1.政府审计学派
政府审计学派从“公共物品”的理论视角出发，认为农村集体经济在一定程度上属于“公共物品”范畴，因而政府应履行对其监督的责任。他们建议在现行《中华人民共和国审计法》中增补与农村集体经济组织审计有关的内容，提升农村集体经济组织审计的法律层次，将其置于国家审计机关主导的领导机制下。张立峰（1999）率先撰文提出“乡镇审计”新模式的构想，他认为应该将乡镇审计纳入国家审计范畴，建立最基层的一级国家审计机关，负责对乡镇政府及其职能部门、乡镇所属行政村以及乡镇和村所属的企事业单位等集体经济组织的审计监督工作。陈建萍、朱朝晖（2007、2008、2009）连续撰文指出当前农村集体经济组织审计模式存在较多问题，如由农业行政部门主管的农审站模式的行政主导色彩过于浓重，其定位模糊不清，审计范围受限，独立性和权威性不强，工作效率低下等，再如CPA审计模式短时间内难以融入到农村集体经济组织审计这一特殊审计领域。他们建议将农村集体经济组织审计划归到政府审计的审计范畴，成立统一的农村集体经济监督中心，由国家审计机关作为主管机关，承担农村集体经济组织的财务审计监督和配合经济责任的追究工作。齐友发（2010）认为农村集体经济组织审计模式的创新应建立以国家审计机关为主导、兼顾农村特点，由县级审计机关派驻乡镇的审计机构来对农村集体经济组织进行审计。王飞燕、潘自强（2011）以浙江省为例研究发现农村集体经济组织审计的独立性和权威性不够，提出将农村集体经济组织审计纳入国家审计体系，同时逐步引导注册会计师行业进入农村集体经济组织审计市场，建立健全农村网络审计体系。
2.社会审计学派
社会审计学派以“委托代理”理论为研究视角，指出农村集体经济组织的运营管理在本质上属于广义上的“委托代理”，从审计理论上讲农村集体经济组织审计应归属于外部审计，应当由独立的第三方来承担。他们立足于社会审计的典型“三角关系”，认为应由广义上的利益相关者委托会计师事务所来对农村集体经济组织进行审计监督。关国华（2000）率先提出农村财务公开、村干部经济责任离任审计、乡镇企业的会计核算和内部控制制度以及审查农村上访的经济案件需要注册会计师审计。周杰、王志雄（2006）提议将CPA审计作为一种必要补充力量来对农村集体经济组织进行有效的外部审计监督，来将某些特殊的制度安排引入现有健全的CPA审计制度体系和组织架构中，履行社会监督职能，从而与农村财务公开与民主理财的职能相吻合。这从职能的角度可以看做是CPA
审计在农村的延伸。李歆、王路瑶（2016）在文章中指出传统的农经站审计模式存在较多弊端，CPA具有独立性和专业水平高的优势，应考虑将CPA引入到农村集体经济组织审计监督领域，在当前阶段作为必要的补充，待条件具备时考虑将其作为主要的农村集体经济组织审计监督形式。
3.内部审计学派
内部审计学派基于“信息不对称”理论，提出农村集体经济组织可以实行“内部审计”的模式来有效避免信息不对称问题，在农村集体经济组织内部建立健全监督机制，可以提升审计监督的针对性、实效性和服务性。依据农业部1992年颁布的《农村合作经济内部审计暂行规定》，我国最早形成的农村集体经济组织审计模式是以农村经济经营管理部门为审计主体的乡镇经管站模式，随后农业部在2008年对前款规定修改完善，颁布了《农村集体经济组织审计规定》，之后部分省市区也陆续发布了适用本地区的地方性法规来指导和规范农村集体经济组织审计工作，乡镇经管站模式是我国目前适用范围最广、使用时间最长的农村集体经济组织审计模式。除此之外在部分县市区形成了乡镇政府内部单设审计机构的审计模式，这种审计模式是由乡镇政府报经县级编制部门批准设立的内设专门审计机构开展农村集体经济组织审计工作。该审计机构直接受乡镇政府的领导，对乡镇政府负责并报告工作，与乡镇经管站等其它部门平行。就实质性而言，这两种审计模式均具有内部审计属性。孟祥霞、李成艾（2008）指出，浙江省大部分地区采用单纯的内部审计模式，总体上可以分为乡镇政府内设专门机构审计和乡镇经管站审计两种形式。农村集体经济较为发达的地区，如杭州、宁波、绍兴等地区都在积极探索双重领导的审计模式，即设立独立的审计所，同时对本级人民政府和上级审计机关负责并报告工作。黄波兰（2015）认为乡镇经管站审计模式是现在使用最普遍、最基本的农村集体经济组织审计模式，此模式属于内部审计的一种，接受乡镇政府和经管部门的领导。
4.独立审计学派
