（一）自身部门缺乏规范，法律依据过于原则
检察机关自恢复重建40年来，检察机关内设机构多次变革，分合变动大，甚至一些内设机构名称、数量、职能等五花八门，大多民众不知检察机关内部机构的职责，公安机关办案人员也被弄得云里雾里，让人无所适从。虽然新修改的人民检察院组织法和刑事诉讼法赋予了检察机关对诉讼活动实行法律监督的权力，甚至保留了对司法工作人员利用职权实施的侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪的侦查权，但这些法律法规还是过于原则、笼统，缺乏实际可操作性，模糊和不明确导致司法实际操作混乱、冲突，这需进一步的明细规定给予法律依据的支持。
（二）监督理念存在偏差，消极对待监督
检察机关“重配合、轻监督”等观念影响深远，“一手硬、一手软”等现象严重，一些地方对监督工作流于形式，喊喊口号、挂挂牌子，没有真正把侦查监督工作落实到位。一些地方存在畏难情绪，担心被信访缠闹、担心影响与公安机关的关系，不积极开展侦查监督工作，有的地方为了完成监督任务搞协商监督，甚至搞监督交易，这种情况长此下去就会损害法律监督的严肃性和权威性。司法实践中，作为被监督方的公安机关也不愿被监督，对监督存在很大的抵触情绪，常以各种借口抵制检察监督，认为对其开展侦查监督就是“挑刺”、“找茬”、“管闲事”，而且公安机关内部也面临着考核指标的压力，被检察机关书面纠正违法要在考核上被扣分的，这会影响办案单位自身的考绩，因此办案单位出于趋利避害的考虑，对检察机关监督工作大多予以抵触和消极对待，这在一定程度上制约了侦查监督工作的有效开展。
（三）监督信息渠道不畅，监督范围狭小
检察机关一般是通过案卷材料的审查和当事人的申诉、控告的渠道获悉公安机关刑事侦查活动有关情况。而侦查活动是否合法的有关情况一般是不会直接反映在案卷材料上的，公安机关为了达到批捕的目的，会刻意隐瞒侦查活动违法行为，对案件材料加以完善，使检察机关获知违法侦查行为的概率极低，并且绝大数以书面审查方式展开的侦查监督具有明显的滞后性、被动性。以上两种监督方式都没有办法真正做到将侦查行为置于权力的监督之下，具有明显的滞后性、被动性，违法侦查行为不仅无法及时发现、解决，即使发现并纠正了，损害后果也已经无法挽回，进行纠正只不过是一种司法补救措施而已。侦查监督的滞后性，使侦查监督变成一种静态的对侦查工作结果的监督，而不是动态的对过程的监督。在我国现行的监督机制下，公安机关可以采取的强制措施有很多种，也有更多自由裁量的空间，除了逮捕强制措施需要报经检察机关批准外，其他刑事强制措施及侦查手段均由公安机关自行决定、自行变更、自行执行，这些措施除逮捕措施外均未明确纳入侦查监督范围，但凡是权力都有被滥用的可能，这些易导致监督效果不理想。
（四）监督手段缺乏刚性，不具强制约束力
无救济，无权利。司法实践中，检察机关对公安机关违法侦查活动的监督主要有几种手段：情况通报、检察建议、书面纠正违法、建议更换承办人、移送职务犯罪线索等。但这些手段缺乏法律强制力和执行力，导致监督工作在开展时显得力不从心，不能对公安机关侦查违法行为起到惩戒作用，公安机关可以对检察监督置之不理或虚与应付。虽然新修改的《人民检察院组织法》第二十一条规定：“人民检察院行使本法第二十条规定的法律监督权，可以进行调查核实，并依法提出抗诉、纠正意见、检察建议。有关单位应当予以配合，并及时将采纳纠正意见、检察建议的情况书面回复人民检察院。”但具体回复时间、程序尚需进一步明确。而且被监督者如不接受监督意见，并没有规定后续制裁措施，实践中公安机关在回复中常以“今后办案中进行改进”等措辞予以敷衍了事，这往往沦为一纸空文，流于形式，这就与监督的实质相去甚远，这种监督被称为“乞丐式监督”，检察机关的监督手段显得软弱无力。