虽然国际社会主流是承认涉外法院选择条款的绝对独立性，对于其是否合理很少有展开进行分析的，因此本部分就重点针对其理论基础进行展开。
需要明确地是，涉外法院选择条款的独立性应该区别于仲裁条款的独立性。虽然涉外法院选择条款和仲裁条款都是解决民商事争议的有效方式，但两者的区别是明显的，仲裁条款是当事人通过合意，自愿将有关争议交付第三者（仲裁庭或仲裁员）审理裁决,并承诺自觉履行裁决所确定的义务的一种制度，以当事人意思自治为前提。而涉外法院选择条款是当事人在法定规范范围内就争议事项约定特定法院具有管辖权的制度，以国家的强制力为后盾，其本身就已经体现了法定范围内国家强制力的规范，无需进行意思自治的进一步审查。因此，仲裁条款的相对独立性原则不能推广至涉外法院选择条款独立性领域予以适用，对于涉外法院选择条款的独立性应该采取全有或全无的态度，即要么承认其绝对独立性，要么否认其独立性。而涉外法院选择条款的绝对独立性有充足的理论基础。
首先，承认涉外法院选择条款的绝对独立性是意思自治原则的必然结果。涉外选择条款本质上是独立于合同的（关于实体权利义务的民法意义上的合同）的意思自治，其是关于争议解决方式和机构的合意，是当事人对其诉讼权利处分，是带有程序法意义上合意的合同。因此，涉外法院选择条款具有实体和程序的双重属性，且实体法上的契约性质在其法律性质的内含成分内占据第一性的位置，这就决定了涉外法院选择条款具有绝对独立性，应该区分其与合同的效力及法律适用。
其次，涉外法院选择条款在表现形式、目的等诸多方面都与合同差异巨大。从表现形式来看，虽然涉外法院选择条款可以表现为合同中的条款，但是它也可以是独立的涉外法院选择协议；从目的来看，合同的目的是为了实现某种民事或经济目的。而涉外法院选择条款是以解决争议为目的；从达成时间来看，涉外法院选择条款既可以与合同同时存在，也可以早于或晚于合同而存在；从准据法设定的依据来看，涉外法院选择条款效力的准据法的确定规则一般规定在一国的民事诉讼法中或是国际私法中有关涉外民事管辖权的部分，实际上可以是被选择法院国家的实体法，或者是依被选择法院国的冲突法所确定的其他国家的实体法，还可以是当事人合意选择的准据法。而合同效力的准据法一般由当事人做出明确选择，在没有约定的情况下，一般规定在一国国际私法的冲突法中，通常需要依据有关合同的冲突法去确定。
另外，从价值取向的层面来看，为了便于高效率地解决纠纷，法院在受案时有权对自身管辖权的有无暨当事人之间的涉外法院选择条款是否有效做出决定，这也符合自裁管辖权的理论，具有很大的实践优越性。如李双元教授所言，“它至少可以保证在有初步证据表明当事人之间已有争议解决条款并经过最后确认这个协议是有效时，不至于导致先发生一个司法程序处理争议解决条款的效力，然后再启动一个程序处理实质争议而拖延争议解决的时间”。可见，涉外法院选择条款的理论基础决定了其应该绝对独立于合同，正如有学者所指出的，“涉外法院选择条款具有独立性，合同实体条款的成立与否并不影响涉外法院选择条款。”具体来讲，当事人只具有选择实体法的权利，所选之法只应确定法律关系本身的实体问题，而不能确定法律选择问题。而且，当事人在合同中规定法律适用条款，是想就实质问题应当适用的法律做出的一个明示选择，而不是指明支配涉外法院选择条款的法律，既然涉外法院选择条款具有不同于合同的属性，其是当事人关于法院选择达成的具有诉讼契约双重法律性质的合意，自然应有其自己独立适用的准据法。
