中亚地区历来是农耕文明与游牧文明的交汇处。自伊斯兰化和突厥化以后，中亚地区的农耕业与畜牧业之间交往不断加深。帖木儿时期由于政策引导和经济发展，中亚突厥化的蒙古人在生产方式、生活习惯和意识形态方面都发生了变化，逐渐从游牧转向农耕，过渡到定居或半定居的生活。至15世纪河中的农牧经济不断发展。16世纪乌兹别克人的到来又一次加剧了农牧不同经济结构的碰撞，游牧民与农民之间的频繁交往和融合，导致乌兹别克人也开始转向农业生产，趋向定居生活。
昔班尼王朝农牧经济的发展历程艰难而曲折。布哈拉汗国建立初期，农耕经济遭到严重破坏。大批乌兹别克人南下河中，氏族部落传统和游牧经济方式与当地的社会文化、农耕经济传统发生冲突。乌兹别克人开始大肆劫掠，变耕地为牧场，破坏灌溉设施，阻碍农业发展。帖木儿时期撒马尔罕城周边果园甚多，而至16世纪初昔班尼汗率领的军队占领这座城市以后，果园遭到极大破坏。另外，16世纪初昔班尼王朝局势不稳，对外征战不断，农业遭到严重破坏；农民税收沉重，导致土地荒废，农民破产，许多地区出现饥荒。1501年仍处于围困中的撒马尔罕出现饥荒，商人趁机抬高粮食价格，愤怒的民众被迫进入粮店疯抢粮食。1512年11-12月河中罕见的积雪天气更是引发了大饥荒，甚至在布哈拉和撒马尔罕也有许多人被饿死。瓦西菲（Зайниддина Восифи）在自己的诗歌《饥饿》中这样描述到：“这一年撒马尔罕的物价飙升，饥饿程度已达极限，人们只能对着天空中的月亮和太阳幻想，而在城中见不到任何粮食”。因此，昔班尼王朝统治初期，农业经济的严重破坏导致布哈拉汗国的民众生活急剧恶化，王朝统治面临严重危机。
尽管如此，河中地区的农业很快得到了恢复和发展。其原因主要包括：第一，严峻的国内形势迫使统治者们转变观念，认识到发展农耕经济的重要性。1512-1513年，乌兹别克人在奥拜杜拉汗的率领下将巴布尔赶出河中，重新恢复统治。统治者开始意识到，河中地区的地形和气候条件适宜发展农业而非游牧业，且农业有着悠久的历史。发展农耕经济不仅能够增加税收，充裕国库；而且可支撑对外征战，扩张领土，增强国力。
第二，因地制宜发展灌溉农业，大力修缮灌溉设施。中亚气候干旱，降雨量少，生态环境脆弱，适宜人类居住的平原和绿洲面积有限。农业主要分布在沿河流域和绿洲地带，以发展灌溉农业为主。因此，昔班尼王朝的统治者们重视灌溉设施的修缮。例如，1502年昔班尼汗下令修建横跨泽拉夫善河的坝桥，修复萨乌兰（Сауран，位于哈萨克斯坦南部的突厥斯坦市西北43公里处）的灌溉渠；1556-1585年阿卜杜拉汗二世下令修复多项水利设施，包括泽拉夫善河流域的水坝、穆尔加布河绿洲的水库、吉扎克绿洲和草原地区的灌溉渠等。统治者也支持赘巴依谢赫们兴修水利。谢赫们在不同地区新建或修复灌溉渠，使荒地和被破坏的土地重新恢复使用。依照1559-1560年和卓伊斯拉姆的指令，和卓卡西姆（Касым）负责修建从泽拉夫善河通往阿弗什（Афшин, 位于布哈拉以西的村庄）的灌溉渠，1568-1569年和卓萨德负责修建阿姆河水渠。实际上，灌溉设施为私人财产，属于“穆尔克”范围，故宗教上层如此重视灌溉设施的修缮。即便如此，灌溉设施的修缮仍有利于河中灌溉农业的恢复和发展。
