思想政治教育的科学性与党性既对立又统一。对立性表现在两者的内涵、目的、手段等方面的不同，统一性体现在两者的联系上，即思想政治教育的科学性以党性为根本方向、根本目的，思想政治教育党性的确保有赖于科学性的发展与维护，两者辩证统一于“立德树人”的思想政治教育实践工作中。
1对立性
1.1内涵不同
思想政治教育的党性是指阶级性、政治性和意识形态性。党性是阶级性的集中体现，是阶级斗争发展到最高层次的产物。自思想政治教育诞生的那一天起，它就是党的工作的一个重要组成部分，是为党的政治任务服务的，它自然具有很强的党性。在我国，党以全心全意为人民服务为根本宗旨，因而思想政治教育的党性又可理解为为人民、为社会主义服务。思想政治教育又以高校思政课堂为主阵地和主渠道，因此，高校思想政治教育就不能不具有鲜明的党性。习近平总书记明确指出：“我国高等教育发展方向要同我国发展的现实目标和未来发展方向紧密联系在一起，为人民服务，为改革开放和社会主义现代化建设服务。”这进一步明确了高校思想政治教育的价值倾向性和社会责任——坚持中国共产党对高校的领导，坚持社会主义办学方向。那些无视高校教育与党性关系的看法，是将高校视为孤岛、盲目自为的错误做法。
思想政治教育的科学性即客观真理性，是指那些贯穿在思想政治教育教学实践中稳定的、本质的不以人的意志为转移的联系，即关于思想政治教育的本质和人思想品德形成发展的规律。科学性包括两个层面的意思：一是要在学理层面符合逻辑和理论的证明，爱因斯坦也认为科学就是“寻求我们感觉经验之间规律性关系的有条理的思想”。二是要禁受得住实践的敲打和检验，“实践才是检验真理的唯一标准”。
与贯穿在思想政治教育全过程的党性不同，思想政治教育的科学性是思想政治教育不断创新发展的生命力之所在。在长期的思想政治教育实践中，人们形成了许多关于思想政治教育各方面的客观真理认识，比如：疏导规律、内化外化规律、教学相长规律等等，这些规律不断被人们掌握与运用，成为思想政治教育实践的“工作方针”，促使思想政治教育有组织、有计划的开展，不断形成指导思想科学化、教育内容科学化、教育方法科学化、评价标准科学化、管理模式科学化的良好态势。在新时代的背景下，中央适时召开了具有里程碑意义的全国高校思想政治工作会议，会上，习近平总书记指出：“做好高校思想政治工作，要因事而化、因时而进、因势而新。要遵循思想政治工作规律，遵循教书育人规律，遵循学生成长规律，不断提高工作能力和水平。”这些举措为思想政治教育不断实现科学化提供了重要支撑，不断推动了高校思想政治教育的科学发展。
1.2目的不同
发扬思想政治教育党性的目的是为了表达党的意识形态，培养符合统治阶级意志的人才，是为统治阶级服务的。思想政治教育肩负着为党发声、传达政治任务的重要使命，“统治阶级的思想在每一时代都是占统治地位的思想，这就是说，一个阶级是社会上占统治地位的物质力量，同时也是社会上占统治地位的精神力量。支配者物质生产资料的阶级，同时也支配着精神生产资料。” 思想政治教育是统治阶级与民众沟通的“使者”，负责将体现统治阶级意志的思想传达给民众，以期获得民众认同与支持，从而也使思想政治教育自产生以来就先天地打上了政治烙印，承担着“灌输”统治阶级的思想意识、表达统治阶级政治诉求、充当统治阶级“发声筒”的重任。思想政治教育的具体内容不论是有关思想教育的，还是有关道德教育的，甚或有关法纪教育与形势政策教育的，都必须站在统治阶级的政治立场上，以统治阶级意识形态为价值导向，不能违背一个政党的政治统治。