显然，在意思自治原则体系下，国际私法规则同样地赋予了当事人和法院一定的选择法律的权利或权力，但二者的范围和行使力度并不相同：表达选择争议解决机构的意愿是当事人意思自治的全部内容，至于该表达能否最终按照当事人的意愿落地，还需依赖于法院对于该合意独立进行法律适用最终判断其效力，在这个对其独立进行判断的过程中，司法政策因素起主导性作用。这也是法院选择条款独立性区别于仲裁条款独立性的根本所在，其应该受到比仲裁条款独立性更为严格的限制。
综上，涉外法院选择条款的绝对独立性有深厚的理论基础，而且得到了国际社会的广泛认可。笔者认为，对于涉外法院选择条款的独立性，也可以称为涉外法院选择条款的自主性或可分离性，是指无论涉外法院选择条款是独立的协议还是合同的一个法院选择条款的形式存在，涉外法院选择条款在性质上始终是与合同的其他条款相分离而独立存在的单独合意。涉外法院选择条款不因合同的终止、被撤销、无效而当然丧失效力，其是否有效仍应独立适用其准据法进行考量，如果适用相应准据法其是有效的，其中约定的法院仍然可以凭借有效的涉外法院选择条款取得管辖权。
对于涉外法院选择条款独立进行法律适用时，从其性质出发，应区分其所包括的具体实体属性问题（涉及当事人意思自治的问题）和程序属性问题（对于意思自治的外部限制的，涉及法院地利益的问题）两方面。对于涉外法院选择条款的实体属性问题，本质上是平等规范当事人对管辖法院选择事宜方面的权利和义务的“合同”，因此，应该适用合同准据法；而涉外法院选择条款的可执行性问题，是当事人意在引起并具有程序性后果有关管辖法院的约定，目的是限定当事人的诉权，适用法院地法是其程序法属性的天然要求。这样一来，能经历合同准据法和法院地法两重“酷刑”还生存下来的涉外法院选择条款就少之又少，也就是说从结果上来看对于涉外法院选择条款独立性地限制较之仲裁条款更加严格。这样是否合理呢？
经过前述分析可知，仲裁条款的相对独立性是为了保证其有效性。这项有利于有效原则在国际仲裁领域已经被普遍认可，较为典型的如《瑞士联邦国际私法法案》规定了多个并列的连结点，只要符合其中一个法律体系即在实质上有效。阿尔及利亚《民事诉讼和行政诉讼法典》第458a条第3款也效仿进行了规定。正如英国著名国际法学者施米托夫教授所指出的，“仲裁条款与合同中其他条款的性质不同，因而在解释该条款时，将比对合同其他条款的解释更为宽容，只要可以这样做，他们就试图赋予该条款以商业上的效力。”国际性仲裁条款比涉外法院选择条款更多地体现私法自治的理念，无论仲裁庭还是仲裁员均具有民间性质，对于仲裁条款应该给予更大程度的尊重，仲裁条款相对独立性原则正是为了满足有利于其有效的功能目标。相比之下，涉外法院选择条款本身作为国家强制力认可的制度，具有更多地国家司法政策因素隐含其中，涉及对一国司法资源的占用及国家的司法权威，需要进行更为严格地限制。
可以看出，仲裁协议的相对独立性与涉外法院选择条款的绝对独立性是完全不同的制度设计。仲裁条款的相对独立性是法律拟制理论的产物，是为了保障仲裁条款的有效，促使仲裁条款继续发挥作用；而涉外法院选择条款的绝对独立性是由其兼具实体和程序的双重法律属性决定的，是为了对于当事人合意进行准确的探明并对法院地法进行必要的保障，是为了审慎确定当事人选择争议解决机构和方式的真实性、合法性和合理性，只有当事人意思表示真实且不违反法院地利益的涉外法院选择条款才能被赋予效力，从这个意义上来讲，涉外法院选择条款的独立性原则是为了限制当事人的合意。