与其他学科不同，长期以来由于学者们对学科标准划分的分歧，关于高等教育学到底是一门学科还是一个研究领域的问题备受争论，这也是长期以来高等教育学学科建设之路充满曲折的重要原因。在经典学科标准下，高等教育学并不符合作为一门独立学科的三大标准，即独立的概念系统、独立的研究方法和独立的研究对象，因而高等教育学被划归为研究领域。但在我国，高等教育学的兴起并非学科发展成熟的结果，其兴起之初即是一门顺应国家改革发展出现的新兴学科，这就意味着高等教育学学科地位的合法性先于合理性得到确认，这也成为高等教育学学科地位备受争议之症结所在。
（一）高等教育学：学科还是领域
在《辞海》中，“学科”指学术的分类，是学校教学内容的基本单位。库恩的范式理论认为，一门成熟的学科应该有“自己确定的知识体系、方法体系、学术评价体系、典范的培养体系与工作体系。”这些范式成为衡量高校学科设置的参照标准，高等教育学学科地位的合理性遭到质疑。关于高等教育学地位之争，学界主要有三种观点：（1）学科论。有学者认为，高等教育学科是一门新兴学科，处在迅速发展并逐步走向成熟阶段；与之相似，也有学者从学科评判标准的划分层面来看高等教育学的发展，将学科评判标准分为成立标准和成熟标准，高等教育学完全符合一门学科成立的条件，作为一门“应然的学科”，处在发展初期的高等教育学只是还没有达到学科的成熟标准，以此来否定高等教育学的学科属性，是完全荒谬的做法。（2）研究领域论。有学者借鉴国外学科建设经验，对照学科成立的规范和标准认为，高等教育只是一个研究领域 。高等教育学没有自己独立的研究对象、没有独立的概念系统、没有独立的研究方法，因此高等教育学不具备独立学科成立的条件。（3）既是学科又是研究领域论。持此种观点的学者以潘懋元先生为代表，主张“高等教育既是一个研究领域，也是一门正在走向成熟的学科。”
“高等教育学作为一门独立学科确定下来，正像社会科学园地中其他许多学科的产生一样，即便我们还没有来得及清楚地理解这一学科研究对象特殊性的含义，作为学科它却已经存在了。”在我国，高等学校学科建设与专业设置长期处在政府的行政审批之下，政府对高校学科建设与专业设置严格把关，以实现对高等教育科系发展的统筹兼顾。从学科发展的实践层面来看，学科建设的内容并非客观既定，而是在发展过程中不断积累和逐步建构起来，知识的学科化本身就是人为建构的结果，用形形色色的“标准”作为度量高等教育学是否是一门学科的做法本身的合理性令人存疑，“教育学在科学化道路上追求实验性的客观知识导致无功而返即是例证。” 在我国，高等教育作为一门学科的发展历程与政府的宏观调控息息相关，是中国特色社会主义建设特殊国情使然，同时又对我国高等教育学的发展起到重要的推动。在社会主义现代化建设进入新时代，推动高等教育内涵式发展成为时代课题，这要求高等教育明确自身学科地位，面向国际，在激烈竞争中激流勇进。
（二）高等教育学学科地位的确立
高等教育的发展从来都不是远离社会生活的空中楼阁，高等教育学成为一门独立学科，经历了一个不断尝试、不断变革的历程，这一历程与我国社会政治经济发展状况以及高等教育发展阶段密切相关。从高等教育学学科建制以来，我国学者对高等教育学研究向何处去的问题进行了一系列有益探索，使得我国高等教育学学科建设由早期的经验借鉴、概念探索逐步向研究方法层面转移，形成高等教育学多学科研究的布局，并在实践中不断反思和调整高等教育学学科专业发展的思路和路径。
我国“高等教育学作为应国家改革需要而产生的一门新兴学科，带有鲜明的时代烙印和国家主义色彩”，新中国成立初期，新生政权以苏联为蓝本进行社会主义建设，关于新中国的高等教育如何开展的问题学者们进行过诸多探索，但这一时期主要以学习和借鉴苏联高等教育办学经验为主。在模仿学习的基础上学者们对我国高等教育目标、课程设置、人才培养等方面提出了诸多有益见解，但归根结底这一时期的高等教育仍处在学科建设阙如阶段。有学者指出，真正意义上开始对构建高等教育学学科的尝试，是以1957年厦门大学教育学教研室编写的《高等学校教育学讲义》为标志的。作为高等教育学学科建制的首次尝试，《高等学校教育讲义》“仅能做到普通教育学一般原理原则与高等教育若干论点与材料的糅合”。此次尝试虽未达到预期效果，却填补了我国高等教育学学科建设的空白，为之后高等教育学学科建设尝试开辟了路径，使得高等教育学是否有可能作为一门学科发展成为社会各界开始关注的话题。1978年，潘懋元先生呼吁“必须开展高等教育理论的研究”，在学界引起巨大反响。
1983年，高等教育学作为教育学一级学科下的二级学科正式被列入国家《学科专业目录》，自此高等教育学作为一门学科在制度层面得以确立。同年，我国第一部公开出版的以“高等教育学”为名的专著《高等教育学讲座》出版，但由于该著作没能构建出完整的高等教育学学科理论体系，未能算作我国高等教育学的第一本专著。直到1984年潘懋元先生主编的《高等教育学》出版，成为我国高等教育学学科发展的奠基之作。《高等教育学》“运用普通教育学的学科范式，根据高等教育的基本特点提出了一个初步的模型，形成了一个高等教育学的知识体系。”作为我国公认的第一部高等教育学系统专著，潘懋元先生的《高等教育学》仍是经验体系内的探索。1993年全国教育学研究成立大会上提出学科建设要加强有关高等教育学理论体系研究，此后一系列有关高等教育学理论体系构建的著作如雨后春笋般涌现出来，学界迎来高等教育理论研究的大潮。这一时期的高等教育学理论体系研究以高等教育涉及的最基本概念为抓手进而演绎出与高等教育活动相关的其他概念，但如何寻找到高等教育研究的逻辑起点又称为研究者们面临的难题。
为解决高等教育学学科发展过程中逻辑起点问题，以潘懋元先生为首的研究者们开始探索从历史学、社会学、经济学等多学科视角进行高等教育研究和分析之路。随着高等教育学的发展，各高校开始设立高等教育学学科，高等教育学学科博士点、硕士点也如雨后春笋般在各高校涌现，但高等教育学学科发展面临着新的挑战。