工作进行分析，并制定工作说明书，然后再使用以下十种方法中的一种或者多种绩效评估方法：
1、目标管理法。目标管理法（management by objectives ，MBO）更常用于专业人员和管理人员的评估，这种方法也叫做成果管理、绩效管理、效果管理、工作规划与检查方案。通常，目标管理法有六大步骤：第一，清晰并准确陈述审计人员要完成的工作目标；第二，制定指明如何实现这些目标的行动计划；第三，让审计人员实施行动计划；第四，衡量目标的实现程度；第五，必要时采取修正措施；第六，为未来确立新的目标。
此外，成功的目标管理必须满足四种要求，首先，目标应该是可以量化和衡量的，并应尽可能避免无法衡量或者至少不能核实的目标。其次，目标应具有一定的挑战性和创新性，而且，要将这些目标以清晰、简洁、无歧义的文字描述出来，确保目标是可以实现的。再次，目标管理法同样要求审计人员参与目标确定的过程，通常，审计人员的积极参与对制定行动计划也是必不可少的，如果管理者在没有审计人员参与的情况下设立了工作目标，然后问他们是否同意这些目标，就很难得到全体审计人员的高度支持。另一方面，目标管理法的最后一项要求是目标和行动计划必须作为管理者与审计工作人员之间定期商讨如何提升事业单位内部审计绩效的基础，这种商讨活动能够为管理者和审计工作人员提供讨论绩效进步以及在必要时修正目标的机会。
2、多方评价者评价法。多方评价者评价法又称为360度反馈法，采用这种方法开展事业单位内部审计绩效评估工作时，管理人员、同事和全体审计人员所组成的测评小组均要填写有关被评价者的问卷调查表，这些问卷通常都非常详细，常见的问题是：“你行动敏捷、思维清晰、表达清楚吗？你熟悉本职工作吗？你能为工作废寝忘食吗？你容易受到伤害吗？”，绩效管理人员要向审计工作人员提供绩效结果，审计人员由此可以知道自己的观点与实施测评小组的观点有什么不同。
3、图表等级评价法。在事业单位内部审计绩效评估工作中，图表等级评价法（graphic rating scale）是评价者根据工作量、可信赖程度、工作知识、出勤率、工作准确性以及合作精神等要素对审计人员作出评价的一种绩效评估方法。从宏观视角来讲，图表等级评价法有两种方式，分别是数字排列和文字排列，相比之下，文字排列的使用更为广泛。一般情况下，图表等级评价法的文字排列项目主要包括工作量、可信赖程度、工作知识和工作准确性，其中，工作量的五个选项分别是达不到最低要求；刚好达到要求；工作量令人满意；很勤奋，超额完成；有非常优异的工作记录。可信赖程度是指一种只需要最少的监督就能做好指定工作的能力，该项目的五个选项是只需要密切监督，不可依赖；有时需要监督；通常能在适当的监督下完成规定的工作；需要很少的监督，可信赖；只需要最低程度的监督。工作知识是指为取得令人满意的工作绩效，审计人员应具备的相关工作职责的知识，其五个选项是对工作职责认识不足；缺乏某些方面的工作知识；对工作职责有一定的认识，能回答有关工作的大多数问题；对工作的所有方面都有理解；对工作的所有方面都已完全掌握。工作准确性特指履行工作责任的正确性，该项目的五个选项是频繁地犯错误；粗心，经常犯错误；通常准确，只犯平均数量的错误；只需要很少的监督，在大多数情况下是正确的，审计数据与结果是准确的；只需要最低程度的监督，几乎都是准确的。
不可忽视的是，图表等级评价法存在一些严重的缺陷，一个潜在的缺点是由于背景、经历和个性的差异，评价者不可能以同一方式对文字描述的内容作出解释。另一个潜在的问题与评价范畴的选择有关，评价者有可能选择与工作绩效无关的范畴，或者遗漏对事业单位内部审计工作绩效有重大影响的范畴。
4、行为锚定等级评价法。行为锚定等级评价法（behaviorally anchored rating scale，BARS）是指根据是否成功地完成事业单位内部审计工作所要求的特定行为，从而对审计人员进行绩效评估的一种方法。这种绩效评估方法的重点是在审计人员在工作中所表现出的职能性行为。在使用行为锚定等级评价法开展事业单位内部审计绩效评估工作时，要确定好工作维度，然后，在工作维度的基础上编写行为锚定，再做好分值评价。