第三、乌兹别克人向定居生活的过渡加快了农业经济的发展。河中大部分操突厥语的民族在昔班尼入侵以前已经转向定居化生活，这为乌兹别克人南下融入农耕生活奠定了基础。乌兹别克人进入河中以后，由于牧场缺乏，开始向当地居民学习农耕技术，从事农业生产，进一步加快河中地区农耕经济的发展。与此同时，随着乌兹别克人与中亚当地操突厥语的民族、塔吉克人的交往及融合，乌兹别克人也逐渐接受中亚传统的伊斯兰文化，更加严格地按照苏菲派教义规范日常生活。吴于廑先生指出，从世界历史的全局着眼，来自游牧世界的各族被吸收、融化于农耕世界，一批又一批接受农耕世界的先进经济和文化，也应该认为是历史的一种发展，尽管这种发展往往是经过野蛮破坏才获得的。因此，进入河中地区的乌兹别克人无法抗拒农业和先进文化的吸引力，适应河中的生活方式，逐渐走向农耕定居化。乌兹别克人向定居生活过渡的进程，在16世纪末明显加快。由此可见，河中的农耕文明在昔班尼王朝时期得以继续传承和发展。
因此，乌兹别克人的统治未能摧毁河中地区上千年的农耕文化。16世纪布哈拉汗国的农产品种类甚多，且以粮食作物为主。小麦品种近10种，此外还种植水稻、稷米、绿豆、豌豆、玉米、芸豆等。除粮食作物外，得益于河中适宜的气候条件，水果栽培成为河中的特色经济，分布范围包括泽拉夫善河谷地、费尔干纳盆地和卡什卡达里亚河流域，且不同地区以各自特色水果著称，如布哈拉的甜瓜、撒马尔罕的苹果、忽盏的石榴和安集延的梨等。另外，河中地区的葡萄栽培十分发达，葡萄不仅可以制作葡萄酒、糖浆和醋，也可制成葡萄干出口国外。自16世纪下半叶始，河中的干果成为出口俄国的重要商品之一。沿袭帖木儿时期的传统，昔班尼王朝的汗、贵族和宗教代表也拥有大量的私人果园。1570年阿卜杜拉汗二世向赘巴依谢赫萨德赏赐三处果园。另外，16世纪河中地区的经济作物以棉花种植为主。除山区之外，河中其他区域均可以种植棉花。它首先用于满足当地居民生活和家庭所需，其次由手工业者和织布工收购，制成棉织品以后出售给商人。这一时期布哈拉汗国的棉织品基本出口到俄国市场。
此外，由于乌兹别克人的加入，布哈拉汗国经济中的畜牧业比重自然上升，乌兹别克人成为这一时期从事游牧业的主体。河中地区从事畜牧业的牧场相对有限，其主要分布在泽拉夫善河谷地和阿姆河流域。放养的牲畜有肥尾羊、双峰驼、角畜和各种马。昔班尼王朝的汗室成员、乌兹别克贵族、宗教上层拥有大量的牲畜群。例如，昔班尼汗的个人领地拥有相当多的马、羊和骆驼等。赘巴依谢赫伊斯拉姆拥有500头骆驼、700匹马和10000只绵羊，而其子赛义德和卓时期已经拥有1000头骆驼、1500匹马和25000只绵羊。因此，畜牧业在16世纪仍然是河中地区的重要经济形态之一，丰富了河中地区的自然经济体系。
综上所述，河中地区的农牧经济在整个16世纪得到了恢复和发展，尤其是传统的农业经济。河中地区既有适合农耕业发展的绿洲地带，也有适宜水果栽培和棉花种植的自然条件，更有从事游牧经济的草原牧场，因此，河中的生态环境决定了其经济结构的多样化。尽管农耕定居文化对乌兹别克人影响深远，但是乌兹别克游牧社会结构转型相对缓慢，氏族部落传统和游牧经济方式在16世纪的布哈拉汗国仍占据相当地位。因此，纵观历史，从阿拉伯人的占领到蒙古人的征服、再到乌兹别克人的南下，河中地区一直以来都是游牧文明与农耕文明反复交往的阵地，其物质文明必然呈现出多样性与包容性。作为物质文明的核心内容，昔班尼王朝农牧业经济的发展不仅巩固了汗国的政权统治，而且促进了河中地区手工业和贸易的发展。