关于16世纪河中的手工业发展，俄国学术界有两种不同的评价。一些学者主要基于对比帖木儿时期手工业的繁荣景象，认为昔班尼汗征服河中以后当地手工业趋于衰落。可拉维约曾指出，帖木儿时期河中地区来自各处的工匠人数已超过15万。的确，帖木儿将对外征战中掳掠的所有工匠迁往撒马尔罕和其他城市，如纺织工、镀金工、制玻璃匠、兵器匠、陶匠等，极大促进了河中地区的手工业发展，都城撒马尔罕甚是如此。正如可拉维约所描述的那样：“此都中凡百行业，皆无缺乏专门技工之感”。然而，更多学者则认为：16世纪汗国的手工业取得了一定程度的发展。 “如果说汗王们的侵袭破坏了经济，那么游牧民同农民的接近，定会产生积极作用。这不仅为手工业生产提供了原料，而且扩大了手工业产品的销路。”经过帖木儿时期的长足发展，乌兹别克游牧民的加入大大促进了16世纪河中地区手工业的进步与繁荣。尤其到了16世纪下半叶，布哈拉和撒马尔罕的城市手工业发展显著，保留至今的陶器、瓷器、金属器具、纸、武器、纺织品等足以说明。
据文献记载，16世纪河中地区的手工业种类超过60种，主要包括纺织、造纸、铸币、陶艺、武器制造、珠宝，畜牧产品的再加工等，其中纺织业和造纸业尤为兴盛。河中盛产丝绸和棉花，手工业者将其制成丝织品和棉织品，不同地区以棉织、丝织或毛织的专业化生产著称。例如，16-17世纪布哈拉制作的一种丝织品（дороги）深受俄国青睐，其特点是质地顺滑、条纹细窄、色织纯色。造纸业兴起于前伊斯兰时期。16世纪汗国的造纸工厂数量较多，且主要分布在撒马尔罕及其周边。这一时期撒马尔罕著名的造纸工匠米尔·伊布拉加姆（Мир Ибрагим）生产出一种特级纸，至此，这种纸以精美适用而闻名遐迩。1514年阿里·麦什德（Султан Али Мешхеди）在自己的书法作品中专门描述过这种纸。巴布尔写到：“世界上最好的纸造于撒马尔罕。”撒马尔罕的造纸业如此发达，从另一个角度也说明了城市居民用纸需求量较大，主要用于创作诗歌和撰写各类文书。除撒马尔罕外，布哈拉、赫拉特等城市也生产纸，且有各自的造纸厂和印刷厂。万伯里（Ármin Vámbéry）在《中亚旅行记》中描述到：“撒马尔罕和布哈拉的书写纸不仅在中亚，甚至在周边国家都非常受欢迎。这种纸用真丝制成，光滑耐用，书写阿拉伯字母非常方便。”作为帖木儿帝国的首府，撒马尔罕成为河中地区武器制造的中心，直到16世纪初仍是如此。但在奥拜杜拉汗统治期间，昔班尼王朝的首府自撒马尔罕迁往布哈拉以后，汗国的军队大多集中于此，因而武器制造的中心也随之迁往布哈拉。武器种类包括剑、军刀、匕首、长柄战斧、铠甲和头盔等。可拉维约认为：“15世纪初撒马尔罕的武器落后，铠甲不够坚固，工匠的铸铁技术差。”然而，至15世纪下半叶，撒马尔罕的武器质量明显提高，其产品开始销往河中之外的地区。这与当时河中地区的战争频发有关，但是却为中亚近代的武器制造奠定了基础。16世纪汗国在对外战争中开始使用火炮，昔班尼王朝的统治者通过派往俄国的使节获得火炮和弹药。16世纪下半叶布哈拉城内已出现火药库。此外，昔班尼王朝时期的制陶业也比较显著，河中地区出现了许多令人陈赞的器具，如形式多样、装饰唯美的陶罐、盘子、碗等。这一时期的冶铁技术较15世纪相比并未有明显的进步，但铁器质量依然较好。铁匠遍布城乡各地，不仅制作月锄、钉子、车轮铁圈等，而且制造军刀、盔甲、盾牌等。另外，肥皂厂、磨坊、榨油厂的出现也证明了这一时期汗国手工业的进一步发展。
经过帖木儿王朝一百多年的发展，16世纪河中的手工业专业化程度明显提高。其特征也较为鲜明。其一，行业分布的固定化。詹金森在自己的旅行记中写到：“每一种手工业生产均有特定的位置和市场”。根据行业划分成不同区域，且每种手工业具有自己的作坊和市场，不与其他行业混合分布。如制陶区、制革区、皮制品加工区等。行业选址根据其特性决定，例如，珠宝匠通常住在市中心附近；陶工、制毯工住在郊区，紧邻河水的地方；造纸工和烧炭工住则在城外。另外，手工业行业分布有城市与乡村之分，个别行业仅存在于城市，如珠宝业、雕刻行业、玻璃制造业等。
其二，行业的阶层划分和制度化管理。16世纪布哈拉汗国的每一种手工业行业的阶层划分明显，如工匠、领班、工匠助手和学徒。工匠技能除传授于自家后代之外，主要通过签订合同教于学徒，这类学徒以孤儿或破产农民居多。合同内容主要包括签署时间、专业、学习期限、学徒义务、学徒姓名和年龄等。实际上，工匠不但剥削学徒的劳动，还向他们收取学费。学徒的学习时间较长，如织布工学徒原则上需要半年至四年，而事实上需要五年才可完成。这一时期的工匠还使用童工进行手工业生产。另外，每一种行业均有各自的行会，行会管理者由国家任命，属于富裕阶层，拥有特权地位，不直接从事生产。行会管理者负责监督本行业的产品质量。
