依法精准及时高效整治，是社会对政府相关部门应对扩散性、恶性事件提出的治理要求。这是强化政府职能之重要体现，也是法治政府、服务政府建设之重要组成部分。铁路运输管理部门应依法及时对恶意占座行为实施妥善高效的规制。
（一）铁路运输安全管理部门应对恶意占座行为提高惩罚力度
铁路客运承运人不仅仅是运输企业，还是铁路运输安全的管理人。依据铁路法，公安部门也承担铁路安全管理职责。恶意占用他人座位，不会直接影响铁路运输安全，但是恶意占用他人座位的行为不仅影响被占座人，还会对铁路乘车秩序造成损害，引起乘客聚集、引发情绪化行为等，对铁路运输安全造成潜在的威胁。
同时，恶意占座行为也损害了社会秩序。公安部门根据《治安管理处罚法》第23条对实践中几起恶意占座当事人进行了事后处罚。在火车这狭小的密闭空间里，铁路运输安全管理人在列车行驶过程中不宜将占座人强行挪开，避免激化矛盾，引发占座人激情违法甚至犯罪行为。但根据占座人情节恶劣情况，承运人可以联合公安部门在火车停靠站点将占座人强行拖下车，由公安部门进行控制和处理，铁路运输管理部门再给与相应的事后处罚。这种举措可以对恶意占座行为形成高效威慑。需要注意的是现行《治安管理处罚法》年代较久，公安部门以此为根据对恶意占座行为的罚款数额较低，出现了“买二等座占商务座，差价500，罚款200，还能赚300”的情况。因此，有必要加大对恶意占座行为的处罚力度，提高罚款数额，甚至可以考虑根据恶意占座人个人收入情况，采取按收入比例进行处分，以此避免对过低的罚款数额反而对恶意占座形成负激励。
“按入论罚”的处罚办法是根据恶意占座人违法情节的轻重，综合考虑其社会支付能力，按照相同比例乘以交通法律关系主体的总资产进行处罚，以求实现真正意义上的平等。“按入论罚”处罚看似同样行为处罚力度不一样，但是富者多罚、穷者少罚的处罚办法，并不是因为富者罚多一点，穷者罚少一点，就意味着法律对富者处罚相对较重，而对穷者处罚则相对较轻，所适用的法律条文就不一样。其实，“按入论罚”的交通处罚办法对同一交通违法行为都是根据相同的法律条文，以相同的处罚标准——社会支付能力的百分比来计算处罚数额，不存在适用法律上不同的现象。“按入论罚”规定以科学的目光正视了公民贫富差距的客观存在，体现了求真务实、客观公正的依法治国战略，同时也符合我国的基本国情。按照“按入论罚”的交通处罚办法加以处罚，对同样的交通违法行为，分别以交通管理的法律主体一天或一年收入的百分比来加以计算，这样既体现了法律的公平性和公正性，又能收到处罚最佳的处罚效果。
（二）应完善对恶意占座人予以限乘处罚的制度设计
对恶意占座人限乘是一个合乎民意，维护了公众对公共运输秩序合理期待的举措。实践中，根据国家发展改革委、中央文明办、最高人民法院、财政部、人力资源社会保障部、税务总局、证监会、铁路总公司《关于在一定期限内适当限制特定严重失信人乘坐火车推动社会信用体系建设的意见》（2018年，以下简称《意见》），铁路部门还可以对恶意占座人采取一定日期内限制乘坐火车的处罚措施。这种处罚结果，是将恶意占座行为认定为严重影响铁路运行安全和生产安全的行为，通过对第7项相关法律法规予以行政处罚的行为的概括性规定的解释，来作为回应这一问题的根据。恶意占座行为，扰乱了火车这一公共交通工具上的秩序，并因此受到行政处罚。其实需要考虑，将恶意占座行为作为一类行为单独加以规定，明确其危害性已经达到了需要采取限乘措施的程度。
另外，限制乘坐的处罚措施是限制公民人身自由权利的体现。根据我国立法法的相关规定，限制人身自由的处罚措施，只能由法律规定。《意见》的法律位阶较低，无权作出限制公民权利的举措。待《意见》予以一定时期的先试先用后，应提高相应的立法层级，在铁路法或其他相关法律中规定对恶意占座人可以予以限乘的处罚措施。在具体制度设计中，可以考虑明确限乘公共交通工具的类型和时限，并对处罚限乘措施的基本构成条件加以明确，以恶意占座行为确实严重损害公共运输秩序作为兜底性条件。立法目的不仅威慑火车恶意占座行为，还警醒其他公共运输工具上的恶意占座行为。