争议解决条款的独立性原则最早在国际商事仲裁领域诞生，由英国上诉法院于1942年在海曼诉达尔文思案（Heyman v. Darwins）中确立。目前国际社会普遍确立了仲裁条款的独立性原则。如法国法院在“戈塞特”（Gosset）一案中，确立了仲裁条款可以受与合同不同的法律支配的一般原则，堪称接受独立性理论的里程碑。英国、瑞士等国的国内立法都肯定了仲裁条款独立性原则。另外，国际法律文件也对仲裁条款独立性原则进行了明确规定。如联合国《国际商事仲裁示范法》、《国际商会仲裁与调解规则》及《新加坡国际仲裁中心仲裁规则》。我国也逐步确立了仲裁条款独立性原则。原《中华人民共和国涉外经济合同法》是法律层面第一次提及争议解决条款的独立性。1994年的CIETAC仲裁规则是我国首个规定仲裁条款独立性的文件，其第5条规定：“合同的变更、解除、终止、失效或无效,均不影响仲裁条款或仲裁条款的效力”。受该仲裁规则影响颇深的1995年《中华人民共和国仲裁法》正式以立法的形式明确了仲裁条款的独立性原则，然而《最高人民法院关于适用<中华人民共和国仲裁法>若干问题的解释》第16条规定：“对涉外仲裁条款的效力审查，适用当事人约定的法律”却否认了涉外仲裁条款的独立性，对其效力首先适用合同准据法，最终的结果导致纯粹香港当事人之间（与内地无任何实质联系）约定的仲裁条款最终被法院判了“死刑”，与香港法和西方国家法律裁判完全相左，也与我国立法背道而驰，招致了学者的批判。
可以看出，仲裁条款的独立性原则已经是没有争议的问题，通说认为其源于仲裁条款自治权理论。在该理论看来，仲裁条款虽然是合同的一部分,但它具有相对的独立性,与合同的其他部分可以相分离而独立存在。合同规定的是当事人的实体权利和义务,是实体合同。仲裁条款规定的是当事人解决合同争议的方式是从合同或附属合同。这种理论一方面承认合同与仲裁条款是主从合同关系，另一方面又强调仲裁条款的特殊性和独立性，这是与传统的法学理论相冲突的。从传统法学理论上来看,从合同是以主合同的有效存在为前提的,主合同的命运决定从合同的命运，主合同无效,从合同自然也不可能有效。显然，仲裁条款自治权理论存在缺陷，不能作为仲裁条款独立性的理论基础。
英国麦克米兰(Macmilam)大法官主张仲裁条款的性质与合同完全不同, 一定程度上也是对于仲裁条款独立性理论基础的认识，其认为，合同中的仲裁条款与其他条款规定有着完全不同的性质,其他条款规定的多是当事人相互间承担的义务,而仲裁条款不同，它是双方当事人对于将争议提交特定仲裁庭的协议。两者实质性的区别是：违反仲裁条款的适当补救办法不是损害赔偿,而是要求强制履行协议,另外，法院享有是否执行仲裁条款的裁量权，但对合同的其他条款却没有此项权力。可以看出，法律拟制理论是仲裁条款独立性强有力的理论基础，其认为仲裁条款在“物理上”与其他合同条款是不可分割的，作为合同一部分的仲裁条款独立于合同，因此仲裁条款的独立性原理归根结底是“法律的拟制”而非“法律的事实”。仲裁条款的独立性既然是法律的拟制,就必然是为了实现特定目标和法律功能,而在涉及此目标和法律功能之外的法律事项上,其独立性就不再彰显了。
在法律拟制理论指导下，仲裁条款法律适用的具体方式从英美法系判例法中可见一斑，其在确定仲裁条款的准据法时，首先都摒弃了仲裁条款的独立性，认为合同准据法同时适用于仲裁条款,但当合同准据法认为仲裁条款无效时,他们又纷纷转向独立性原理,通过寻求仲裁条款独立的准据法,或允许当事人单独约定仲裁条款的准据法,或以仲裁地法作为仲裁条款的准据法,以尽可能地促使仲裁条款有效，仲裁条款独立性原理于是扮演了“替补”的角色。这也与著名国际法学者麦金(Merkin) 教授观点一致，其认为整个合同的法律选择条款一般也被解释成是同时支配仲裁条款的,除非仲裁条款自身表明了极其相反的情形。其中的例外情形或是当事人罕见地为仲裁条款单独约定了准据法，或是合同准据法导致仲裁条款无效时，法官有可能为仲裁条款去考虑其他的准据法。可以看出，在法律拟制理论指导下仲裁条款准据法的独立适用最终会触及仲裁条款的效力，本着有利于仲裁条款有效出发，当合同依据其准据法是有效的,就不再寻求仲裁条款独立性原则，认定其中的仲裁条款的效力当然是有效的；当合同依据其准据法是无效时，才求助于独立性原理而去单独寻找仲裁条款的准据法。也就是说，在法律拟制理论指导下仲裁条款的独立性是相对独立性而非绝对独立性。这与学者的主张一致，认为仲裁条款的独立性并不是指绝对的独立，而是指相对的独立，其是在维持整个合同作为一个有机整体的前提下为特定目的享有的独立。