发展思想政治教育科学性的目的是求“真”寻“理”，通过对人的思想品德形成规律和对人们进行思想政治教育规律的不断推进与探索，使人们形成科学的品德意识、丰富的品德情感、坚强的品德意志和良好的行为习惯。但鉴于人类精神现象的复杂多样性，且改革开放以来国际国内形势发生巨大变化，经济全球化、政治多极化、文化多元化以及科技迅猛化特征日趋明显，社会成员思想的主体性、差异性、独立性日渐加强，使新时代人们的思想品德展现出开放性与闭锁性、不平衡性、不稳定性、两极性、矛盾性等新的特征，使得探寻人们特别是青年一代思想品德发展规律的道路充满了各式各样的挑战与冲击，这给发展思想政治教育科学性带来了巨大的挑战。因此，亟需在思想政治教育的基础上结合心理学、经济学、教育学、伦理学、政治学等知识，不断探索新媒体时代背景下人们思想发生的新变化及其背后的原因，直面社会变革，分析思想政治教育面临的新特点与新情况，从中找出新规律并以此指导新的教育实践，只有这样，思想政治教育才能不脱离人民群众，与时俱进，生动活泼地向前发展。
1.3手段不同
思想政治教育为了巩固其党性，采取的是“灌输”的方法。灌输理论是马克思主义思想政治教育的基本方法之一，也是中国共产党思想政治教育必须长期坚持的一项基本原则。早在1902年，列宁在《怎么办》一书中全面而系统地阐述了“灌输理论”，认为工人阶级不可能单独产生科学社会主义，“工人阶级单靠自己本身的力量，只能形成工联主义的意识。”“工人本来就不可能有社会民主主义的意识，这种意识只能从外面灌输进去。”中国共产党始终坚持灌输的方式，在革命过程中，不断坚持和加强灌输手段，在科学灌输和武装斗争的结合下，我们党最终取得了胜利。进入到改革开放时代，我们党坚持走中国特色社会主义道路，坚持学习马克思主义、毛泽东思想、邓小平理论、三个代表、科学发展观，再到学习新时代背景下的习近平中国特色社会主义思想等均离不开灌输的方式。在国内外形势发生巨大变革的今天，如果我们放弃对社会主义理论的灌输，就会使西方资产阶级思想有机可乘，从而动摇民心危及社会主义制度。所以坚持“灌输”的方式是对人民群众进行理论武装和加强思想政治教育的基本原则。
思想政治教育为了推动其科学性发展，采取的是综合历史唯物主义方法论以及现代化学术研究方法包括管理学、心理学、经济学、伦理学、教育学等学科的研究方法。思想政治教育要实现科学发展，无疑必须坚持运用历史唯物主义方法论原则来指导思想政治教育。历史唯物主义是科学的社会历史观和方法论，是最为根本的方法论原则，同时还要糅合借鉴多学科的研究成果，因为被教育者思想政治问题的原因往往涉及其本身的心理和伦理方面，对社会而言可能与其经济和政治、道德建设和法制建设、教育和管理状况有关，对教育者而言有可能受其教育水平和观点的制约，而对于管理部门来说有可能涉及到评价指标是否科学等多方面因素，从而决定了推动思想政治教育科学发展的手段必须是在历史唯物史观的指导下，综合多学科的研究方法的方法论体系。
2统一性
2.1思想政治教育的科学性以党性为根本方向、根本目的
思想政治教育的科学性和党性并非是平起平坐的关系，两者在思想政治教育实践中处于不同的地位，贯穿在思想政治教育始终的党性是思想政治教育前进的旗帜与标杆，居于主导地位，思想政治教育的科学性须以党性为根本方向、根本目的。
思想政治教育科学发展的根本方向是指思想政治工作的价值取向。根据社会存在决定社会意识的唯物史观原理，我国的经济制度——社会主义公有制奠定了我国意识形态取向的社会主义性质，从而也决定了我国高校是以社会主义为根本方向的，以中国共产党对高校的领导为旗帜，扎根中国大地办大学，这是高校思政工作必须要遵循的首要原则。这也就决定了高校思想政治教育的科学发展也要坚定不移地以党的意志为前进方向，任何偏离了党性的科学成就，都是远离人民的，即使再符合规律也是不能为人民服务的，很难保证其不会被用于危害人类的用途。科学性如果离开党性的价值引导与规约，就会变得于人生、于社会毫无益处，科学理论的有用性取决于党性的裁决和认可。毛泽东也曾指出：“没有政治观点，就等于没有灵魂。”党性是思想政治教育区别于其他学科教育的根本性质，必须牢牢把握，这是高校思想政治工作科学发展的根本性和原则性问题。