5、关键事件评价法。关键事件评价法（critical-incident appraisal）要求评价者对发生的事件作书面记录，所记录的事件应该是有关说明审计人员令人满意或者不满意绩效的工作行为。
6、文字叙述评价法。文字叙述评价法（essay appraisal）是指评价者以文字叙述的形式来描述审计人员绩效的一种评估方法，通常要对所涉及的话题作出说明。文字叙述评价法中的一个代表性问题是“用你自己的话描述这名工作人员的绩效，包括工作的数量和质量、工作知识以及与其他同事相处的能力，这名工作人员有哪些优缺点”。
7、核对表格法。核对表格法（checklist）是评价者对审计人员工作行为的一系列问题作出肯定或者否定的回答，这种方法还可以给每个问题赋予不同的权重。
8、迫选法。迫选法（forced-choice rating）有许多不同的做法，最常见的一般做法是要求评价者对描述审计工作人员如何履行工作的义务和责任的一种陈述进行排序。
9、排序法。在有必要比较两个或者两个以上的工作人员绩效时，有必要采用排序法（ranking methods）。
10、工作标准法。工作标准法（work standards approach）通常用于评价审计人员的工作量，该方法的优点是具有高度客观性，缺点是无法比较不同的工作标准。
（二）创新事业单位内部控制管理手段
提升事业单位内部审计绩效，创新单位内部控制管理手段，理应顺应时代的发展趋势，融合信息技术，量化事业单位内部审计控制流程。从微观视角来讲，事业单位内部控制审计工作是一个程序化的工作，以下是事业单位内部审计控制工作的具体流程：
第一，根据行政事业单位发展目标，确定内部控制审计重点，制定阶段性的审计工作计划，合理安排审计内容，结合实际情况以及相关部门要求，灵活调整审计计划。
第二，依照本单位内部控制审计工作的困难程度、任务量、审计特点和工作时长，组成行政事业单位内部控制审计机构，对内部控制审计任务的特殊要求和规避原则，任命具有组织协调能力的人担任领导，选择具有责任心、有能力的工作人员参与审计工作，由机构领导对内部工作人员进行工作安排，组织培训工作做好前期基础工作。
第三，由事业单位内部控制审计机构管理人员制定内部控制审计方案，主要包括对内部控制审计的意义、审计的时间、审计的范围、审计的方法、审计的部分、人员的分配等的设计。而且，审计内容应当具备合理性、全面性、系统性的特点，需要注意的是，内部审计最重要的特征是把审计责任进行合理分配，达到个体或部门对涉及经济发展事物不能独立处置，必须经过多方综合协调才能有权处置事物。
第四，向受审部门发出内部控制审计通知，审计通知一般在正式进行审计前2-3个工作日到达相关部门，依据审计通知，合理安排工作人员配合审计，并准备对应审计通知的材料。
第五，是由审计工作人员开展现场审计工作，首先召开审计会议，说明审计任务和审计内容，向工作人员提出要求，以便配合后续审计工作。
第六，由审计人员根据审计结果撰写审计报告，审计报告的主要内容有被审计部门的基本概况介绍、审计过程中发现的问题、整改意见、审计评价以及奖惩意见等。内部审计报告最终应由审计负责人签字确认。
第七，科学开展后续审计工作，根据审计报告中提出的问题，监管受审计部门进行整改，保证整改质量，并进行质量评估。
（三）重建事业单位内部控制管理机制
为了促进事业单位的可持续发展，提升内部审计绩效，需要建立科学的内部控制管理机制，优化财务管理工作模式，让本单位的发展与现有的经济体制相对应。因此，事业单位应该根据本身的性质和发展需要，以及促进财务管理工作的进行开发一系列的财务管理软件，对本单位的审计控制工作和财务管理工作进行系统化管理。
除此之外，工作人员应注意增强事业单位财务内控制度的执行力，提高财务审计监督力度，并通过建立和执行财务管理机制来规范财务工作流程，对于财务内控制度执行力较强的工作人员予以相应的嘉奖，如果某位工作人员存在过失，就需要实施必要地惩处，这样方能有效增强财务内控制度的执行效果。