其三，根据市场需求进行专业化生产。这一时期布哈拉汗国的手工业产品的生产主要依照需求进行：（1）满足当地市民生活需要的商品；（2）专供贵族阶层享用的高级产品，如珠宝、丝绸、武器等；（3）销往邻近城市、地区和草原的商品；（4）向国内外销售的大宗商品，如纸张、染料、纺织品等。尽管与同时期欧洲的工场手工业规模无法相比，但这一时期布哈拉汗国也出现了手工工场，纺织业和造纸业已有分散和集中的工厂作坊。由此可知，16世纪布哈拉汗国的纺织品和纸张的大量出售提高了当地纺织业和造纸业的生产水平。尤其到了16世纪下半叶，布哈拉汗国与俄国的关系加强，进一步促进了汗国纺织品向俄国的大规模出口。
因此，16世纪河中地区手工业发展程度进一步提高，这对布哈拉汗国的经济和文化发展产生了重要影响。首先，刺激了集市贸易的繁荣。手工业的发展无疑带动了集市贸易的繁荣，尤其在首府布哈拉，保留至今的圆拱形集市建筑就是修建于阿卜杜拉汗二世时期。除此之外，撒马尔罕、沙赫里萨布兹、卡尔希、塔什干、安集延、忽盏、等城市的集市贸易也较为活跃。这一时期汗国的集市主要按照商品的类型而划分成不同的商区，如帽类区，珠宝区、面粉区等。阿卜杜拉汗二世也十分重视集市贸易的发展。他于1586-1587年下令在集市周边修建旅馆，为过往商人提供住宿；同时也在商道途中修建蓄水池和交易场所，保证商道畅通。另外，这一时期农、牧民为了购买手工业产品或缴纳税收，而把蔬菜、水果、毛皮等农、畜产品运往集市交易，换取等价的商品或货币。总之，除粮食外，集市上其他农产品也随处可见。其次，带动了布哈拉城的迅速发展。由于首府迁至布哈拉，昔班尼王朝的统治者们更加重视布哈拉城的发展。他们仿效帖木儿的做法，将对外征战中俘虏的各类能工巧匠，重点用于都城建设。昔班尼汗、阿布杜阿拉汗二世都曾在夺取呼罗珊和花剌子模以后，从当地掳掠大量的手工业者，然后送往布哈拉城。据统计，16世纪布哈拉城的手工业者和商人占到城市总人口的1/3。经过奥拜杜拉汗和阿卜杜拉汗二世的建设和治理，布哈拉城的规模急剧扩大，手工业和贸易迅速活跃。到了16世纪80年代，它一跃超过撒马尔罕成为昔班尼王朝的经济中心。自此以后，布哈拉成为了布哈拉汗国真正意义上的中心城市，并在整个中亚近代文明交往中举足轻重。
最后，丰富了河中地区的文化生活。昔班尼王朝时期的手工业者阶层为丰富河中地区的文化生活发挥了重要作用。这一时期的许多诗人、艺术家和历史学家均出自手工业行会。他们远离宫廷生活，进行自由创作，更加形象地反映社会现实。除宫廷文学外，手工业者创作的民间文学成为真切表达民众意愿的主要渠道。萨米尔扎·萨法维（Саммирза Сефеви）在《萨明的礼物》（«Тухфа-и Сами» ）中写到：“在15-16世纪，河中和呼罗珊地区的712名诗人中有超过150名为手工业者。16世纪上半叶，撒马尔罕有超过45位诗人在集市、作坊、商铺等处完成文学创作”。穆特利比·撒马尔罕德(Мутриби Самарканди)在《波斯文学史》（«Тазкират аш-шуара» 中指出：“16世纪最后25年至17世纪初，320名河中诗人中有超过70名为手工业者，如织布工、鞋匠、裁缝等”。另外，一些手工业者也从事绘画和音乐创作，通常也会受到上层贵族的资助。帖木儿时期宫廷文坛泰斗阿里谢尔·纳沃依（Алишер Навои，1441-1501年）曾对他们做出如下评论：“虽然从事这些行业是快乐和热情的，但他们实际上依然是乞丐（靠施舍为生的弹唱艺人）。”正因如此，昔班尼王朝的文化繁荣与手工业的发展密不可分。
16世纪布哈拉汗国的手工业发展进一步完善，不仅表现在手工业门类齐全，而且反映在手工业的专业化程度提高，并对布哈拉汗国的经济发展和文化兴盛产生了重大影响。1512年迁至河中的赫拉特学者萨尼吉·马赫穆德·瓦西菲（Зайниддин Махмуд Васифи）在自己的著作中描述了河中地区的城市景象。据他记载，布哈拉、撒马尔罕和塔什干是当时人口较多的大城市，也是手工业、贸易活跃和文化复兴的城市。显而易见，手工业的发展带动了布哈拉汗国的城市繁荣。纵观历史，正是帖木儿时期手工业的繁荣景象为16世纪河中地区的手工业发展奠定了良好的基础。从横向角度分析，农耕业与畜牧业两种经济结构的并存，乌兹别克游牧民与当地居民之间的广泛交往则更加丰富了手工业产品的种类，进一步扩大了手工业商品的销路，这再一次证明了文明交往的重要性。总而言之，16世纪布哈拉汗国手工业的进步不但活跃了国内市场，更是刺激了对外贸易的增长。