思想政治教育科学发展的根本目的是指思想政治工作的最终归宿。丧失或者偏离党性意味着主动放弃意识形态的主导权，后果将是不击自垮，更别提如何实现科学发展了。2016年，在全国高校思想政治工作会议上，习近平总书记明确指出，“我国高等教育发展方向要同我国发展的现实目标和未来方向紧密结合在一起，为人民服务，为中国共产党治国理政服务，为巩固和发展中国特色社会主义制度服务，为改革开放和社会主义现代化建设服务。”这四个服务道出了高校思想政治教育科学发展的目的所在，同时也是评价高校思想政治工作是否取得成效的根本标准，高校思想政治工作是否取得成效，成效如何，主要看思想政治工作根本目的的实现程度如何，也就是，是否很好的实现了“四个服务”。
2.2.思想政治教育党性的确保有赖于科学性的发展与维护
虽然思想政治教育的党性居于主导地位，贯穿高校思想政治教育的始终，但是并不代表其党性能够有足够的力量抵御各种错误思潮的入侵，它需要科学真理来为其“保驾护航”，需要科学理论的诠释与维护，从而增益人们对党性的把握和了解。
从历史的纵向看，没落阶级、反动阶级的思想政治教育之所以被先进阶级的思想政治教育所代替，其根本原因就在于先进阶级的思想政治教育符合社会发展的规律与趋势，落后阶级的思想政治教育违背科学发展的规律。任何一个先进阶级的思想政治教育必然是科学的、符合历史潮流的，违背规律的思想政治教育必然得不到人民的支持，从而党性也就会慢慢淡化。例如我国文革时期的思想政治教育，由于与社会发展的趋势背道而驰，严重背离了科学性，使我国的思想政治教育遭受到极大的扭曲，党性遭到极大地破坏，随着历史的发展必然会被新的符合科学性的无产阶级思想政治教育所代替。
从历史的横向看，一个政党要能在风云激荡的世界舞台上站稳脚跟并得到人民群众的支持与爱戴，其思想政治教育必然需要说服人民群众，“理论一经掌握群众，就会变成物质的力量”，“理论只要能说服人，就能掌握群众；而理论只要彻底，就能说服人。所谓彻底，就是抓住事物的本质。”所谓抓住事物的本质，就是要遵循客观规律，把握科学性。思想政治教育党性的突出必须依托于客观真理性，并借助科学的理论成果为政治的合法性进行理论辩护与论证，从而才能真正说服人，克服盲目性和主观随意性，大大提升思想政治教育的信誉度，实现阶级统治的政治目的。
2.3两者辩证统一于“立德树人”的思想政治教育实践工作中
成功的思想政治教育实践必然是以科学性和党性的统一为前提的。党的十八大报告旗帜鲜明的指出：“把立德树人作为教育的根本任务，培养德智体美全面发展的社会主义建设者和接班人。”在全国高校思想政治工作会议上，习近平总书记强调：“高校立身之本在于立德树人”，“要坚持把立德树人作为中心环节。”立德树人这一理念首先是科学的，符合思想政治教育规律和人的思想品德形成发展规律，是对中华民族优秀传统文化精髓的自觉传承，是我们党对思想政治教育事业长期发展实践经验的科学总结，彰显了马克思主义教育思想的理性光辉。同时，在“立德树人”中也内蕴着深刻的党性，先“立德”后“树人”，“立德”是前提，强调思想政治教育应塑造学生良好的思想品德、促使学生形成良好的德行；“树人”是目的，要培养德智体美全面发展的社会主义建设者和接班人，为实现社会主义现代化而奋斗，这构成了思想政治教育根本的价值追求，确立高校思想政治工作“立德树人”理念，有利于高校坚持社会主义办学方向，紧紧围绕“立德”这一核心全面深化学校各项工作改革，为中国特色社会主义事业培养合格的建设者和接班人。
在实践中，坚持科学性与党性的统一具有十分重要的意义，一方面，发扬科学精神、推动思想政治教育科学事业的发展，可以更好地研究人们思想品德形成和保持方面的问题，从而可以推动社会和人类的发展；另一方面，发扬党性，具有制约思想政治教育科学发展方向、促使科学规律在应用中不会被用于危害人类的重要作用。只有既具有科学性又内蕴着党性的思想政治教育实践才会是最符合人民的期待的、最有利于社会进步的。