深圳特区对一所好大学的渴求由来已久。深圳曾经做过一项调查，发现深圳高等教育规模位列全国计划单列市的倒数第一名。基于这一缘由，深圳市政府将建设南方科技大学写进了政府工作报告。这所学校的榜样，是一河之隔的香港科技大学。为此，他们愿意听全世界的意见，开始全球遴选校长。2009年3月，深圳市召开南方科技大学校长遴选委员会会议，以投票方式遴选推荐朱清时院士为拟任校长第一候选人。2009年9月，时年63岁的朱清时从深圳市代市长王荣手中接过南方科技大学（筹）创校校长聘书，开始了他的“有所为”。
1.去行政化改革
2011年，朱清时校长在首届“创新中国论坛”上提到“我是1998年出任中科大校长的，在此之前的10余年间，我在英国、美国、法国都工作过。我深深感到，我国的高等教育水平与世界一流大学差距甚大，要想改变这种状况，中国现行的教育制度一定要改变。学校的社会定位应该是从事教学和科研的学术机构，管理体制应该应‘学术优先，学者主导’，但现在中国教育最大的问题在于管教育的人并不见得真正懂教育。因此，我的根本观点就是中国教育一定要改革，而大学的改革要从‘去行政化’开始。”同时，朱老先生明确解释了“去行政化”的含义：“依法治校，不是因人而治校，由教授组成委员会制定各种规章制度，然后授权行政管理人员照章来管理学校，为教授服务，而不是完全不要行政机构和行政人员。”
去行政化的关键是立法治校。为实现政府部门对学校管理的去行政化，南方科技大学诞生之初，就成立了理事会。深圳市政府颁布《南方科技大学管理暂行办法》 ，以法律的形式明确规定南方科技大学要“遵循理事会治理、教授治学、学术自治的原则”，理事会由政府代表、南方科技大学校长及管理团队、教职工代表和社会知名人士等组成，理事长由深圳市市长或市长委任的人员担任，界定了政府、学校、行政、学术的关系。对于学校内部管理的去行政化，其治理方式主要包含三方面的内容：把党委领导下的校长负责制和高校法人治理结构有机结合，探索建立党委领导下理事会法人治理结构。治理机制的第二方面就是学校设置了校务委员会。校务委员会作为集体决策机构，对学校教学、科研和行政管理中重大事项进行决策，保证校长负责制的良好运转。治理机制的第三方面就是学校成立了学术委员会。学术委员会是学校最高学术权力机构，负责评议和决策学校教学、科研等重大学术事项。换言之，在管理组织上，学校设立党委会、校务委员会、学术委员会3个委员会，以权力制衡权力。党委会按党章组成，按党章和高教法工作，并保证国家法规与政策及学校章程在学校得到贯彻落实，在党委领导下书记兼校长。校务委员会和学术委员会中，保证在教学科研第一线工作的教授至少占1 /3，由教授会选举产生；有学生代表，由学生会选举产生；校外人员也占一定比例，中间有部分校友，由校友会选举产生。两个委员会的职责是制定学校的规章制度，并监督校长和全体行政机构执行。
2.设立全新的管理架构
朱校长曾提到，当前的大学管理架构是按照100年前自然科学的发展状态来设计的，所有学科都是交叉重叠发展起来的。老先生表示他一直对这种目前世界上大多数大学采用的按照传统学科设置院、系行政管理机构的学术架构表示质疑。
南方科技大学的学科管理架构为“学部—研究所—教员”，学部是本科生、研究生的统筹协调单位，是学生学位管理的基本单位；研究所以交叉学科或跨学科为特征，是科研和教师管理的基本单位。研究所和研究中心都以交叉学科、跨学科为特色。南方科大把尽量减少学科构架的纵向和横向的管理叠层作为探索目标，把目前大多数高校实行的以“系管教”、“所管研”、“政管职”为特征的“多轨制”体制转化为对学科、教员的“单轨制”管理，使用班组化管理，不要教育是教育的管理、研究是研究的管理。与之相对应的是南方科技大学为进行创新人才培养改革而实行新的教学体制，即实行“2＋2”培养模式。学生前两年不分专业，统一学习数理基础课，等到三年级时根据个人兴趣和特长再自选专业，这样学生的数理基础就比较扎实，都学得好，不像过去其他高校，学生入学以后就分到各个系里去，所学专业基础知识都跟自己专业有关，这样的学生适应交叉学科的能力就很差。南方科技大学的“2＋2”培养模式最大的好处是培养学生交叉学科工作和研究的能力。20世纪以来，科学技术发展主要是沿着交叉学科的路来走，教学实行小班教学、院士授课、个性化培养等，采用学科交叉的方式，为学生提供跨学科学习的机会和平台，培养学生突破学科界限、灵活运用知识、具有很强从事交叉学科研究的能力，为学生今后在高科技前沿领域工作打下基础。
3.学生学习与做人并重
南方科技大学采用英语教学――授课使用英语教材，用英语授课。目前，学校很多课程都采用英文原版教材并用英语授课，这是培养学生创新能力的一个基础环节。“我们以前的教育都是传授知识型的，把教材写得非常清楚，把馍嚼得很细之后喂到学生嘴里，这样学生很容易看懂，但这样教出来的学生到做科学研究时就没有能力，做科学研究需要自己看英文文献，学生使用原版英文教材是逼迫他们产生自学能力，自己去适应，遇到困难想办法克服，这也是创新能力的一部分。”学生一开始可能感觉比较困难，但是经过一段时间后，就会适应英语教学模式，就能够很快地阅读原始文献，并且能够顺利开展国际交流，这是走出国际化的必要步骤，国际化学习也是培养学生创新能力的重要途径。
本科生入学后，前两年由学校安排统一的理工科基础教学，后两年将由学生按照自己的爱好和能力自选由各个研究所 （室） 和中心开设的专业课，并且在该研究所 （室） 和中心做研究实习。南方科大重在实现“以学生为本的个性化教学”和“在研究中学习”，学生修满学分即可毕业。南方科技大学一开始就明确了学生是学校的主体，学校就是要为学生成长服务的原则，尽可能挖掘出学生主观能动性，使他们创新能力得到发展。学生会是学生自己组织、自主选举的，学生参加老师的科研活动也是他们自己决定、自行参加的。南方科技大学的学生拥有很大的自主权，学生社团和学生科研活动都发展得非常好。
学生进行书院式管理，引进在英国和美国大学传统悠久的“住宿学院”的管理方式，学制上也将引入哈佛大学第23任校长James Conant 大力提倡的博雅教育。从学制上保证素质教育，把教授“如何做人”放在首位。南方科技大学实行书院管理。书院制是南方科技大学全面教育的核心组成部分。学校目前有致仁书院和树仁书院两个书院，致力于为不同年级、不同专业的学生以及导师营造一个关系密切、互动交流的师生社区。学校希望书院能够做好他们最重要的一件事，学生在课余时间能够继续在书院里受到教育，增加他们的正能量，这个就是要将所有教授发动起来，做学生的导师。这件事做好之后，学生的学习能够得到更好的保证，而且学生的道德品质、人文素质也能够随之提高。朱清时院士曾在长江大学座谈会上提到“都有一个中国高校特别是现在中国教育中缺失的一环，这一环就是，教学生怎么做人。”