《微生物学报》（月刊）创刊于1953年，4日出版。是基础性、高科技学术刊物，是以微生物学基础研究和应用基础研究以及高技术创新为主的综合性学术刊物，反映微生物学研究领域中最新成果，促进国内外学术交流。
本刊由中国微生物学会和中国科学院微生物研究所共同主办，是我国微生物学领域综合性学报级期刊和国家自然科学核心期刊。已被国内外一些重要的文摘刊物和数据库收录，多次被评为优秀科技期刊。本刊国内外公开发行，已发行和交换到40多个国家和地区。
办刊宗旨
《微生物学报》是以微生物学基础研究和应用基础研究以及高技术创新为主的综合性学术刊物，
主要报道国内外微生物学研究领域中的最新研究成果和研究动态，促进学术交流。
报道内容
1-普通微生物学，
2-工业 、农业、医学、兽医微生物学，病毒学，
3-免疫学
4-以及与微生物学有关的生物工程
5-应用机理的研究涉及到农业、食品、医药、化工轻工和能源环保等领域。
栏目设置
从2005年起，将研究报告细分7个栏目：
1－分类和进
2－遗传学和分子生物学
3－生理和代谢
4－酶和蛋白质
5－生态和环境微生物学
6－侵染和免疫
7－方法
投稿要求
1. 投稿范围：凡有关微生物学基础研究、应用基础研究及其高技术创新等领域的研究成果，包括普通微生物学，工业、农业、医学和兽医微生物学，免疫学以及与微生物学有关的生物工程等方面的研究报告、综述等，本刊均欢迎投稿。
2. 应首次发表：所有来稿均应未在公开出版的刊物上发表过。要求论点明确、数据可靠、行文简练、用词规范、图表清晰、结论合理。
3. 审理费：自2013年6月1日之后，本刊免收审理费。
4. 本刊中英文稿件均收：对学术水平较高的文章本刊予以优先发表！对于英文投稿，要求学术内容和英文写作水平均应较好。
5. 序列号：所有测序结果（核酸、蛋白质），请作者先通过计算机网络进入国家微生物科学数据中心NMDC（http://nmdc.cn/）或国际基因库EMBL（欧洲）或GenBank（美国）或DDBJ（日本），申请得到接受号（Accession No.）后再投稿。
国家微生物科学数据中心NMDC（http://nmdc.cn/）支撑科学家发表文章时的数据存储、共享，支持微生物样本、菌株、核酸序列、微生物基因组、微生物元基因组、转录组、蛋白质结构、期刊附件等多种类型数据提交。数据提交后三个工作日内完成审核并发放编号，且为每条数据提供DOI。点击http://nmdc.cn/submit/dashboard 直达数据提交页面。
6. 排版要求：为了便于专家审稿，行文必须清晰。
（1）每篇投稿的稿件都要加上行号。
（2）字号、字体和行间距：文题为三号黑体；图、表、脚注等均为小五宋白体；其余均为五宋白体；1.3倍行距。
（3）图和表：应排到正文中、依照阅读顺序进行排版，不要放在文后。通栏排版。
7. 审稿专家：作者可以提出建议审稿人2-3 名（本单位专家除外），并提供他们的单位、研究方向、通讯地址和E-mail；也可以提出希望回避的审稿人名单。编辑部将结合本刊审稿人库选择2名审稿人进行初审。
8. 编辑部内审：收到作者的网上投稿后，编辑会在尽快（1-2个工作日）处理稿件。如果需要补充材料或者修改会E-mail通知作者。