培养特色是培养质量的重要方面，必须内化于培养过程的各环节，各环节的有机配合才能形成最终的培养特色。尽管有以上培养特色鲜明的培养单位，但是必须认识到，具有培养特色的单位比例偏小，仅有13%。总体上来看大部分培养单位依然只是根据会计教指委的参考方案，简单的划分出财务会计、财务管理、管理会计、审计等研究方向，选取其中的若干项作为培养方向；有些培养单位培养工作与特色的结合仅仅还停留在纸面上，未落实到实处。从培养过程各环节来看，培养特色的形成存在以下问题：
1.招生选才：当前大多数招生院校为了确保报名人数，对生源通常都没有限制，这样就会导致生源的多样性和差异性，对形成培养特色带来直接的影响。例如：非会计专业的学生的会计基础普遍较差，无法更有效率的进入会计各个方向进行深入学习。
2.培养目标：MPAcc办学从2004年开始，到目前为止仅有14年，办学经验较学术型研究生明显不足，因此大部分的培养院校的培养目标和培养方向与教指委的指导大纲趋同，缺乏具有特色的培养目标。MPAcc教指委明确了学术型与应用型的研究生培养目标的差异，但很多学校在制定培养方案时仍混淆。
3.课程教学：很多培养院校的课程设置雷同，特色课程设置太少，课程设置随意性较大，缺乏针对性。大部分只涉及到某理论或者某研究方法。此外，在课程教学方法上难有突破。很多学校的教师虽然在教学方法中做出了改进，比如让学生做案例研究，在课堂上分享具体的案例，但学生一般会在网上随便找一些案例应付，对此教师并没有很好的应对方法，所以案例教学也就不能体现应有的效果。
4.导师指导：实施双导师制的学校并未体现双导师制的优势。特别是校外导师通常受时间和精力的限制，不能将更多的时间投入到教学和学生实践活动中。很多学生对校外导师缺少主动沟通联系，形同虚设。
5.专业实践：理论与实践环节相脱节。学生在课堂中学习的理论往往没有机会在实践环节中得到验证。实践环节通常时间较短，随意性较大，难以保证应有的效果。实践教学基地作用不明显，没有明确实践管理制度和考核标准。
6.毕业论文：在毕业论文选题上缺乏较为清晰的规划，导致选题随意性大，缺少最能体现特色的有横向课题支撑的毕业论文选题。大部分都只是随意找一家上市公司进行简单的财务分析或者价值评估，现状、问题等了解都不充分，提出的对策也只能泛泛而谈，深度不够，不仅缺乏特色还无法培养学生的科研能力。