独立审计学派基于中国特色社会主义市场经济和特定历史条件，认为农村集体经济组织审计是在新形势下对区域公共资金的管理审计，是具有中国特色的一种新型审计模式，它既不属于政府审计，也不是社会审计，更不是内部审计，应将其视为独立的第四方审计模式。王宝庆（2007）在实地调研浙江后提出以下构想：在县市设立农村集体经济审计中心，各乡镇建立审计所，县市农村集体经济审计中心指导全市乡镇、街道审计所开展农村集体经济审计监督。该中心接受村务监督委员会的委托，同时独立于委托人和被审计单位对农村集体经济组织开展审计工作，具有较高的双向独立性、客观性和公正性。姜丽欧（2010）提出可以在县市区成立具有联合性、地方性的非营利群众组织——农村会计协会，其性质既包含政府审计的强制性和处罚性，也囊括了社会审计的受托性和有偿性，还具有内部审计的多样性和内部性，农村会计协会可以参考当前的会计师事务所的组织架构来履行现有的农村审计职责。沈虹（2017）基于云和县农村审计中心设计农村审计模式为：在县市农村经济管理服务总站增挂农村审计中心的牌子，隶属于县市农业局，负责农村集体资产管理指导、监督农村集体经济组织的财务核算、审计工作，办公室设在县市农业局。
5.综合审计学派
综合审计学派在充分考虑经济发展与审计发展的关系后，认为随着农村集体经济的不断发展，农村集体经济组织的不断壮大，我国的农村集体经济组织审计市场也会日益成熟，我国农村集体经济组织的审计主体也应当实现多元化，建立健全政府审计、社会审计和内部审计相结合的综合审计模式。李玉平（1997）率先指出多元化的农村集体经济组织审计主体更有利于我国农村集体经济的发展，国家审计机关、社会审计组织和乡镇政府内设审计机构三者应各有侧重，互相补充，对农村集体经济活动进行多层次、全覆盖的审计监督和服务。刘罡（2004）认为应采用国家审计机关和内部审计机构相结合的模式，即首先将农村集体经济组织审计纳入国家审计范畴，在各乡镇建立国家审计机关的派驻机构——独立的乡镇审计站；其次对于成熟的股份合作式集体经济组织，在集体经济组织监事会下设立内部审计机构，代表全体村民行使监督权。林洁、周思维（2011）提出由县级人民政府设立的农村审计机构和“双头管理”的农村集体经济审计中心构成的农村集体经济组织审计创新模式。县级人民政府设立政府审计性质的农村审计机构，“双头管理”的农村集体经济审计中心接受乡镇政府行政领导和县级农村审计机构的业务技能指导，在提升独立性和专业性的同时建立审计信息共享协调机制，增强沟通与协调。李成艾（2011）认为农村集体经济组织审计模式的现实选择应以双重领导下的独立机构审计为核心，借助社会审计力量，充分发挥内审协会的作用。同时他预测未来农村集体经济组织审计模式是以内部审计为主、社会审计为辅，国家审计机关给予指导或者受托进行检查。邢维权（2017）认为农村集体经济组织审计模式可以尝试以下两种模式：一是采用农审站与国家审计机关合作模式；二是尝试采用社会审计与国家审计合作的审计模式。李歆、潘禹帆（2017）提出农业部门依然下设乡镇经管站，但将之前执行农村审计的大部分职能分离出来转交给农村审计部门。经管站不再提供年度审计，在管理财务的同时提供日常审计，进行事前和事中监督。县级审计机关在内部设立农村审计部门，由县级审计机关直接领导，农村审计部门主管一个县的农村审计工作，执行年度审计、专项审计、村干部经济责任审计和经济效益审计的职能，进行事后监督。
6.研究文献述评
综合以上五个主流学派的观点，笔者首先肯定当前的农村集体经济组织审计模式在农村经济建设和民主政治建设中发挥了重要作用：第一是农村集体经济组织审计提高了农村地区财务管理水平，提升了农村集体资产的管理水准和经营效益，从而促进了农村经济发展；第二是促进了农村廉政建设，创造了民主和谐的氛围，保证了国家相关政策方针的有效实施；第三是完善了审计监督体系，为实施乡村振兴战略提供制度保障。
其次发现了当前的集体经济组织审计模式存在一些问题：第一个问题是缺乏较高层次的法律依据，欠缺有效的规范性的规章制度。第二个问题是审计性质模糊,审计主体混乱，进而导致审计独立性较差。第三个问题是审计形式和内容单一,审计方法和手段落后。第四个问题是审计经费和资源薄弱，审计人员水平较低。第五个问题是没有解决村集体经济组织成员与经营者间信息不对称的问题。第六个问题是审计结果执行力度小，处理不当,不能有效解决违法违纪问题。